TkAUNG090190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090190

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25605433-25605831 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

399 bp · TkAUNG090190|TK1151|cDNA

NNNNCTGGAATTGAAATCTCGTTCACTTTGACGTCGAAATCAGGGGGTGAAGAAGACGACGAGTTTGCGGATCTCTACATAATCAAATGGACGTCGTTGATGATTCCTCCGATTGTTATCATGATGACGAATCTGATCGCGATTGCAGTTGGGGTGAGCAGGACGATTTACAGTGCGATTCCCCAGTGGAGTCGGTTGTTGGGCGGTGTGTTTTTTAGCTTTTGGGTTTTGGCCCATTTGTATCCTTTTGCTAAGGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

399 bp · TkAUNG090190|TK1151|CDS

NNNNCTGGAATTGAAATCTCGTTCACTTTGACGTCGAAATCAGGGGGTGAAGAAGACGACGAGTTTGCGGATCTCTACATAATCAAATGGACGTCGTTGATGATTCCTCCGATTGTTATCATGATGACGAATCTGATCGCGATTGCAGTTGGGGTGAGCAGGACGATTTACAGTGCGATTCCCCAGTGGAGTCGGTTGTTGGGCGGTGTGTTTTTTAGCTTTTGGGTTTTGGCCCATTTGTATCCTTTTGCTAAGGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

132 aa · TkAUNG090190|TK1151|PROTEIN

XXGIEISFTLTSKSGGEEDDEFADLYIIKWTSLMIPPIVIMMTNLIAIAVGVSRTIYSAIPQWSRLLGGVFFSFWVLAHLYPFAKGLMGRRGRTPTIVFVWSGLIAITISLLWVAINPPAGADEIGGSFQFP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090190`
TK1151 ID	TkAUNG090190
OH-1004 ID	LXL04_026119
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.485 / OH-1004 11.374 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG090190

位置 ChrUn:25605433-25605831 (+)

描述 Similar to CSLD3: Cellulose synthase-like protein D3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03050`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	AtCSLD3, a cellulose synthase-like gene important for root hair growth in arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.575
`At5g16910`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YU42`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献
`Os06g0111800`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZAK8`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03050

ath:AT5G16910

dosa:Os06g0111800

dosa:Os10g0578200

osa:4339895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

下表为 Swiss-Prot 同源蛋白的定位注释；当前基因没有直接预测结果，不能视为本物种定位实验结果。

基因 ID	位置	Swiss-Prot	一致性	证据
`TkAUNG090190`	Golgi apparatus membrane ; Multi-pass membrane protein	`Q9M9M4`	79.878%	同源蛋白定位注释

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03552Cellulose_synt2-121 aa

PF03739LptF_LptG23-115 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090190	`PF03552`	Cellulose_synt	2	121	2.1e-60	205.8
TkAUNG090190	`PF03739`	LptF_LptG	23	115	0.18	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9M4`	拟南芥	sp\|Q9M9M4\|CSLD3_ARATH Cellulose synthase-like protein D3	88.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFL0`	拟南芥	sp\|Q9LFL0\|CSLD2_ARATH Cellulose synthase-like protein D2	84.700%	Swiss-Prot	高置信
`A2YU42`	水稻	sp\|A2YU42\|CSLD2_ORYSI Cellulose synthase-like protein D2	89.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHZ7`	水稻	sp\|Q9LHZ7\|CSLD2_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D2	89.300%	Swiss-Prot	高置信
`A2ZAK8`	水稻	sp\|A2ZAK8\|CSLD1_ORYSI Cellulose synthase-like protein D1	78.200%	Swiss-Prot	高置信

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