LXL04_006893 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006893

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 28862705-28884580 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7536 bp · LXL04_006893|LXL04_006893|OH1004|cDNA

ATGTTACTGACAGCTATCAAGGATACAGATCcctcttcctcttcctcttcctcttcctctACCGTACTGCCAGACCAGAGATGTCGACGTTATACTTTTCCTGAAATCCAATCGGCAACCAATAACTTCGACGAGACTTTAGTGATCGGCCGTGGAGGATTCGGCAACGTGTATAAATGTTCCACGAAGATCGGGTCCGCAAGAGAAGTTGCAGTTAAACGATTGCATTCCATGTCCAACCAAGGAGCCCATGAATTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

7536 bp · LXL04_006893|LXL04_006893|OH1004|CDS

ATGTTACTGACAGCTATCAAGGATACAGATCCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTACCGTACTGCCAGACCAGAGATGTCGACGTTATACTTTTCCTGAAATCCAATCGGCAACCAATAACTTCGACGAGACTTTAGTGATCGGCCGTGGAGGATTCGGCAACGTGTATAAATGTTCCACGAAGATCGGGTCCGCAAGAGAAGTTGCAGTTAAACGATTGCATTCCATGTCCAACCAAGGAGCCCATGAATTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2511 aa · LXL04_006893|LXL04_006893|OH1004|PROTEIN

MLLTAIKDTDPSSSSSSSSSTVLPDQRCRRYTFPEIQSATNNFDETLVIGRGGFGNVYKCSTKIGSAREVAVKRLHSMSNQGAHEFEAEVEVLSKLRHGNLVSLLGYCNEEKEMVLVYEFMPNGTLEENLHKSDSSLSWLQLLKISIGAARGLDYLHVGTSTQHGVIHRDVKSSNILLDANFDAKIADFGLARIGLIERTHVSTAVKGTFGYMDPSYFYTGKLTTSSDVYAFGVILFEVLTGKRAVDSTLDEEQWSLAAW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006893`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006893

位置 Chr02:28862705-28884580 (-)

描述 Similar to CRK: CDPK-related protein kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g49580`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g41140`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用（通过相似性）。	The calmodulin-binding protein kinase 3 is part of heat-shock signal transduction in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03544.x
`At3g56760`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006893 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009931 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.363

排名 1 · LXL04_006893 · OH-1004

细胞膜0.294

排名 2 · LXL04_006893 · OH-1004

细胞核0.268

排名 3 · LXL04_006893 · OH-1004

内质网0.097

排名 4 · LXL04_006893 · OH-1004

质体0.068

排名 5 · LXL04_006893 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase48-312 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr48-314 aa

PF00069.32Pkinase399-643 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr401-604 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2901-1050 aa

PF00069.32Pkinase1430-1693 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1430-1695 aa

PF00069.32Pkinase1770-1834 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006893	`PF00069.32`	Pkinase	48	312	1e-204	678.1
LXL04_006893	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	48	314	4.3e-149	495.6
LXL04_006893	`PF00069.32`	Pkinase	399	643	1e-204	678.1
LXL04_006893	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	401	604	4.3e-149	495.6
LXL04_006893	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	901	1050	7.1e-27	94.9
LXL04_006893	`PF00069.32`	Pkinase	1430	1693	1e-204	678.1
LXL04_006893	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1430	1695	4.3e-149	495.6
LXL04_006893	`PF00069.32`	Pkinase	1770	1834	1e-204	678.1
LXL04_006893	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1771	1834	4.3e-149	495.6
LXL04_006893	`PF00069.32`	Pkinase	2143	2324	1e-204	678.1
LXL04_006893	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	2143	2314	4.3e-149	495.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCS2`	拟南芥	CDPK-related kinase 5	65.714%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FX86`	拟南芥	CDPK-related kinase 8	64.086%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80673`	拟南芥	CDPK-related kinase 1	61.263%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LET1`	拟南芥	CDPK-related kinase 7	61.263%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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