LXL04_014375 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014375

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 47749550-47752867 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3168 bp · LXL04_014375|LXL04_014375|OH1004|cDNA

ATGATATCATTGCGTGGTTCATTCTTGAATAACCCATTTCAACCTTTCCCACGTAAATCAGCAACAAATTTGCCAAAGTATTTTTGTGGGAAACTCATTAGATTGAGATTAGCTGCTTTGAGTACTTCTGCAAGTTTCCGAATCGTCGATCAAGAAGATGAGAAGGGCTCGGAAAGTTTTCTCACGAAGGAGAATAACAATTCCGGCCGAGTTTTTGCTAATCAGCAGACATACTGTTGGCTCTTAGAAGGATATACGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3168 bp · LXL04_014375|LXL04_014375|OH1004|CDS

ATGATATCATTGCGTGGTTCATTCTTGAATAACCCATTTCAACCTTTCCCACGTAAATCAGCAACAAATTTGCCAAAGTATTTTTGTGGGAAACTCATTAGATTGAGATTAGCTGCTTTGAGTACTTCTGCAAGTTTCCGAATCGTCGATCAAGAAGATGAGAAGGGCTCGGAAAGTTTTCTCACGAAGGAGAATAACAATTCCGGCCGAGTTTTTGCTAATCAGCAGACATACTGTTGGCTCTTAGAAGGATATACGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1055 aa · LXL04_014375|LXL04_014375|OH1004|PROTEIN

MISLRGSFLNNPFQPFPRKSATNLPKYFCGKLIRLRLAALSTSASFRIVDQEDEKGSESFLTKENNNSGRVFANQQTYCWLLEGYTSSGPLIDAKKLHGRILKSGFDRDYVICTRLADVYASQGDLTDACQVIDEMPNRDVTFWNNLIYGLTGKKLTTMVFGLFSKMLAENLHPDEVTFTNVLKATTEDNFHHSNIKQIHAKIIRHGFGTNHVVCNPLIKLYSKKGHITTAKSIFQGLGMKDNVSWVAMISGLSQNGHEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014375`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014375

位置 Chr03:47749550-47752867 (+)

描述 Similar to PCMP-H42: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At5g09950`	推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。	暂无已核实直接文献
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献
`At4g33170`	含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。	暂无已核实直接文献
`At3g49170`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13650

ath:AT5G09950

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.655

排名 1 · LXL04_014375 · OH-1004

质体0.221

排名 2 · LXL04_014375 · OH-1004

细胞核0.046

排名 3 · LXL04_014375 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_014375 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_014375 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2140-185 aa

PF13041.13PPR_2242-289 aa

PF17177.11PPR_long266-395 aa

PF12854.14PPR_1342-371 aa

PF13041.13PPR_2343-390 aa

PF13812.13PPR_3343-389 aa

PF01535.27PPR345-374 aa

PF13041.13PPR_2444-490 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	140	185	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	242	289	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF17177.11`	PPR_long	266	395	2.8e-22	79.9
LXL04_014375	`PF12854.14`	PPR_1	342	371	3.3e-36	123.4
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	343	390	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF13812.13`	PPR_3	343	389	5.7e-44	148.8
LXL04_014375	`PF01535.27`	PPR	345	374	2.7e-84	272.5
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	444	490	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF13812.13`	PPR_3	467	525	5.7e-44	148.8
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	544	592	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF01535.27`	PPR	547	577	2.7e-84	272.5
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	646	690	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF01535.27`	PPR	648	678	2.7e-84	272.5
LXL04_014375	`PF29070.1`	MSC6_N	737	845	1.9e-25	90.5
LXL04_014375	`PF13041.13`	PPR_2	748	795	1.2e-97	320.5
LXL04_014375	`PF01535.27`	PPR	750	779	2.7e-84	272.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	55.977%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIB2`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09950	35.671%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	37.349%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SMZ2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33170	33.028%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5G1T1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic	37.032%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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