LXL04_004634 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004634

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 141966060-141969267 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1249 bp · LXL04_004634|LXL04_004634|OH1004|cDNA

ATGGAGACGCAATCAGGTCGAACGGAGCAATATGCTGGTAACAACACCGGCAACGACAAGATTCTTGAAACTGCCTTCAAGAAGGAAACAGTTGGGCTTGTCACAAGGGAAGGGTTCACATTCGAACCAaaattgaagaagaagaaaaagagaaaCTTCAAAAGCTATAAAAAGAAGGAGCTTCTGTTACAAAAACTAAAAAAGAGGAAAGTCAAAGCAAACCCAAAGCTATCTTTTGCAGAAGAAATTGAAAAcgggga...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · LXL04_004634|LXL04_004634|OH1004|CDS

ATGGAGACGCAATCAGGTCGAACGGAGCAATATGCTGGTAACAACACCGGCAACGACAAGATTCTTGAAACTGCCTTCAAGAAGGAAACAGTTGGGCTTGTCACAAGGGAAGGGTTCACATTCGAACCAAAATTGAAGAAGAAGAAAAAGAGAAACTTCAAAAGCTATAAAAAGAAGGAGCTTCTGTTACAAAAACTAAAAAAGAGGAAAGTCAAAGCAAACCCAAAGCTATCTTTTGCAGAAGAAATTGAAAACGGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

343 aa · LXL04_004634|LXL04_004634|OH1004|PROTEIN

METQSGRTEQYAGNNTGNDKILETAFKKETVGLVTREGFTFEPKLKKKKKRNFKSYKKKELLLQKLKKRKVKANPKLSFAEEIENGEEEEEEDGEDKNKESNMFGRRGFGKDPTVETSFLPDSEREAEEQAERERLRKQWLREQEQIKNEALEITYSYWDGAGHRRVMQVRKGDTIEEFLRSVQQQLAPEFREIRTTSVDNKNGTDVVYVKEDLIIPHLSEASCEEDNTRSNSSQSGQKQPDPPQLSWKLIKTNMFLHPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004634`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004634

位置 Chr01:141966060-141969267 (-)

描述 Similar to XCT: Protein XAP5 CIRCADIAN TIMEKEEPER

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21150`	参与昼夜节律和光形态建成的光调控。	暂无已核实直接文献
`At1g77300`	组蛋白甲基转移酶，参与组蛋白H3的'Lys-36'的二甲基化和三甲基化（H3K36me2和H3K36me3）。	Prevention of early flowering by expression of FLOWERING LOCUS C requires methylation of histone H3 K36.2005 · DOI: 10.1038/ncb1329 Di- and tri- but not monomethylation on histone H3 lysine 36 marks active transcription of genes involved in flowering time regulation and other processes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1128/mcb.01607-07 The ASH1 HOMOLOG 2 (ASHH2) histone H3 methyltransferase is required for ovule and anther development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0007817 Autoimmunity in Arabidopsis acd11 is mediated by epigenetic regulation of an immune receptor.2010 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1001137 Histone lysine methyltransferase SDG8 is involved in brassinosteroid-regulated gene expression in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu056

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0535300`	参与昼夜节律和光形态建成的光调控。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BDW1`	参与昼夜节律和光形态建成的光调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004634 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0010363 regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016116 carotenoid metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77300

ath:AT2G21150

dosa:Os09g0535300

dpo:4801527

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881

排名 1 · LXL04_004634 · OH-1004

细胞质0.212

排名 2 · LXL04_004634 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_004634 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_004634 · OH-1004

高尔基体0.014

排名 5 · LXL04_004634 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04921.21XAP5151-220 aa

PF17907.8AWS284-316 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004634	`PF04921.21`	XAP5	151	220	5e-14	53.6
LXL04_004634	`PF17907.8`	AWS	284	316	1.8e-12	47.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H110`	拟南芥	Protein XAP5 CIRCADIAN TIMEKEEPER	60.870%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2LAE1`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2	71.579%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q69JZ7`	水稻	Protein XAP5 CIRCADIAN TIMEKEEPER	61.137%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8BDW1`	水稻	Protein XAP5 CIRCADIAN TIMEKEEPER	61.137%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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