LXL04_006007 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006007

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176876165-176880270 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1227 bp · LXL04_006007|LXL04_006007|OH1004|cDNA

ATGGAGTATCGGTTGCTGCGAGGCTTCGTCTCCGCTGCAGTCGTCCCGATGTCCGCTCGCCGACGTCTCGCTGTCGAACAAGGCTTCACCGGAGACAATCGAGTGGGGGTTGGGTGGTGTTCGTTGGTCGCGAGGAAGGATGGCCGGAAAATAGCGACCGATGAGGGTGGGGGGAAAGTCGGTTATAACACCTATTCCCCCATCTTCTTCCTCTTTCTCCTCCCTTCTCTCTTTCCCGCCAGAACCTTACCCGGCACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · LXL04_006007|LXL04_006007|OH1004|CDS

ATGGAGTATCGGTTGCTGCGAGGCTTCGTCTCCGCTGCAGTCGTCCCGATGTCCGCTCGCCGACGTCTCGCTGTCGAACAAGGCTTCACCGGAGACAATCGAGTGGGGGTTGGGTGGTGTTCGTTGGTCGCGAGGAAGGATGGCCGGAAAATAGCGACCGATGAGGGTGGGGGGAAAGTCGGTTATAACACCTATTCCCCCATCTTCTTCCTCTTTCTCCTCCCTTCTCTCTTTCCCGCCAGAACCTTACCCGGCACTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · LXL04_006007|LXL04_006007|OH1004|PROTEIN

MEYRLLRGFVSAAVVPMSARRRLAVEQGFTGDNRVGVGWCSLVARKDGRKIATDEGGGKVGYNTYSPIFFLFLLPSLFPARTLPGTLFPADLSPNATWNNFVNFIDAGKGANFSGMSELKKYFHRFGYLQIPDNVVDNFTDVFDDSFESAVLNYQRNLGLTVTGKLDAGTVTQIMSPRCGVSDARKRSTDKLHVTKHYAYFYGEPRWGRSAKVSLTYAFSGKHMIDYLSSSDVQDAFRRSFSRWSSVIPVNFTEADDYSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006007`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006007

位置 Chr01:176876165-176880270 (-)

描述 Similar to 1MMP: Metalloendoproteinase 1-MMP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16640`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质酶可能在发育过程中或应对压力时参与胞外基质（ECM）的降解和重塑。	暂无已核实直接文献
`At2g45040`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g70170`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g24140`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g59970`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006007 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程

GO:0030574 collagen catabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24140

ath:AT1G59970

ath:AT1G70170

ath:AT2G45040

ath:AT4G16640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.250

排名 1 · LXL04_006007 · OH-1004

细胞外0.143

排名 2 · LXL04_006007 · OH-1004

高尔基体0.130

排名 3 · LXL04_006007 · OH-1004

内质网0.102

排名 4 · LXL04_006007 · OH-1004

溶酶体／液泡0.089

排名 5 · LXL04_006007 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01471.24PG_binding_1116-173 aa

PF00413.31Peptidase_M10211-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006007	`PF01471.24`	PG_binding_1	116	173	3.9e-11	43.7
LXL04_006007	`PF00413.31`	Peptidase_M10	211	369	3.1e-52	177.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23507`	拟南芥	Metalloendoproteinase 1-MMP	52.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GWW6`	拟南芥	Metalloendoproteinase 4-MMP	54.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O04529`	拟南芥	Metalloendoproteinase 2-MMP	46.361%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5XF51`	拟南芥	Metalloendoproteinase 3-MMP	44.880%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUJ5`	拟南芥	Metalloendoproteinase 5-MMP	43.902%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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