RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011026
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156660231-156661916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1686 bp · LXL04_011026|LXL04_011026|OH1004|cDNA

ATGCCGAAACCTTCATGGGCTTTCAAAATCTTGACCATTTTAACCTTCCTTCATCTCTCTTTCCTCTCACAATCCCAAGCTGCCCCTACATGTCAAGAAGCCGATAGGGTTGCCCTTATTGGATTCAAAGCTCGAATCTTTAAGGACACTACCGGGATTATGTCATCTTGGGTAGGCAAAGATTGTTGTTCAGGAAACTGGGAAGGGATCCAGTGTGACCCATCCACAGGGAGGGTCACCGGGGTAATTTTACAAGGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1686 bp · LXL04_011026|LXL04_011026|OH1004|CDS

ATGCCGAAACCTTCATGGGCTTTCAAAATCTTGACCATTTTAACCTTCCTTCATCTCTCTTTCCTCTCACAATCCCAAGCTGCCCCTACATGTCAAGAAGCCGATAGGGTTGCCCTTATTGGATTCAAAGCTCGAATCTTTAAGGACACTACCGGGATTATGTCATCTTGGGTAGGCAAAGATTGTTGTTCAGGAAACTGGGAAGGGATCCAGTGTGACCCATCCACAGGGAGGGTCACCGGGGTAATTTTACAAGGGCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

561 aa · LXL04_011026|LXL04_011026|OH1004|PROTEIN

MPKPSWAFKILTILTFLHLSFLSQSQAAPTCQEADRVALIGFKARIFKDTTGIMSSWVGKDCCSGNWEGIQCDPSTGRVTGVILQGPPDNNAIYMKGAISPTLSDLKFLKLVVISGMKKLSGAIPSFTGLIYLTQIVLDDNSLNGNIPSSLGQLRSLQTLSLSGNDLIGPIPQSLGNLRNLLQINLARNSLTGTLNFPNLGTNLEYLDVSYNMLSGTIPTVLGRQSKMTLLDLSNNRFTGQIPDSLCNLRSLVDLSLSNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011026
TK1151 IDTkA03G561180
OH-1004 IDLXL04_011026
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 22.556 / OH-1004 5.348
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011026
位置Chr02:156660231-156661916 (+)
描述Similar to PXC2: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g01890 富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶，可能参与维管组织发育。 暂无已核实直接文献
At3g56370 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。 暂无已核实直接文献
At4g08850 作为十字花科植物SCOOP肽的受体，调节包括植物生长、发育和应激反应在内的多种过程。
A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975
Perception of a divergent family of phytocytokines by the Arabidopsis receptor kinase MIK2.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-20932-y
The Arabidopsis MIK2 receptor elicits immunity by sensing a conserved signature from phytocytokines and microbes.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-25580-w
The MIK2/SCOOP Signaling System Contributes to Arabidopsis Resistance Against Herbivory by Modulating Jasmonate and Indole Glucosinolate Biosynthesis.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.852808
At1g12460 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g12460。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0576900 在器官发育的早期阶段通过调节细胞分裂速率发挥功能。
XIAO is involved in the control of organ size by contributing to the regulation of signaling and homeostasis of brassinosteroids and cell cycling in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04877.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002213 defense response to insect 生物过程
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009759 indole glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0051302 regulation of cell division 生物过程
GO:0080027 response to herbivore 生物过程
GO:0090511 periclinal cell division 生物过程
GO:1901653 cellular response to peptide 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G56370
ath:AT4G08850
ath:AT5G01890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.473
排名 1 · LXL04_011026 · OH-1004
细胞膜0.284
排名 2 · LXL04_011026 · OH-1004
内质网0.104
排名 3 · LXL04_011026 · OH-1004
细胞质0.068
排名 4 · LXL04_011026 · OH-1004
细胞核0.029
排名 5 · LXL04_011026 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_234-73 aa
PF23598.2LRR_1499-207 aa
PF13855.13LRR_8126-167 aa
PF13855.13LRR_8202-262 aa
PF23598.2LRR_14203-375 aa
PF12799.14LRR_4251-291 aa
PF29594.1LRR_SKP2253-382 aa
PF13855.13LRR_8272-309 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011026PF08263.18LRRNT_234732.4e-0731.6
LXL04_011026PF23598.2LRR_14992071.2e-2280.9
LXL04_011026PF13855.13LRR_81261676.5e-35119.4
LXL04_011026PF13855.13LRR_82022626.5e-35119.4
LXL04_011026PF23598.2LRR_142033751.2e-2280.9
LXL04_011026PF12799.14LRR_42512918.6e-2380.6
LXL04_011026PF29594.1LRR_SKP22533824.6e-0626.8
LXL04_011026PF13855.13LRR_82723096.5e-35119.4
LXL04_011026PF13855.13LRR_84445026.5e-35119.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZV7拟南芥Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC233.737%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LY03拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK33.039%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8VZG8拟南芥MDIS1-interacting receptor like kinase 231.652%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGE4拟南芥Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g1246028.623%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
G9LZD7水稻Probable inactive leucine-rich repeat receptor kinase XIAO34.677%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看