基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_016640
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 129887599-129906053
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA7485 bp · LXL04_016640|LXL04_016640|OH1004|cDNA
ATGCTCCAACTTCAAGAACAATTCCGCAATGTCAAGAAAGGTGCCTCGTCAATCACGGAATATTGCCATAATCTCAAACACCTAGCTGATGCTCTTCATGATGTCGACTCCAAAATACCCGAAGTCGAACTAGTCATGCAAATTCTACGCGGTCTACCACCCTCTTACCAAAGCATCATTGATGTAATCACCAACACGAAGCCATTTCCATCGTTTTTGGAAGCCAAAAACATGCTCCTTATGCATGAAACTCGTGATGA...
CDS
下载 CDS FASTA7485 bp · LXL04_016640|LXL04_016640|OH1004|CDS
ATGCTCCAACTTCAAGAACAATTCCGCAATGTCAAGAAAGGTGCCTCGTCAATCACGGAATATTGCCATAATCTCAAACACCTAGCTGATGCTCTTCATGATGTCGACTCCAAAATACCCGAAGTCGAACTAGTCATGCAAATTCTACGCGGTCTACCACCCTCTTACCAAAGCATCATTGATGTAATCACCAACACGAAGCCATTTCCATCGTTTTTGGAAGCCAAAAACATGCTCCTTATGCATGAAACTCGTGATGA...
2494 aa · LXL04_016640|LXL04_016640|OH1004|PROTEIN
MLQLQEQFRNVKKGASSITEYCHNLKHLADALHDVDSKIPEVELVMQILRGLPPSYQSIIDVITNTKPFPSFLEAKNMLLMHETRDENQDQMLETPNTTTALYSQPTGKTENKWNKNRNNNRGTSKVGGNFSSTTGTNQFAGTNSGTQSHFAGLMGQHPGPPQQNTQNHHMPIFFNTNNEPGHFMSQPGYSYSPLQHQAPSPYAAMAHQPFSGHPSSAAHAGQQQNPPPQPTQISHAHFGQYPAPTFRPAGNHAHHFAGP...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_016640 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_016640 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:129887599-129906053 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to Genome polyprotein (Petunia vein clearing virus (isolate Shepherd) | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | vg:921337 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.663
细胞核0.423
线粒体0.072
内质网0.044
细胞膜0.039
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14223.15Retrotran_gag_24-89 aaPF22936.2Pol_BBD288-364 aaPF13976.12gag_pre-integrs411-457 aaPF00665.33rve471-569 aaPF25597.2SH3_retrovirus644-703 aaPF07727.20RVT_2825-1067 aaPF04859.18DUF6411355-1480 aaPF24994.2GIL1_IRKI_C1654-1703 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_016640 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 4 | 89 | 1.1e-11 | 45.5 |
| LXL04_016640 | PF22936.2 | Pol_BBD | 288 | 364 | 7.2e-09 | 36.6 |
| LXL04_016640 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 411 | 457 | 2.5e-11 | 43.9 |
| LXL04_016640 | PF00665.33 | rve | 471 | 569 | 2.1e-09 | 38.2 |
| LXL04_016640 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 644 | 703 | 2.8e-18 | 66.2 |
| LXL04_016640 | PF07727.20 | RVT_2 | 825 | 1067 | 3.2e-70 | 237.2 |
| LXL04_016640 | PF04859.18 | DUF641 | 1355 | 1480 | 4.2e-42 | 144.2 |
| LXL04_016640 | PF24994.2 | GIL1_IRKI_C | 1654 | 1703 | 7.2e-21 | 74.6 |
| LXL04_016640 | PF00078.33 | RVT_1 | 2143 | 2304 | 2.3e-29 | 103.4 |
| LXL04_016640 | PF17919.8 | RT_RNaseH_2 | 2367 | 2466 | 2.4e-16 | 60.3 |
| LXL04_016640 | PF17917.8 | RT_RNaseH | 2395 | 2493 | 2.3e-14 | 54.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。