TkAUNG089080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG089080

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25266788-25270228 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2139 bp · TkAUNG089080|TK1151|cDNA

ACAAACCAGATATGAATTTGTTTTCTTCTCCCTATTTTTCTGCAGATATTTTCTATTCCTCTCTCGCACCGTTTCATCGTCAACAGAGGGTCTATCTTCATCTACTTGACAGAATTCTACATGTTGACTATCAAATTTGCTGCAAATTATTTCCCCATCTACCCAACAAGTTGCAAGTGCAACAATGGATGGACAGCCAGAAATTCTGATGCTCAGCCTATGGAGAAACACAAGCGTGATAGTCTTTACACAGACAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1464 bp · TkAUNG089080|TK1151|CDS

ATGTTGACTATCAAATTTGCTGCAAATTATTTCCCCATCTACCCAACAAGTTGCAAGTGCAACAATGGATGGACAGCCAGAAATTCTGATGCTCAGCCTATGGAGAAACACAAGCGTGATAGTCTTTACACAGACAAGCAAGGGAAATTAAGAAAATTTAATCATAAAAAAGTCTCAAGAAAAAGGGGTGGTTCTTTAAGAGGACAAGGATGGAAATATGGATCAGGATTTGTGGATGGAATATTTCCAGTTTTGAGCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

487 aa · TkAUNG089080|TK1151|PROTEIN

MLTIKFAANYFPIYPTSCKCNNGWTARNSDAQPMEKHKRDSLYTDKQGKLRKFNHKKVSRKRGGSLRGQGWKYGSGFVDGIFPVLSPDAQQILNFMKRETDVNRVWDALSSLPPTHTTWDDIISVAVQLRLNKKWDPIILMCEWMLYRSSFQADIICYNLLIDAFGQKSSFEKAESTYFNLLEARCIPTEDTYALLLRSYCTAGLLEKAEAVFMEMKKYGLSPSAVVYNAYIDGLMKGRNSQKAVEIFQRMKRNYCQPST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG089080`
TK1151 ID	TkAUNG089080
OH-1004 ID	LXL04_019513
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 41.478 / OH-1004 32.013 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG089080

位置 ChrUn:25266788-25270228 (+)

描述 Similar to At2g35130: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35130`	含五肽重复序列的蛋白At2g35130。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019513 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G35130

ath:AT5G02860

ath:AT5G39980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.759

排名 1 · TkAUNG089080 · TK1151

线粒体0.154

排名 2 · TkAUNG089080 · TK1151

细胞核0.064

排名 3 · TkAUNG089080 · TK1151

细胞质0.025

排名 4 · TkAUNG089080 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkAUNG089080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10037MRP-S2715-38 aa

PF18535Gal11_ABD185-134 aa

PF23276TPR_2486-117 aa

PF13812PPR_3148-200 aa

PF23276TPR_24150-250 aa

PF12854PPR_1152-175 aa

PF29070MSC6_N152-213 aa

PF06239ECSIT_N152-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG089080	`PF10037`	MRP-S27	15	38	0.00079	19.2
TkAUNG089080	`PF18535`	Gal11_ABD1	85	134	0.00053	20.7
TkAUNG089080	`PF23276`	TPR_24	86	117	9.1e-23	81.4
TkAUNG089080	`PF13812`	PPR_3	148	200	3.4e-55	184.7
TkAUNG089080	`PF23276`	TPR_24	150	250	9.1e-23	81.4
TkAUNG089080	`PF12854`	PPR_1	152	175	1.5e-51	172.5
TkAUNG089080	`PF29070`	MSC6_N	152	213	1e-30	107.9
TkAUNG089080	`PF06239`	ECSIT_N	152	167	1.3e-05	25.3
TkAUNG089080	`PF13041`	PPR_2	154	201	1.3e-73	243.6
TkAUNG089080	`PF01535`	PPR	157	183	8.2e-62	202.0
TkAUNG089080	`PF24760`	TPR_IF140_C	157	177	0.065	14.4
TkAUNG089080	`PF29070`	MSC6_N	159	249	1e-30	107.9
TkAUNG089080	`PF25064`	ARM_TT21_5th	163	256	0.00025	22.0
TkAUNG089080	`PF17177`	PPR_long	168	224	1.5e-25	90.6
TkAUNG089080	`PF08579`	RPM2	176	200	0.0035	18.4
TkAUNG089080	`PF12854`	PPR_1	186	217	1.5e-51	172.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82178`	拟南芥	sp\|O82178\|PP186_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35130	61.300%	Swiss-Prot	低置信

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