TkAUNG093700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG093700

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26514875-26518169 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2003 bp · TkAUNG093700|TK1151|cDNA

TTACAGTCGCATAAACATTTAGACCCGTGGGATTACTGTCTCGTGCTTGAACCACATCCTTTTGTTCTTCTGAGTTCCGACCCTCAATTTCCCATTTGCTGCAAATTACCCAAAAATCGGCTTTACCCACCTCCTGATCTTTCAACAATCATCATACTACACCACCTACAAATGAGGAACGCAATGCAAATCAACCAACACTTGGTGTGCTTCTTCTAAGTTTGCCCACAATCAACAGCCGCAACAATGGCGACAGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1503 bp · TkAUNG093700|TK1151|CDS

ATGGCGACAGCTTTCTCTCTCATCTCTTCATCCTCTCTCAACTTCATTCGAGACCCTCTACCGTCTCCTTCACCCTCCGCGTCATCCTCGTCCCCTTTCTTCGGAGGTGGAACACTCTCGTTCACCCGTAGCAGCAGCAGCAACAACAACAAGAGTTGCGTGTCCTTCTCGTCCTCTCCGCAATTCAACAAGAAGAGGTACCGCAAGCGCGGTGGAGGATTACTTGTGTTCGCGGCGGCGGATTATTACTCTACTCTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

500 aa · TkAUNG093700|TK1151|PROTEIN

MATAFSLISSSSLNFIRDPLPSPSPSASSSSPFFGGGTLSFTRSSSSNNNKSCVSFSSSPQFNKKRYRKRGGGLLVFAAADYYSTLGVPKSATVKDIKAAYRKLARQYHPDVNKQPGATEKFKEISNAYEVLSDDKKRAMYDRYGEDGVKSTVGGQSGAYATNPFDLFETFFGTSMGGFAGGDTTGFGGGGRRPTVIKGEDIRYDMTLEFSSAIFGTEKEFELSHLETCDVCTGTGAKVGSKMRICSTCGGRGQVMRTEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG093700`
TK1151 ID	TkAUNG093700
OH-1004 ID	LXL04_001990
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG093700

位置 ChrUn:26514875-26518169 (+)

描述 Similar to dnaJ: Chaperone protein DnaJ (Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g22360`	可能与HSC70伴侣蛋白共同作用，在叶绿体的热应激期间辅助蛋白折叠并防止蛋白聚集。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0333500`	在叶绿体发育中起关键作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0031072 heat shock protein binding 分子功能

GO:0051082 unfolded protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

amr:AM1_0423

dosa:Os05g0333500

dosa:Os05g0334400

osa:107275576

osa:4338449

osa:4338452

tel:tll0790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.967

排名 1 · TkAUNG093700 · TK1151

线粒体0.041

排名 2 · TkAUNG093700 · TK1151

细胞质0.024

排名 3 · TkAUNG093700 · TK1151

细胞核0.019

排名 4 · TkAUNG093700 · TK1151

过氧化物酶体0.017

排名 5 · TkAUNG093700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ81-142 aa

PF30912TIM141_C85-113 aa

PF27659CHP0264292-113 aa

PF01556DnaJ_C202-420 aa

PF30758Orange_C216-260 aa

PF15777Anti-TRAP226-259 aa

PF27659CHP02642227-261 aa

PF17302DUF5351227-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG093700	`PF00226`	DnaJ	81	142	1.3e-27	96.3
TkAUNG093700	`PF30912`	TIM141_C	85	113	0.074	13.8
TkAUNG093700	`PF27659`	CHP02642	92	113	0.0035	17.6
TkAUNG093700	`PF01556`	DnaJ_C	202	420	2.1e-40	139.0
TkAUNG093700	`PF30758`	Orange_C	216	260	4.1	8.6
TkAUNG093700	`PF15777`	Anti-TRAP	226	259	0.00016	22.3
TkAUNG093700	`PF27659`	CHP02642	227	261	0.0035	17.6
TkAUNG093700	`PF17302`	DUF5351	227	237	0.014	16.4
TkAUNG093700	`PF20833`	RNase_E_G_Thio	228	237	1.3	9.9
TkAUNG093700	`PF18912`	DZR_2	228	251	6.9	7.3
TkAUNG093700	`PF00684`	DnaJ_CXXCXGXG	229	293	1.6e-15	57.8
TkAUNG093700	`PF30758`	Orange_C	229	291	4.1	8.6
TkAUNG093700	`PF12773`	DZR	236	289	0.33	11.8
TkAUNG093700	`PF23733`	GRXCR1-2_C	244	286	1.0	10.0
TkAUNG093700	`PF20833`	RNase_E_G_Thio	245	261	1.3	9.9
TkAUNG093700	`PF17302`	DUF5351	246	254	0.014	16.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJZ7`	拟南芥	sp\|Q9SJZ7\|DNJA6_ARATH Chaperone protein dnaJ A6, chloroplastic	53.200%	Swiss-Prot	高置信
`P0DO01`	水稻	sp\|P0DO01\|DJA7A_ORYSJ Chaperone protein dnaJ A7A, chloroplastic	51.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情