LXL04_006739 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006739

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 23794122-23799236 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2616 bp · LXL04_006739|LXL04_006739|OH1004|cDNA

ATGGTCTCTACATTCATCTGTCTCATGTCGATCATTTGGTTTCGTATTTTGATGCTGACTGAGTTGGTTGTCCTTAGACACGCCAAACCACATCTGTGCGTAAGTCGAGTACATGGGGTAGCTAATGTTGTTGCTGAGGCTGCTTGGCTTCGTAACCACTTACTCGGGTTGTCATGTCCTTTCACTTGTATCACAGTGTTTTGTGACAACATTAGTGCCATATACTTGACTTCTAACCCAGTGCAACACCAAATAACCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2616 bp · LXL04_006739|LXL04_006739|OH1004|CDS

ATGGTCTCTACATTCATCTGTCTCATGTCGATCATTTGGTTTCGTATTTTGATGCTGACTGAGTTGGTTGTCCTTAGACACGCCAAACCACATCTGTGCGTAAGTCGAGTACATGGGGTAGCTAATGTTGTTGCTGAGGCTGCTTGGCTTCGTAACCACTTACTCGGGTTGTCATGTCCTTTCACTTGTATCACAGTGTTTTGTGACAACATTAGTGCCATATACTTGACTTCTAACCCAGTGCAACACCAAATAACCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

871 aa · LXL04_006739|LXL04_006739|OH1004|PROTEIN

MVSTFICLMSIIWFRILMLTELVVLRHAKPHLCVSRVHGVANVVAEAAWLRNHLLGLSCPFTCITVFCDNISAIYLTSNPVQHQITKHMIELHFVREHIASDHKVRYKEGPSSHFNQLGPLSKRSNKNSQLIRSKIMIGQLFAGVMEISLLKVLLKNISSFFHRENTNQEIVSKYYQKIEEILKLIKPVLESITDSQISSNESLQKEFTSMSQSIDELKDLLEDSHPLMSKVYFVMQVESLFAKVKSQTLQLFELLQSFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006739`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006739

位置 Chr02:23794122-23799236 (-)

描述 Similar to PUB2: U-box domain-containing protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g23140`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g54790`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23140

ath:AT3G46510

ath:AT3G54790

ath:AT5G67340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485

排名 1 · LXL04_006739 · OH-1004

细胞核0.328

排名 2 · LXL04_006739 · OH-1004

细胞膜0.198

排名 3 · LXL04_006739 · OH-1004

内质网0.087

排名 4 · LXL04_006739 · OH-1004

高尔基体0.071

排名 5 · LXL04_006739 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25240.2PUB2_N147-279 aa

PF04564.22U-box375-445 aa

PF25598.2ARM_PUB588-862 aa

PF24768.2ARM_ARMC5588-760 aa

PF00514.30Arm619-656 aa

PF00514.30Arm658-697 aa

PF00514.30Arm701-738 aa

PF24768.2ARM_ARMC5732-860 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006739	`PF25240.2`	PUB2_N	147	279	5e-43	147.2
LXL04_006739	`PF04564.22`	U-box	375	445	7e-22	78.1
LXL04_006739	`PF25598.2`	ARM_PUB	588	862	2.4e-25	90.3
LXL04_006739	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	588	760	3.1e-16	60.3
LXL04_006739	`PF00514.30`	Arm	619	656	7.7e-40	134.4
LXL04_006739	`PF00514.30`	Arm	658	697	7.7e-40	134.4
LXL04_006739	`PF00514.30`	Arm	701	738	7.7e-40	134.4
LXL04_006739	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	732	860	3.1e-16	60.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XEZ8`	拟南芥	U-box domain-containing protein 2	48.575%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22193`	拟南芥	U-box domain-containing protein 4	74.142%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GWV5`	拟南芥	U-box domain-containing protein 3	60.825%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	49.498%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	50.530%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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