TkAUNG090230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090230

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25616888-25620064 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2508 bp · TkAUNG090230|TK1151|cDNA

TTAACGATCACATTGAGGATTTCATATGCTAGTTGTTGCATAGTGAATTGGGATGATTTCATAAGCCTTCATCGTTAACTTTAGTATCAGATTGCGTATTTATAGTTTTGCTTAATCTTATTGATCTAGATTTTGGTAATGGGTTTTATCTTTGGCTTTGATGATGGAATCAATAAGGGTCACACGATGCTAATGAACTTCTCGTTCAAATAGATTCGTACAAAAAAAAGATCAACTTAAATTTGTAAAAAATTGAGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1470 bp · TkAUNG090230|TK1151|CDS

ATGGAATCGATCTATGGAGAGAACATATTCATCCTTGACAAACAAAGTGGGTTGCGATCTTTTCAGATTCATATTTACATTGAAACCCCCGAAGAACTAACAATCTCCACAAACTTAAACTCTAATAATTCACAAGAATTTTCCTACTCTTTCAAAGTCCAATACCTCCCTCCAATAATCCTAACATGTTTATTACCAAAATCATACCCTACCCACCTCCCTCCATATTTCACAATCTCCACACAATGGTTAAACTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

489 aa · TkAUNG090230|TK1151|PROTEIN

MESIYGENIFILDKQSGLRSFQIHIYIETPEELTISTNLNSNNSQEFSYSFKVQYLPPIILTCLLPKSYPTHLPPYFTISTQWLNSSKISTLCSMLDSIWKEQLGQEVIYSWTEWLHTSSLSYLGFTKEVILGPYSKKNYNNDPRAISGCVSPDLDVPSLKSYNDNKKIEDFLKNFHECCICFSEFAGTDFIRLPCQHFFCEKCMKTYANIHIHEGTVTKLSCPSSKCGGMMPPGLLKRLLGDEEFEKWESLMLQKTLES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090230`
TK1151 ID	TkAUNG090230
OH-1004 ID	LXL04_026123
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.025 / OH-1004 67.620 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG090230`
位置	ChrUn:25616888-25620064 (-)
描述	Similar to Rnf14: E3 ubiquitin-protein ligase RNF14
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026123` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006414 translational elongation 生物过程 GO:0006415 translational termination 生物过程 GO:0006449 regulation of translational termination 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030521 androgen receptor signaling pathway 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0060765 regulation of androgen receptor signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dre:415177 hsa:9604 mmu:56736 sce:YML068W spo:2543264 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.545

排名 1 · TkAUNG090230 · TK1151

细胞质0.486

排名 2 · TkAUNG090230 · TK1151

细胞膜0.052

排名 3 · TkAUNG090230 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkAUNG090230 · TK1151

高尔基体0.043

排名 5 · TkAUNG090230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05773RWD1-118 aa

PF01363FYVE176-212 aa

PF13639zf-RING_2178-224 aa

PF14634zf-RING_5178-224 aa

PF17123zf-RING_11178-204 aa

PF13923zf-C3HC4_2178-208 aa

PF26148VPS18_RING_C178-206 aa

PF00097zf-C3HC4179-224 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090230	`PF05773`	RWD	1	118	3.1e-19	69.9
TkAUNG090230	`PF01363`	FYVE	176	212	0.0073	17.1
TkAUNG090230	`PF13639`	zf-RING_2	178	224	1.5e-05	25.9
TkAUNG090230	`PF14634`	zf-RING_5	178	224	0.0016	19.1
TkAUNG090230	`PF17123`	zf-RING_11	178	204	0.0062	16.9
TkAUNG090230	`PF13923`	zf-C3HC4_2	178	208	0.0092	16.5
TkAUNG090230	`PF26148`	VPS18_RING_C	178	206	0.048	14.5
TkAUNG090230	`PF00097`	zf-C3HC4	179	224	0.0019	18.8
TkAUNG090230	`PF13445`	zf-RING_UBOX	179	224	0.0019	18.9
TkAUNG090230	`PF01485`	IBR	195	208	4e-15	56.3
TkAUNG090230	`PF22191`	IBR_1	196	209	2e-09	37.9
TkAUNG090230	`PF01485`	IBR	220	233	4e-15	56.3
TkAUNG090230	`PF01485`	IBR	247	306	4e-15	56.3
TkAUNG090230	`PF01363`	FYVE	261	301	0.0073	17.1
TkAUNG090230	`PF22191`	IBR_1	264	301	2e-09	37.9
TkAUNG090230	`PF14634`	zf-RING_5	267	306	0.0016	19.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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