RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001434
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 26698903-26701656 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1572 bp · LXL04_001434|LXL04_001434|OH1004|cDNA

ATGTATAAAGCTCCTGTACAGGTGATTAACAGCTTGGAGAGTTGTAGGAGTCGATTTTTCTGGGCTGGAGGTGATTGCAAAAAGATCTCTTGGATCAAATGGAGTAAAGTTCTTAACAACAAAGCTGAAGGGGGTTTGAATATCAGGAGTCTCAAAGCAATGAATCTTGCTCTTCTAGCAAAATGCCTTATGACCCTTTGTTTAAATTCTGGAGACCCCCGTTTTTGTAATTGGATTTGGGACCCGGATAAGAAACGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1572 bp · LXL04_001434|LXL04_001434|OH1004|CDS

ATGTATAAAGCTCCTGTACAGGTGATTAACAGCTTGGAGAGTTGTAGGAGTCGATTTTTCTGGGCTGGAGGTGATTGCAAAAAGATCTCTTGGATCAAATGGAGTAAAGTTCTTAACAACAAAGCTGAAGGGGGTTTGAATATCAGGAGTCTCAAAGCAATGAATCTTGCTCTTCTAGCAAAATGCCTTATGACCCTTTGTTTAAATTCTGGAGACCCCCGTTTTTGTAATTGGATTTGGGACCCGGATAAGAAACGTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

523 aa · LXL04_001434|LXL04_001434|OH1004|PROTEIN

MYKAPVQVINSLESCRSRFFWAGGDCKKISWIKWSKVLNNKAEGGLNIRSLKAMNLALLAKCLMTLCLNSGDPRFCNWIWDPDKKRGFSVNSMRKLLDGDQLQNSPISTIWCKLVPIKANVFVWRARLNRLPTRLNLERRGVFIQSPNCPWCHSTEETSMHVFVGYRTARELLASTASWNGMVFEGKVKTNMQLLMEIKTVSFTWIRSRGSKCNLFEWTKWAYMTQEQVLTWTLTVKEAVYYSSELQLPKFMPKSEKKER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001434
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001434
位置Chr01:26698903-26701656 (-)
描述Similar to ABCG11: ABC transporter G family member 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g17840 通过控制角质层和可能的蜡质向细胞外基质的运输，为角质层、根木栓质和花粉皮的发育所必需。
Characterization of Arabidopsis ABCG11/WBC11, an ATP binding cassette (ABC) transporter that is required for cuticular lipid secretion.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03252.x
The Arabidopsis DESPERADO/AtWBC11 transporter is required for cutin and wax secretion.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105676
Cytological and biochemical analysis of COF1, an Arabidopsis mutant of an ABC transporter gene.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm139
An ABC transporter gene of Arabidopsis thaliana, AtWBC11, is involved in cuticle development and prevention of organ fusion.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm152
The Arabidopsis DSO/ABCG11 transporter affects cutin metabolism in reproductive organs and suberin in roots.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssp103
ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334
Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4
At3g21090 ABC转运蛋白G家族成员15。 暂无已核实直接文献
At1g51500 参与角质层蜡从表皮细胞向角质层的分泌，特别是醛、醇和酸的运输。
Cuticular waxes on eceriferum mutants of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1016/s0031-9422(00)00513-6
Plant cuticular lipid export requires an ABC transporter.2004 · DOI: 10.1126/science.1102331
Wax and cutin mutants of Arabidopsis: Quantitative characterization of the cuticular transport barrier in relation to chemical composition.2016 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2016.03.002
The effects of surface structure mutations in Arabidopsis thaliana on the polarization of reflections from virus-infected leaves.2017 · DOI: 10.1371/journal.pone.0174014
At1g51460 ABC 转运蛋白 G 家族成员 13。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001434 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程
GO:0015908 fatty acid transport 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0080051 cutin transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17840
ath:AT3G21090
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.339
排名 1 · LXL04_001434 · OH-1004
内质网0.330
排名 2 · LXL04_001434 · OH-1004
细胞质0.125
排名 3 · LXL04_001434 · OH-1004
溶酶体／液泡0.091
排名 4 · LXL04_001434 · OH-1004
高尔基体0.074
排名 5 · LXL04_001434 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966.12zf-RVT88-166 aa
PF19055.7ABC2_membrane_7303-355 aa
PF01061.30ABC2_membrane366-480 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001434PF13966.12zf-RVT881661.8e-1454.9
LXL04_001434PF19055.7ABC2_membrane_73033556.4e-0626.0
LXL04_001434PF01061.30ABC2_membrane3664801.2e-1868.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RXN0拟南芥ABC transporter G family member 1139.344%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8RWI9拟南芥ABC transporter G family member 1542.038%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C8K2拟南芥ABC transporter G family member 1237.824%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C8J8拟南芥ABC transporter G family member 1342.105%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看