LXL04_010735 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010735

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 152411783-152414053 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1935 bp · LXL04_010735|LXL04_010735|OH1004|cDNA

ATGCATATACGATGTCAGATGTTCTGTTTTCGTTTCTTCATCACCATGATCATCGTCATCATCATTTCACTGCTACTTCTGCCATCTTCACAGCCCTCGCCAGTCAATTGCCCACCTGAAAGATGTGGGACCTTCGACTCCATACCCTACCCGTTTCACTTAAACAACGGTTCAGATTGCGGGGAGTATATACTTTCAGACGCCTTCCATCTCTCCTGCGCTAATTCGACCTCTCTGTTCCTCACCATCGGATCTCACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1935 bp · LXL04_010735|LXL04_010735|OH1004|CDS

ATGCATATACGATGTCAGATGTTCTGTTTTCGTTTCTTCATCACCATGATCATCGTCATCATCATTTCACTGCTACTTCTGCCATCTTCACAGCCCTCGCCAGTCAATTGCCCACCTGAAAGATGTGGGACCTTCGACTCCATACCCTACCCGTTTCACTTAAACAACGGTTCAGATTGCGGGGAGTATATACTTTCAGACGCCTTCCATCTCTCCTGCGCTAATTCGACCTCTCTGTTCCTCACCATCGGATCTCACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

644 aa · LXL04_010735|LXL04_010735|OH1004|PROTEIN

MHIRCQMFCFRFFITMIIVIIISLLLLPSSQPSPVNCPPERCGTFDSIPYPFHLNNGSDCGEYILSDAFHLSCANSTSLFLTIGSHRYQVLDFFPDGGGVLVDFPNNTITYSSNCRRYYDLRLFGFQANDYLGISSDNVVGLYGCGDSSLCRSDCGGCHDANATTTFASSGCCYLLSDNRGGVWRVGDGFSVFEEFGCKGFASWVGSSSNNVAVKHGVKLEWAIPSKLIGGVCDSNALMVNVTSVISGMRCKCVDGFVGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010735`
TK1151 ID	TkA03G545800
OH-1004 ID	LXL04_010735
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.971 / OH-1004 63.665 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010735

位置 Chr02:152411783-152414053 (+)

描述 Similar to At2g46850: Probably inactive receptor-like protein kinase At2g46850

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46850`	可能是失活的类受体蛋白激酶At2g46850。	暂无已核实直接文献
`At2g23450`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At5g66790`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At5g02070`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g21240`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010735 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0044589 pectin binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21240

ath:AT2G23450

ath:AT2G46850

ath:AT5G02070

ath:AT5G66790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.851

排名 1 · LXL04_010735 · OH-1004

内质网0.087

排名 2 · LXL04_010735 · OH-1004

细胞质0.086

排名 3 · LXL04_010735 · OH-1004

细胞核0.076

排名 4 · LXL04_010735 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_010735 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947.12GUB_WAK_bind37-95 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr365-509 aa

PF00069.32Pkinase368-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010735	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	37	95	1.1e-09	39.3
LXL04_010735	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	365	509	5.9e-18	65.8
LXL04_010735	`PF00069.32`	Pkinase	368	508	2.7e-09	37.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S8N4`	拟南芥	Probably inactive receptor-like protein kinase At2g46850	47.702%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RY67`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 14	34.389%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GYF5`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 21	27.692%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZM4`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 20	24.806%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LMN8`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase 3	24.478%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情