LXL04_000518 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000518

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 9682828-9684230 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

774 bp · LXL04_000518|LXL04_000518|OH1004|cDNA

ATGGTTCATATAGAAGATGATGAAACCCTAAGAAAAGGTCCATGGACCGAACACGAAGATGTTCAGTTGGCTTTTAACGTGAACATGTTTGGGGATCGCCGCTGGGATTTCATAGCAAAAGTTTCAGGTTTAAAACGAACTGGGAAAAGTTGCAGACTGAGATGGGTGAATTATCTGCATCCTGGGTTGAAAAGGGGGAGGATGACCCCTCATGAAGAGAAGCTAGTTCTTGAATACCATTCTAAATGGGGAAACAGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

774 bp · LXL04_000518|LXL04_000518|OH1004|CDS

ATGGTTCATATAGAAGATGATGAAACCCTAAGAAAAGGTCCATGGACCGAACACGAAGATGTTCAGTTGGCTTTTAACGTGAACATGTTTGGGGATCGCCGCTGGGATTTCATAGCAAAAGTTTCAGGTTTAAAACGAACTGGGAAAAGTTGCAGACTGAGATGGGTGAATTATCTGCATCCTGGGTTGAAAAGGGGGAGGATGACCCCTCATGAAGAGAAGCTAGTTCTTGAATACCATTCTAAATGGGGAAACAGATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

257 aa · LXL04_000518|LXL04_000518|OH1004|PROTEIN

MVHIEDDETLRKGPWTEHEDVQLAFNVNMFGDRRWDFIAKVSGLKRTGKSCRLRWVNYLHPGLKRGRMTPHEEKLVLEYHSKWGNRWSRIARKLPGRTDNEIKNYWRTHMRKKAQENKRASSPSSSFSNSSSSSSITHDPTVDSMLLTETKDRISFYDTGGIEMVPATHRGKNNYKDSSEEQEKVYSMDEIWEDIDSLENNGFKPVFDLYSNVTPSSHQIWDYSYPVNNFWMMDGGDQQDLIGTDMFFPATSEVLLG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000518`
TK1151 ID	TkA01G605170
OH-1004 ID	LXL04_000518
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 73.930 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000518

位置 Chr01:9682828-9684230 (-)

描述 Similar to MYB48: Transcription factor MYB48

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46130`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g59780`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g53200`	转录因子 MYB27。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0567300`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os11g0700500`	转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000518 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0035865 cellular response to potassium ion 生物过程

GO:0043266 regulation of potassium ion transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46130

ath:AT3G53200

ath:AT5G59780

dosa:Os11g0700500

dosa:Os12g0567300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950

排名 1 · LXL04_000518 · OH-1004

细胞质0.152

排名 2 · LXL04_000518 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_000518 · OH-1004

线粒体0.014

排名 4 · LXL04_000518 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_000518 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding12-59 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_615-72 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding65-109 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_669-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000518	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	12	59	1.2e-32	112.5
LXL04_000518	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	15	72	2.6e-17	63.5
LXL04_000518	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	65	109	1.2e-32	112.5
LXL04_000518	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	69	116	2.6e-17	63.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX82`	拟南芥	Transcription factor MYB48	57.676%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q4JL84`	拟南芥	Transcription factor MYB59	55.745%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCP1`	拟南芥	Transcription factor MYB27	64.220%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q4JL76`	水稻	Myb-related protein MYBAS2	52.137%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53NK6`	水稻	Myb-related protein MYBAS1	49.580%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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