LXL04_010683 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010683

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 151510509-151513163 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_010683|LXL04_010683|OH1004|cDNA

ATGGGGCATATCAATCTCACTTCACCCAAGCAACGCAACAATCCCACCCGAAAATGGCAACTTCTCGACTTCGTATCCATGGTATTCTTCGCCATCGTTGTCCTGTTCTTTCTCCTCATATTCACTCCTCTTGGCGACTCTCTTGCGGCTTCTGGGAGCCAAGCTTTGATCCGGTCCAGTACCGCCGATCCGAAGCAACGCCACCGACTCATTGCTCTGGTTGAAGCCGGCAAACATCCGGAGATTGAATCATGCCCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_010683|LXL04_010683|OH1004|CDS

ATGGGGCATATCAATCTCACTTCACCCAAGCAACGCAACAATCCCACCCGAAAATGGCAACTTCTCGACTTCGTATCCATGGTATTCTTCGCCATCGTTGTCCTGTTCTTTCTCCTCATATTCACTCCTCTTGGCGACTCTCTTGCGGCTTCTGGGAGCCAAGCTTTGATCCGGTCCAGTACCGCCGATCCGAAGCAACGCCACCGACTCATTGCTCTGGTTGAAGCCGGCAAACATCCGGAGATTGAATCATGCCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · LXL04_010683|LXL04_010683|OH1004|PROTEIN

MGHINLTSPKQRNNPTRKWQLLDFVSMVFFAIVVLFFLLIFTPLGDSLAASGSQALIRSSTADPKQRHRLIALVEAGKHPEIESCPADTVDYMPCEDPTRNSQLSREMNFYRERHCPSPDETPLCLIPAPQGYHVPIQWPESLHKIWHENMPYNKIADRKGHQGWMKKDGPYFIFPGGGTMFPDGATQYIAKLKQYIPISGGTLRTALDMGCGVRTNNQESLHHLNPFITYHKNTHHLTSYQVASFGGHLLEEGILTLSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010683`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010683

位置 Chr02:151510509-151513163 (+)

描述 Similar to At4g00740: Probable methyltransferase PMT13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00740`	S-腺苷-L-甲硫氨酸依赖性甲基转移酶介导果胶高半乳糖醛酸的甲基酯化，从而调节细胞壁生物合成，至少在悬浮培养的细胞中是如此。	QUASIMODO 3 (QUA3) is a putative homogalacturonan methyltransferase regulating cell wall biosynthesis in Arabidopsis suspension-cultured cells.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err211
`At1g33170`	可能的甲基转移酶 PMT18。	暂无已核实直接文献
`At4g00750`	可能的甲基转移酶 PMT15。	暂无已核实直接文献
`At1g26850`	可能的甲基转移酶 PMT2。	暂无已核实直接文献
`At4g10440`	可能的甲基转移酶 PMT17。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010683 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0052546 cell wall pectin metabolic process 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26850

ath:AT1G33170

ath:AT4G00740

ath:AT4G00750

ath:AT4G10440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.771

排名 1 · LXL04_010683 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_010683 · OH-1004

细胞外0.068

排名 3 · LXL04_010683 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 4 · LXL04_010683 · OH-1004

细胞质0.043

排名 5 · LXL04_010683 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141.23Methyltransf_2991-215 aa

PF03141.23Methyltransf_29242-620 aa

PF08241.19Methyltransf_11282-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010683	`PF03141.23`	Methyltransf_29	91	215	5.9e-200	665.9
LXL04_010683	`PF03141.23`	Methyltransf_29	242	620	5.9e-200	665.9
LXL04_010683	`PF08241.19`	Methyltransf_11	282	332	6.1e-08	33.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93W95`	拟南芥	Probable pectin methyltransferase QUA3	70.159%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C884`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT18	41.709%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZPH9`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT15	42.376%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9DFI7`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT2	41.207%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZX8`	拟南芥	Probable methyltransferase PMT17	41.349%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情