LXL04_003329 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003329

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 74901252-74913572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5493 bp · LXL04_003329|LXL04_003329|OH1004|cDNA

ATGGCGACATCAACAGTATCATCCTCTTCGTCATATTTCACAGGGAAATCAGATGAAGAAATCGAGGAAATGCTTGATCGAATGCTTACTCGATTGGCCATGTGCGATGACCCCCAACTAGAAAACTTGCTCCTCAAGCTACTTCCTGTTACCATTTTCTCGCTCTCCCGTCCGTCTTCTGCCGTCAGGACCAAGGTATTTTTCATCGATTTCACTCTTCCTATCCAGTTGGTGTCTGTGATGGAAATCCTAAGCCATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5493 bp · LXL04_003329|LXL04_003329|OH1004|CDS

ATGGCGACATCAACAGTATCATCCTCTTCGTCATATTTCACAGGGAAATCAGATGAAGAAATCGAGGAAATGCTTGATCGAATGCTTACTCGATTGGCCATGTGCGATGACCCCCAACTAGAAAACTTGCTCCTCAAGCTACTTCCTGTTACCATTTTCTCGCTCTCCCGTCCGTCTTCTGCCGTCAGGACCAAGGTATTTTTCATCGATTTCACTCTTCCTATCCAGTTGGTGTCTGTGATGGAAATCCTAAGCCATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1830 aa · LXL04_003329|LXL04_003329|OH1004|PROTEIN

MATSTVSSSSSYFTGKSDEEIEEMLDRMLTRLAMCDDPQLENLLLKLLPVTIFSLSRPSSAVRTKVFFIDFTLPIQLVSVMEILSHVNKRVKHQQQIGLPLEELWELYMEANTAPMVRNFCIVYIEMAFDRVTKEKKENIAPTMIANISKLPPQHQDIVFRIVTKVIGECHSSKINDEIAAKYKLITGSQDKEMFVEFCLHTLLYQPPSTSGGSSPGLSVSQSNRVAGKSPLNHDMLLVRKLGLLNVIDVMDLPAELVYP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003329`
TK1151 ID	TkA01G373200
OH-1004 ID	LXL04_003329
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_003329`
位置	Chr01:74901252-74913572 (+)
描述	Similar to ECPAS: Proteasome adapter and scaffold protein ECM29
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_003329` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0043248 proteasome assembly 生物过程 GO:0000502 proteasome complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005769 early endosome 细胞组分 GO:0005770 late endosome 细胞组分 GO:0005771 multivesicular body 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005793 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG8858 hsa:23392 mmu:230249 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517

排名 1 · LXL04_003329 · OH-1004

细胞核0.360

排名 2 · LXL04_003329 · OH-1004

高尔基体0.139

排名 3 · LXL04_003329 · OH-1004

溶酶体／液泡0.102

排名 4 · LXL04_003329 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 5 · LXL04_003329 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13001.14ECM29_N25-520 aa

PF23702.3ARM_ECM29640-734 aa

PF24987.2HEAT_EF3_N1066-1198 aa

PF23271.2HEAT_GCN11080-1197 aa

PF24492.2HEAT_ECM291266-1427 aa

PF23731.2ARM_ECM29_C1595-1751 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003329	`PF13001.14`	ECM29_N	25	520	9.3e-127	424.5
LXL04_003329	`PF23702.3`	ARM_ECM29	640	734	5.3e-12	46.5
LXL04_003329	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	1066	1198	6.2e-13	49.8
LXL04_003329	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	1080	1197	2e-14	54.9
LXL04_003329	`PF24492.2`	HEAT_ECM29	1266	1427	2.3e-55	187.8
LXL04_003329	`PF23731.2`	ARM_ECM29_C	1595	1751	5.4e-08	34.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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