LXL04_009857 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009857

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 135043936-135058892 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8436 bp · LXL04_009857|LXL04_009857|OH1004|cDNA

atggctttccgacctccatacgctgctcgcaatcaacgaaggctagccgccctcatcgccaGGGAGGTTGCCAATGTCATCCCAACagttgccacccatctccactccattcagccgcaagctccagcaaccacccctcgttgcacgtttaaacatttccggagctgcagtccgccttacttcaaaggcaccgatggcgccaccGCACTACTAACCTGGTtcgaggagatggaaaataccttcattcacagcgagtgccc...

CDS

下载 CDS FASTA

8436 bp · LXL04_009857|LXL04_009857|OH1004|CDS

ATGGCTTTCCGACCTCCATACGCTGCTCGCAATCAACGAAGGCTAGCCGCCCTCATCGCCAGGGAGGTTGCCAATGTCATCCCAACAGTTGCCACCCATCTCCACTCCATTCAGCCGCAAGCTCCAGCAACCACCCCTCGTTGCACGTTTAAACATTTCCGGAGCTGCAGTCCGCCTTACTTCAAAGGCACCGATGGCGCCACCGCACTACTAACCTGGTTCGAGGAGATGGAAAATACCTTCATTCACAGCGAGTGCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2811 aa · LXL04_009857|LXL04_009857|OH1004|PROTEIN

MAFRPPYAARNQRRLAALIAREVANVIPTVATHLHSIQPQAPATTPRCTFKHFRSCSPPYFKGTDGATALLTWFEEMENTFIHSECPEDLKVRHATGCLQSHALTWWNSEKRARGDVVALAMTWAALKERMIEKFCPDSELQTLETEFWNLKQVGGDNATYTHRFQDLSRLLPHMVQPIKTAIRRYIKGLPRQIRDSVTSSKPTTLESAMDLAGQLNEDNVNDGVLSRKNSNATTETPQVVKSESSQKGDKKKRKTHHHN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009857`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009857

位置 Chr02:135043936-135058892 (-)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009857 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

sce:YGR109W-B

spo:2542672

spo:2542797

spo:2543673

spo:3361218

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.630

排名 1 · LXL04_009857 · OH-1004

细胞核0.366

排名 2 · LXL04_009857 · OH-1004

线粒体0.100

排名 3 · LXL04_009857 · OH-1004

过氧化物酶体0.057

排名 4 · LXL04_009857 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 5 · LXL04_009857 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732.25PEG10_N-capsid58-135 aa

PF19259.5Ty3_capsid59-228 aa

PF08284.17RVP_2382-507 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1413-504 aa

PF00078.33RVT_1641-800 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2864-957 aa

PF17917.8RT_RNaseH891-988 aa

PF17921.8Integrase_H2C21071-1127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009857	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	58	135	3.2e-11	44.1
LXL04_009857	`PF19259.5`	Ty3_capsid	59	228	1.4e-11	44.9
LXL04_009857	`PF08284.17`	RVP_2	382	507	6.8e-29	101.1
LXL04_009857	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	413	504	1.5e-08	35.8
LXL04_009857	`PF00078.33`	RVT_1	641	800	1e-42	147.0
LXL04_009857	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	864	957	5.2e-30	104.2
LXL04_009857	`PF17917.8`	RT_RNaseH	891	988	3.3e-33	114.7
LXL04_009857	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1071	1127	3.1e-18	66.4
LXL04_009857	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1368	1432	1.9e-28	99.1
LXL04_009857	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	1875	1917	2.8e-09	37.3
LXL04_009857	`PF00665.33`	rve	1932	2029	4.5e-18	66.1
LXL04_009857	`PF29688.1`	TnsB_C	1996	2049	1.2e-11	45.3
LXL04_009857	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	2104	2162	2.9e-24	85.3
LXL04_009857	`PF07727.20`	RVT_2	2348	2589	2.2e-67	227.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	47.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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