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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005936
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 175909794-175911965 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1962 bp · LXL04_005936|LXL04_005936|OH1004|cDNA

ATGTCATCTGAATCAGCTCCAAAAACAATACTAATCACTGGTGCAGCCGGATTCATAGCCTCCCATGTCACCAAACGTCTTGTGTCAAACTACCCAAATTACAAAATTGTCGCTCTTGACAAGCTTAGTTATTGCTCAAGCCTCAAGAATCTTCAGCCATGTTTCGCATCTTCAAGATTCAAGTTTGTCAAGGCGGATATCGCAAGTTCGGATCTCATCAACTACCTATTGGATGCAGAAGAAATCGACACGATTATGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1962 bp · LXL04_005936|LXL04_005936|OH1004|CDS

ATGTCATCTGAATCAGCTCCAAAAACAATACTAATCACTGGTGCAGCCGGATTCATAGCCTCCCATGTCACCAAACGTCTTGTGTCAAACTACCCAAATTACAAAATTGTCGCTCTTGACAAGCTTAGTTATTGCTCAAGCCTCAAGAATCTTCAGCCATGTTTCGCATCTTCAAGATTCAAGTTTGTCAAGGCGGATATCGCAAGTTCGGATCTCATCAACTACCTATTGGATGCAGAAGAAATCGACACGATTATGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

653 aa · LXL04_005936|LXL04_005936|OH1004|PROTEIN

MSSESAPKTILITGAAGFIASHVTKRLVSNYPNYKIVALDKLSYCSSLKNLQPCFASSRFKFVKADIASSDLINYLLDAEEIDTIMHFAAETHVDNSFGNSFEFTTNNIYGTHVLLEACKVTRRINRFIHVSTDEVYGESDLETDIGNPEASQLLPTNPYSATKAGAEMLVMAYHRSYGLPIITTRGNNVYGPNQFPEKLIPKFVLLAMRGDPLPIHGNGSNVRSYLFCADVAEAFDVILHKGVIGHVYNIGTKRERSVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005936
TK1151 IDTkA01G006290
OH-1004 IDLXL04_005936
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005936
位置Chr01:175909794-175911965 (+)
描述Similar to RHM1: Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g78570 参与 UDP-β-L-鼠李糖生物合成的三功能酶，该糖是初级细胞壁组分鼠李半乳聚糖 I (RG-I) 和鼠李半乳聚糖 II (RG-II) 的前体。
Functional analysis of Arabidopsis thaliana RHM2/MUM4, a multidomain protein involved in UDP-D-glucose to UDP-L-rhamnose conversion.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m610196200
Comprehensive flavonol profiling and transcriptome coexpression analysis leading to decoding gene-metabolite correlations in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058040
Overexpression of a cytosol-localized rhamnose biosynthesis protein encoded by Arabidopsis RHM1 gene increases rhamnose content in cell wall.2009 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2008.10.011
At3g14790 参与 UDP-β-L-鼠李糖生物合成的三功能酶，该糖是初级细胞壁组分鼠李半乳聚糖 I (RG-I) 和鼠李半乳聚糖 II (RG-II) 的前体。
Functional analysis of Arabidopsis thaliana RHM2/MUM4, a multidomain protein involved in UDP-D-glucose to UDP-L-rhamnose conversion.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m610196200
At1g53500 参与 UDP-β-L-鼠李糖生物合成的三功能酶，是主要细胞壁成分鼠李半乳糖醛酸 I 和鼠李半乳糖醛酸 II 的前体。
RHM2 is involved in mucilage pectin synthesis and is required for the development of the seed coat in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.034314
Functional analysis of Arabidopsis thaliana RHM2/MUM4, a multidomain protein involved in UDP-D-glucose to UDP-L-rhamnose conversion.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m610196200
At1g63000 参与 dTDP-β-L-鼠李糖生物合成的双功能酶。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005936 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009225 nucleotide-sugar metabolic process 生物过程
GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0010253 UDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程
GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程
GO:0019300 rhamnose biosynthetic process 生物过程
GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0051555 flavonol biosynthetic process 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G53500
ath:AT1G63000
ath:AT1G78570
ath:AT3G14790
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.612
排名 1 · LXL04_005936 · OH-1004
细胞核0.271
排名 2 · LXL04_005936 · OH-1004
过氧化物酶体0.129
排名 3 · LXL04_005936 · OH-1004
线粒体0.128
排名 4 · LXL04_005936 · OH-1004
细胞膜0.050
排名 5 · LXL04_005936 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind9-318 aa
PF01370.28Epimerase10-252 aa
PF02719.22Polysacc_synt_210-281 aa
PF16363.12GDP_Man_Dehyd11-315 aa
PF01073.263Beta_HSD11-235 aa
PF07993.19NAD_binding_412-192 aa
PF04321.24RmlD_sub_bind369-527 aa
PF16363.12GDP_Man_Dehyd398-533 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005936PF04321.24RmlD_sub_bind93182.9e-29102.8
LXL04_005936PF01370.28Epimerase102527.7e-68229.2
LXL04_005936PF02719.22Polysacc_synt_2102811.6e-2693.9
LXL04_005936PF16363.12GDP_Man_Dehyd113153.9e-70237.7
LXL04_005936PF01073.263Beta_HSD112351.6e-2383.8
LXL04_005936PF07993.19NAD_binding_4121921e-2281.3
LXL04_005936PF04321.24RmlD_sub_bind3695272.9e-29102.8
LXL04_005936PF16363.12GDP_Man_Dehyd3985333.9e-70237.7
LXL04_005936PF01370.28Epimerase3995217.7e-68229.2
LXL04_005936PF02719.22Polysacc_synt_23994621.6e-2693.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SYM5拟南芥Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM172.523%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LH76拟南芥Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM372.727%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LPG6拟南芥Trifunctional UDP-glucose 4,6-dehydratase/UDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 3,5-epimerase/UDP-4-keto-L-rhamnose-reductase RHM272.576%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LQ04拟南芥Bifunctional dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase/dTDP-4-dehydrorhamnose reductase72.028%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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