LXL04_005619 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005619

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 169409854-169411989 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2136 bp · LXL04_005619|LXL04_005619|OH1004|cDNA

ATGCCTCCCCAACCAGCGCCGCCAACCACCATACCCAAAAACCTAAACTTGTTCAATAGATATCGCAAAGCCAGCCAAAACCGCCCCACAGTCCGTGGTGGGTTTTTCCCCAATCAAAATCAGCAACCCACCGCGGCCGATTTCGATCTTTCAAAATGGAATCCAGAGCAATCTATTATCTCCACCCCATCACCACAACAACATTACTTCTCCGTGGCCCAAACGCTTTCTCCCATCGCTCGTTACATAGTCGATTCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2136 bp · LXL04_005619|LXL04_005619|OH1004|CDS

ATGCCTCCCCAACCAGCGCCGCCAACCACCATACCCAAAAACCTAAACTTGTTCAATAGATATCGCAAAGCCAGCCAAAACCGCCCCACAGTCCGTGGTGGGTTTTTCCCCAATCAAAATCAGCAACCCACCGCGGCCGATTTCGATCTTTCAAAATGGAATCCAGAGCAATCTATTATCTCCACCCCATCACCACAACAACATTACTTCTCCGTGGCCCAAACGCTTTCTCCCATCGCTCGTTACATAGTCGATTCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

711 aa · LXL04_005619|LXL04_005619|OH1004|PROTEIN

MPPQPAPPTTIPKNLNLFNRYRKASQNRPTVRGGFFPNQNQQPTAADFDLSKWNPEQSIISTPSPQQHYFSVAQTLSPIARYIVDSFRNHRWRWGPPVVADLNKLRRVTPKLVAEVLKVQTDPIISSKFFHWAGKQNGYKHDFATYNAFAYCLNRTNQFRAADQVPDLMNMQGKPPTEKQFEILIRMHSDANRGLRVYYVYEKMKKFGVKPRVFLYNRIMDTLVKTNHLDLSMSVYNDFKDDGLVAEGITFMILIKGLCK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005619`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005619

位置 Chr01:169409854-169411989 (+)

描述 Similar to At4g20740: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20740`	含五重复肽基序蛋白 At4g20740。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At5g64320`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g64320，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g59900`	推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。	暂无已核实直接文献
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005619 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53700

ath:AT4G20740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.798

排名 1 · LXL04_005619 · OH-1004

质体0.122

排名 2 · LXL04_005619 · OH-1004

细胞核0.063

排名 3 · LXL04_005619 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_005619 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_005619 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long160-277 aa

PF13041.13PPR_2211-260 aa

PF23276.3TPR_24219-343 aa

PF12854.14PPR_1246-275 aa

PF13041.13PPR_2249-290 aa

PF01535.27PPR249-276 aa

PF13041.13PPR_2280-329 aa

PF29070.1MSC6_N295-446 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005619	`PF17177.11`	PPR_long	160	277	4.4e-21	76.0
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	211	260	5.8e-61	203.1
LXL04_005619	`PF23276.3`	TPR_24	219	343	2.7e-22	79.8
LXL04_005619	`PF12854.14`	PPR_1	246	275	1e-45	153.9
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	249	290	5.8e-61	203.1
LXL04_005619	`PF01535.27`	PPR	249	276	1.3e-46	154.3
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	280	329	5.8e-61	203.1
LXL04_005619	`PF29070.1`	MSC6_N	295	446	8.1e-20	72.0
LXL04_005619	`PF17177.11`	PPR_long	296	425	4.4e-21	76.0
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	316	348	5.8e-61	203.1
LXL04_005619	`PF12854.14`	PPR_1	316	344	1e-45	153.9
LXL04_005619	`PF01535.27`	PPR	319	347	1.3e-46	154.3
LXL04_005619	`PF12854.14`	PPR_1	382	410	1e-45	153.9
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	385	425	5.8e-61	203.1
LXL04_005619	`PF13812.13`	PPR_3	480	535	8.8e-25	87.3
LXL04_005619	`PF13041.13`	PPR_2	490	530	5.8e-61	203.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVH3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740	56.017%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	25.632%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMF6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial	25.926%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJE6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900	23.567%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	25.308%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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