LXL04_013887 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013887

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 37511054-37514799 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

906 bp · LXL04_013887|LXL04_013887|OH1004|cDNA

ATGCAAGTGAATCCAATCATTACTACAGATAGTTCACTGAAACTAGTGGAAGAAGAAAGATCAAATGGTAGGATCGGCAATTTCTTAGGAGGCTTAAACGCCACCTTAAGAAAACTCGTGTTTCGTGTCATTGCTTCTCGCCCAATCCCAGAACACATCGCCTTCATCCTCGATGGAAACCGAAGGTTCGCCAGGAAATGGAACCTCACAGAAGGCGCCGGCCACAAAACCGGCTTCCTAGCACTCATGTCGGTCCTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · LXL04_013887|LXL04_013887|OH1004|CDS

ATGCAAGTGAATCCAATCATTACTACAGATAGTTCACTGAAACTAGTGGAAGAAGAAAGATCAAATGGTAGGATCGGCAATTTCTTAGGAGGCTTAAACGCCACCTTAAGAAAACTCGTGTTTCGTGTCATTGCTTCTCGCCCAATCCCAGAACACATCGCCTTCATCCTCGATGGAAACCGAAGGTTCGCCAGGAAATGGAACCTCACAGAAGGCGCCGGCCACAAAACCGGCTTCCTAGCACTCATGTCGGTCCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · LXL04_013887|LXL04_013887|OH1004|PROTEIN

MQVNPIITTDSSLKLVEEERSNGRIGNFLGGLNATLRKLVFRVIASRPIPEHIAFILDGNRRFARKWNLTEGAGHKTGFLALMSVLKYCYEIGVKYVTIYAFSLDNFNRRPDEVQYVMDLMQDKIEGFLKEVSIINQYGVRVLFIGDLDRLYEPVRIAAEKAMEATAKNSTTYLLVCVAYTSSHEIPRAIHEACEESIRVMNGNGFFNGSGYTNVNHGSQAVIKVVDLDKHMYMGVAPDPDILVRSSGETRLSNFLLWQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013887`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013887

位置 Chr03:37511054-37514799 (-)

描述 Similar to At2g17570: Dehydrodolichyl diphosphate synthase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17570`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g60510`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g60500`	催化顺式异戊二烯链延长以生成多烯醇的主链，多烯醇是一种糖基载体脂质，所需用于多种糖蛋白的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016094 polyprenol biosynthetic process 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004659 prenyltransferase activity 分子功能

GO:0016765 transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups 分子功能

GO:0045547 ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] activity 分子功能

GO:0050267 rubber cis-polyprenylcistransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17570

ath:AT5G60500

ath:AT5G60510

sly:101253666

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.423

排名 1 · LXL04_013887 · OH-1004

细胞质0.220

排名 2 · LXL04_013887 · OH-1004

细胞核0.135

排名 3 · LXL04_013887 · OH-1004

线粒体0.123

排名 4 · LXL04_013887 · OH-1004

高尔基体0.093

排名 5 · LXL04_013887 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01255.25Prenyltransf56-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013887	`PF01255.25`	Prenyltransf	56	290	7.4e-62	209.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S2T1`	拟南芥	Dehydrodolichyl diphosphate synthase 6	53.472%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LAR7`	拟南芥	Dehydrodolichyl diphosphate synthase 8	44.086%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LED0`	拟南芥	Dehydrodolichyl diphosphate synthase 7	43.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情