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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG093790
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26538339-26542549 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1845 bp · TkAUNG093790|TK1151|cDNA

ATGAAGAGAAATTTATCAAATCTAGTTAGAAAGGGATTTTATACAGAAGCTCTTTCCTTATTTTCAAAGCTCCATTTTCAGTCACACCCCCTCAACGAATTCACATTTCCTTTCCTTCTTAAAGCATGCACGCAGCTCAAACTACTCCTCCATGGCCAGATGCTTCACGCCCATCTCACAAAAACTGGATTCAGTTCAGATATATACACCGCCACATCCCTCACCGACATGTACTTCAAGTTTCAGCTCATCGAAAGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2673 bp · TkAUNG093790|TK1151|CDS

ATGAAGAGAAATTTATCAAATCTAGTTAGAAAGGGATTTTATACAGAAGCTCTTTCCTTATTTTCAAAGCTCCATTTTCAGTCACACCCCCTCAACGAATTCACATTTCCTTTCCTTCTTAAAGCATGCACGCAGCTCAAACTACTCCTCCATGGCCAGATGCTTCACGCCCATCTCACAAAAACTGGATTCAGTTCAGATATATACACCGCCACATCCCTCACCGACATGTACTTCAAGTTTCAGCTCATCGAAAGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

890 aa · TkAUNG093790|TK1151|PROTEIN

MKRNLSNLVRKGFYTEALSLFSKLHFQSHPLNEFTFPFLLKACTQLKLLLHGQMLHAHLTKTGFSSDIYTATSLTDMYFKFQLIESALKVFDEITEPTTTLINVVLSGFSQNKHHNKCLDVFKQVTEYGPKPDSATIAILLSDCDINLKYGLQIHCWAAKIGVETDIYVATSLLTMYSNFEDPMTASIVFKHIHNRNIACYNAFLTGLLQNQKFQPVLETFKQMLQSSNQIPNPVTFLSVLSACSDLKNLKFGRQVHGLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG093790
TK1151 IDTkAUNG093790
OH-1004 IDLXL04_011497
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.573 / OH-1004 86.518
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG093790
位置ChrUn:26538339-26542549 (+)
描述Similar to PCMP-E22: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g02750 含五重复肽序列的蛋白 At2g02750。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g01580 推定的五重复蛋白复合含蛋白 At3g01580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011497 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT2G02750
ath:AT3G01580
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.614
排名 1 · TkAUNG093790 · TK1151
质体0.257
排名 2 · TkAUNG093790 · TK1151
细胞核0.065
排名 3 · TkAUNG093790 · TK1151
细胞质0.039
排名 4 · TkAUNG093790 · TK1151
细胞膜0.008
排名 5 · TkAUNG093790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long4-142 aa
PF05373Pro_3_hydrox_C4-44 aa
PF13041PPR_26-43 aa
PF01535PPR7-24 aa
PF00566RabGAP-TBC16-113 aa
PF13812PPR_360-96 aa
PF23276TPR_2463-124 aa
PF12854PPR_164-94 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG093790PF17177PPR_long41427.6e-1349.0
TkAUNG093790PF05373Pro_3_hydrox_C4440.03914.7
TkAUNG093790PF13041PPR_26432.3e-64214.0
TkAUNG093790PF01535PPR7248.2e-48158.1
TkAUNG093790PF00566RabGAP-TBC161130.0613.7
TkAUNG093790PF13812PPR_360965.5e-2794.4
TkAUNG093790PF23276TPR_24631245.7e-1452.9
TkAUNG093790PF12854PPR_164941.2e-2486.4
TkAUNG093790PF13041PPR_267942.3e-64214.0
TkAUNG093790PF29070MSC6_N671411.9e-2383.9
TkAUNG093790PF01535PPR70958.2e-48158.1
TkAUNG093790PF13428TPR_1476950.0002122.4
TkAUNG093790PF13041PPR_2971442.3e-64214.0
TkAUNG093790PF01535PPR1031298.2e-48158.1
TkAUNG093790PF13812PPR_31041425.5e-2794.4
TkAUNG093790PF00566RabGAP-TBC1541910.0613.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1PFA6拟南芥sp|Q1PFA6|PP144_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0275038.100%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic28.900%Swiss-Prot低置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935027.500%Swiss-Prot低置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial29.000%Swiss-Prot低置信
Q9SS97拟南芥sp|Q9SS97|PP205_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0158025.800%Swiss-Prot低置信

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