TkAUNG079550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG079550

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 22718889-22721855 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2112 bp · TkAUNG079550|TK1151|cDNA

TTGAACAGTTCTTCTAACTCCACACTATTTCTTCCCTCTCTTCTCTCACTCTGTTTCTCTCTCCTTCATACACACAATGTGTGTGTGTGTGTGAAGGAAAAAGAAAAACCTTCATTACTTGTAAATCCCTACAAAAAAATCATTTGTTTGAGGAAATTTCGGCCCCAAATATTTTCTATGGCTCAAGTGTGTTCTTGAAAGCACACCTTCTTCATACCCAAAAAAACAAAGCTTTTTAAATCATAATGCTAATAAAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · TkAUNG079550|TK1151|CDS

ATGCTAATAAAACTTTCACGCCCATTTTCTTTTCTTCTTCTTCTTTTTCTCGCCCTTTTTGTCTTTCTATCAAATGGCGAATCCAAATTCCCCATCTCCCGATCACCACCCACTTCAGGAAATTATAAAAGGGGGAAATATGATTTGGTGAATTCATGGGGGAATAGAAGGTTTCTTGGCGATGAACAAAAGAATGGGAATTCATCACTTGTTTTGGCTCAAGAAAGAACTACAAGAAAAGATCCTCTTGATAAATTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

544 aa · TkAUNG079550|TK1151|PROTEIN

MLIKLSRPFSFLLLLFLALFVFLSNGESKFPISRSPPTSGNYKRGKYDLVNSWGNRRFLGDEQKNGNSSLVLAQERTTRKDPLDKFKKYRGGWNIKERHYWASVAFTAAPFFVVAAVWFVIFGLFLSVICICYCCCRKESYGYSKTAYTLSLILLILFTIMAIVGCIILYTGQGKFHQSTTKTLRYIVHQSEITAKRLRNVSDDLASAKKIAVAQVFLPVDVQADIDEIQTKLNASAIELSERTKENKEDIHDILESVSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG079550`
TK1151 ID	TkAUNG079550
OH-1004 ID	LXL04_005330
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG079550`
位置	ChrUn:22718889-22721855 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005330` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.579

排名 1 · TkAUNG079550 · TK1151

溶酶体／液泡0.236

排名 2 · TkAUNG079550 · TK1151

细胞质0.136

排名 3 · TkAUNG079550 · TK1151

内质网0.090

排名 4 · TkAUNG079550 · TK1151

高尔基体0.059

排名 5 · TkAUNG079550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00335Tetraspanin11-22 aa

PF06687SUR711-32 aa

PF00487FA_desaturase70-134 aa

PF14348DtrJ-like72-132 aa

PF20990DUF2207_C87-179 aa

PF04906Tweety87-341 aa

PF06749DUF121897-124 aa

PF06687SUR7104-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG079550	`PF00335`	Tetraspanin	11	22	0.00021	21.7
TkAUNG079550	`PF06687`	SUR7	11	32	0.002	18.5
TkAUNG079550	`PF00487`	FA_desaturase	70	134	0.00018	22.1
TkAUNG079550	`PF14348`	DtrJ-like	72	132	0.39	11.0
TkAUNG079550	`PF20990`	DUF2207_C	87	179	0.021	15.2
TkAUNG079550	`PF04906`	Tweety	87	341	0.043	13.2
TkAUNG079550	`PF06749`	DUF1218	97	124	0.031	15.5
TkAUNG079550	`PF06687`	SUR7	104	179	0.002	18.5
TkAUNG079550	`PF05478`	Prominin	112	269	8.9	5.0
TkAUNG079550	`PF06157`	DUF973	113	183	0.092	12.6
TkAUNG079550	`PF06749`	DUF1218	115	181	0.031	15.5
TkAUNG079550	`PF00335`	Tetraspanin	116	199	0.00021	21.7
TkAUNG079550	`PF04123`	DUF373	117	190	0.17	12.0
TkAUNG079550	`PF14147`	Spore_YhaL	117	131	3.1	8.2
TkAUNG079550	`PF06703`	SPC25	125	187	4.2	7.8
TkAUNG079550	`PF29008`	DDB_G0292058_C	142	375	5.2e-07	29.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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