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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011017
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156533728-156535557 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1830 bp · LXL04_011017|LXL04_011017|OH1004|cDNA

ATGGCAATTTCCACTTCTTCCGAGTGGTCATTAGCGTGCGTTCATTGCATCAAAAGAACCCACAAAAACCTCACCTTCAATCCGTCGATTCTTCTCTTCATCTCTCCCCCTTTCTCATCTTCTTCGAGAATCCTGATCCTTAATTCCTCCAGAAGTTTCCCACCACCAATACTAGAAGATGAGGAGTCCACTGATTCTCCCCTCATCAAAATGGACCAGGAAGTTGAAGATCGTCGAGAATCATCGGTAATCGATGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1830 bp · LXL04_011017|LXL04_011017|OH1004|CDS

ATGGCAATTTCCACTTCTTCCGAGTGGTCATTAGCGTGCGTTCATTGCATCAAAAGAACCCACAAAAACCTCACCTTCAATCCGTCGATTCTTCTCTTCATCTCTCCCCCTTTCTCATCTTCTTCGAGAATCCTGATCCTTAATTCCTCCAGAAGTTTCCCACCACCAATACTAGAAGATGAGGAGTCCACTGATTCTCCCCTCATCAAAATGGACCAGGAAGTTGAAGATCGTCGAGAATCATCGGTAATCGATGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

609 aa · LXL04_011017|LXL04_011017|OH1004|PROTEIN

MAISTSSEWSLACVHCIKRTHKNLTFNPSILLFISPPFSSSSRILILNSSRSFPPPILEDEESTDSPLIKMDQEVEDRRESSVIDEENLNQSICSLLKDPKTEEMGFESYQKAKTVPDFKPTRSTLHNLIRYSLRLKNWNSIWSIAEDFGKFKVYPNASSCCRLITSCIRAKRFKLASHLLHILKFEKEVAILSFNAAMRSYNKLHMYSSAVNVYEIMKSSGMQLDGECYGRTMEAYLKMGKNDKVISLFKEFEKSNLEW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011017
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011017
位置Chr02:156533728-156535557 (-)
描述Similar to At5g13770: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13770, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13770 含有五肽重复的蛋白质 At5g13770，叶绿体的。 暂无已核实直接文献
At5g42310 需要用于叶绿体蛋白合成以及类囊体蛋白复合体亚基的积累。
CRP1 Protein: (dis)similarities between Arabidopsis thaliana and Zea mays.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.00163
At5g04810 可能在质体核糖体生物发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At3g22470 含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g16010 含五重复肽的蛋白 At3g16010。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011017 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G22470
ath:AT5G13770
ath:AT5G42310
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.605
排名 1 · LXL04_011017 · OH-1004
质体0.243
排名 2 · LXL04_011017 · OH-1004
细胞核0.070
排名 3 · LXL04_011017 · OH-1004
细胞质0.025
排名 4 · LXL04_011017 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_011017 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N217-325 aa
PF13041.13PPR_2267-310 aa
PF01535.27PPR268-295 aa
PF29070.1MSC6_N316-463 aa
PF17177.11PPR_long351-435 aa
PF13041.13PPR_2373-417 aa
PF13812.13PPR_3392-452 aa
PF12854.14PPR_1400-431 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011017PF29070.1MSC6_N2173253.2e-2589.8
LXL04_011017PF13041.13PPR_22673101.1e-43147.8
LXL04_011017PF01535.27PPR2682951.7e-41138.3
LXL04_011017PF29070.1MSC6_N3164633.2e-2589.8
LXL04_011017PF17177.11PPR_long3514356.7e-1968.8
LXL04_011017PF13041.13PPR_23734171.1e-43147.8
LXL04_011017PF13812.13PPR_33924524.6e-2381.8
LXL04_011017PF12854.14PPR_14004311.6e-2279.6
LXL04_011017PF13041.13PPR_24034361.1e-43147.8
LXL04_011017PF01535.27PPR4064361.7e-41138.3
LXL04_011017PF23276.3TPR_244095351.7e-1454.6
LXL04_011017PF13041.13PPR_24394751.1e-43147.8
LXL04_011017PF01535.27PPR4414711.7e-41138.3
LXL04_011017PF17177.11PPR_long4515946.7e-1968.8
LXL04_011017PF29070.1MSC6_N4535343.2e-2589.8
LXL04_011017PF13812.13PPR_34615214.6e-2381.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q66GP4拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13770, chloroplastic49.002%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8L844拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic24.416%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WMY5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04810, chloroplastic22.551%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6NQ83拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial24.181%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LW84拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1601023.632%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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