LXL04_005323 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005323

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 160381087-160381476 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

390 bp · LXL04_005323|LXL04_005323|OH1004|cDNA

ATGGCAAGCACCTCACTTGCATGCAgtatcttcatcttcttcctcaTCATTTGCAACGTCTCATTTTCCGATGCTTGCGGTACATGCACACCAACGAAACCAATGCCACCACCCAAGGCTCCCCCTGCAAACCCCTCTTGCCCTAGAGACACCTTGAAGCTTGGAGTGTGTGCCGACGTTTTAGGGTTGGTGAATGTTGTTATTGGGTCCCAGGAATCTAGCAAATGTTGTGCGTTGCTTGAGGGTTTGGTTGATTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

390 bp · LXL04_005323|LXL04_005323|OH1004|CDS

ATGGCAAGCACCTCACTTGCATGCAGTATCTTCATCTTCTTCCTCATCATTTGCAACGTCTCATTTTCCGATGCTTGCGGTACATGCACACCAACGAAACCAATGCCACCACCCAAGGCTCCCCCTGCAAACCCCTCTTGCCCTAGAGACACCTTGAAGCTTGGAGTGTGTGCCGACGTTTTAGGGTTGGTGAATGTTGTTATTGGGTCCCAGGAATCTAGCAAATGTTGTGCGTTGCTTGAGGGTTTGGTTGATTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

129 aa · LXL04_005323|LXL04_005323|OH1004|PROTEIN

MASTSLACSIFIFFLIICNVSFSDACGTCTPTKPMPPPKAPPANPSCPRDTLKLGVCADVLGLVNVVIGSQESSKCCALLEGLVDLEVAACLCTAIKANVLGINLNVPISLSVLVSACGKTVPPGFKCE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005323`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005323

位置 Chr01:160381087-160381476 (-)

描述 Similar to 14 kDa proline-rich protein DC2.15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12490`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x
`At4g00165`	推测的脂质结合蛋白 At4g00165。	暂无已核实直接文献
`At4g12470`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Priming in systemic plant immunity.2009 · DOI: 10.1126/science.1170025 Cold-inducible expression of AZI1 and its function in improvement of freezing tolerance of Arabidopsis thaliana and Saccharomyces cerevisiae.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2011.01.023 Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x Metabolomic analysis reveals the relationship between AZI1 and sugar signaling in systemic acquired resistance of Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2016.06.016
`At4g12480`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Cold responsive EARLI1 type HyPRPs improve freezing survival of yeast cells and form higher order complexes in plants.2007 · DOI: 10.1007/s00425-007-0611-2 The HyPRP gene EARLI1 has an auxiliary role for germinability and early seedling development under low temperature and salt stress conditions in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1007/s00425-011-1425-9 Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x Expression of recombinant EARLI1, a hybrid proline-rich protein of Arabidopsis, in Escherichia coli and its inhibition effect to the growth of fungal pathogens and Saccharomyces cerevisiae.2012 · DOI: 10.1016/j.gene.2012.06.070

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00165

ath:AT4G12470

ath:AT4G12480

ath:AT4G12490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.457

排名 1 · LXL04_005323 · OH-1004

内质网0.186

排名 2 · LXL04_005323 · OH-1004

溶酶体／液泡0.175

排名 3 · LXL04_005323 · OH-1004

细胞质0.153

排名 4 · LXL04_005323 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 5 · LXL04_005323 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14368.12LTP_235-128 aa

PF14547.12Hydrophob_seed47-128 aa

PF00234.28Tryp_alpha_amyl47-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005323	`PF14368.12`	LTP_2	35	128	5.4e-08	33.6
LXL04_005323	`PF14547.12`	Hydrophob_seed	47	128	9.2e-29	100.3
LXL04_005323	`PF00234.28`	Tryp_alpha_amyl	47	128	1.1e-15	58.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU34`	拟南芥	pEARLI1-like lipid transfer protein 2	58.065%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RW93`	拟南芥	Putative lipid-binding protein At4g00165	53.608%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SU35`	拟南芥	pEARLI1-like lipid transfer protein 1	61.905%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39176`	拟南芥	Lipid transfer protein EARLI 1	60.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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