LXL04_005658 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005658

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170265173-170267581 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1260 bp · LXL04_005658|LXL04_005658|OH1004|cDNA

ATGGGTGTTCCTAAACCAGGACTACATCGTAAAATCCAAACAAGCAAGGCGCCATTACTAATGGAGAGAACAGAAACCAATACCGATTGTGAACATGTGATTAATATACCAACAAGTAGCAATGAAGCTTCATCATCTACCTCAACTCTCTCTACACCTTCAACAAGTTCACAACCTCCAGTCTTGCAACATTCTTTTTCTACTACAAACACAAGGAATACATCATTTTCAAGACGAGGGAATGGGAATGGGAATGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · LXL04_005658|LXL04_005658|OH1004|CDS

ATGGGTGTTCCTAAACCAGGACTACATCGTAAAATCCAAACAAGCAAGGCGCCATTACTAATGGAGAGAACAGAAACCAATACCGATTGTGAACATGTGATTAATATACCAACAAGTAGCAATGAAGCTTCATCATCTACCTCAACTCTCTCTACACCTTCAACAAGTTCACAACCTCCAGTCTTGCAACATTCTTTTTCTACTACAAACACAAGGAATACATCATTTTCAAGACGAGGGAATGGGAATGGGAATGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

419 aa · LXL04_005658|LXL04_005658|OH1004|PROTEIN

MGVPKPGLHRKIQTSKAPLLMERTETNTDCEHVINIPTSSNEASSSTSTLSTPSTSSQPPVLQHSFSTTNTRNTSFSRRGNGNGNGNGRRRSPLNSGYWISVELVITVSQIIAAIVVLSLSRDEHPHAPLFTWVIGYASGCVVTLPLLFWRFYNRNASNQEVSQGRQNSTPGSLSAVASSFTSSSNGRIFEGDNRNTAGTSTRRMAMGALSARVKVLVEYFKMGLDCFFAVWFVVGNVWIFGGHTSSSVAPNLYRLCIVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005658`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005658

位置 Chr01:170265173-170267581 (+)

描述 Similar to At4g11680: E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11680`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At1g12760`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At1g63170`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	暂无已核实直接文献
`At2g01735`	可能是胚胎发育所需的 E3 泛素蛋白连接酶。	A RING-H2 zinc-finger protein gene RIE1 is essential for seed development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000009256.01620.a6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005658 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12760

ath:AT1G63170

ath:AT2G01735

ath:AT4G11680

mmu:24017

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.383

排名 1 · LXL04_005658 · OH-1004

细胞膜0.263

排名 2 · LXL04_005658 · OH-1004

内质网0.199

排名 3 · LXL04_005658 · OH-1004

细胞质0.190

排名 4 · LXL04_005658 · OH-1004

高尔基体0.140

排名 5 · LXL04_005658 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2354-395 aa

PF17123.12zf-RING_11354-381 aa

PF00097.32zf-C3HC4354-394 aa

PF12678.14zf-rbx1366-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005658	`PF13639.13`	zf-RING_2	354	395	1.7e-14	54.5
LXL04_005658	`PF17123.12`	zf-RING_11	354	381	2.6e-09	37.3
LXL04_005658	`PF00097.32`	zf-C3HC4	354	394	5.6e-06	26.8
LXL04_005658	`PF12678.14`	zf-rbx1	366	395	4.2e-08	34.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z92`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680	30.321%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN71`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760	32.680%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LDB8`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170	35.640%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GUU2`	拟南芥	E3 ubiquitin protein ligase RIE1	25.987%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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