TkAUNG065300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG065300

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18975948-18981565 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2159 bp · TkAUNG065300|TK1151|cDNA

CTTTTTCGTCCTTATCTCTTTGTCGTTACCCTCAAATTGCCGAACGTCGACTTTATATATTTGACTCCCACACCAAACTCTACGAGAGATCTCTCGAGTGAAAGATTCATGGGAAATCAACAGGAAGAACCGCCGGCGGGCCTGAGAAGAAGAGGCTGTTCATACCAGCAAGGCGATTTCCTGCCGGAGGAGTCTTTCCAATCATGGAACAACTACAAACAAGCATTAAGACAGACTCCTCACAGGTTGATGGATCGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · TkAUNG065300|TK1151|CDS

CTTTTTCGTCCTTATCTCTTTGTCGTTACCCTCAAATTGCCGAACGTCGACTTTATATATTTGACTCCCACACCAAACTCTACGAGAGATCTCTCGAGTGAAAGATTCATGGGAAATCAACAGGAAGAACCGCCGGCGGGCCTGAGAAGAAGAGGCTGTTCATACCAGCAAGGCGATTTCCTGCCGGAGGAGTCTTTCCAATCATGGAACAACTACAAACAAGCATTAAGACAGACTCCTCACAGGTTGATGGATCGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · TkAUNG065300|TK1151|PROTEIN

LFRPYLFVVTLKLPNVDFIYLTPTPNSTRDLSSERFMGNQQEEPPAGLRRRGCSYQQGDFLPEESFQSWNNYKQALRQTPHRLMDRLLTRSGDQAELDARARSQTAMKKTLTWWDLIWFGMGAVIGAGIFVLTGLEAREDAGPAVVLSYVVSGASALMSVFCYTEFAVEIPVAGGSFAYLRVELGDFVAFIAAGNILLEYVIGGAAVARAWTSYFATLCNHKPEDFRITASGLAPNYNELDPIAVGVIAIICIIAVLSTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG065300`
TK1151 ID	TkAUNG065300
OH-1004 ID	LXL04_012239
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.486 / OH-1004 75.639 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG065300

位置 ChrUn:18975948-18981565 (-)

描述 Similar to CAT1: Cationic amino acid transporter 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21120`	高亲和力渗透蛋白，参与阳离子氨基酸（如精氨酸、赖氨酸、组氨酸、瓜氨酸、缬氨酸和谷氨酸）的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g34960`	高亲和力通透酶，可转运阳离子氨基酸精氨酸，也能以较低程度转运瓜氨酸和谷氨酸。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278
`At1g17120`	渗透酶参与阳离子中性或酸性氨基酸的转运。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278
`At5g04770`	渗透酶参与阳离子中性或酸性氨基酸的转运。	Molecular and functional characterization of a family of amino acid transporters from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045278
`At3g10600`	参与阳离子氨基酸运输的渗透酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012239 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006865 amino acid transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17120

ath:AT2G34960

ath:AT3G10600

ath:AT4G21120

ath:AT5G04770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.586

排名 1 · TkAUNG065300 · TK1151

溶酶体／液泡0.153

排名 2 · TkAUNG065300 · TK1151

细胞质0.138

排名 3 · TkAUNG065300 · TK1151

内质网0.112

排名 4 · TkAUNG065300 · TK1151

高尔基体0.076

排名 5 · TkAUNG065300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16778Phage_tail_APC64-82 aa

PF13520AA_permease_2111-480 aa

PF13906AA_permease_C111-135 aa

PF00324AA_permease116-480 aa

PF10841DUF2644187-222 aa

PF16778Phage_tail_APC207-218 aa

PF10841DUF2644438-468 aa

PF13906AA_permease_C467-467 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG065300	`PF16778`	Phage_tail_APC	64	82	0.31	11.7
TkAUNG065300	`PF13520`	AA_permease_2	111	480	8.8e-48	164.0
TkAUNG065300	`PF13906`	AA_permease_C	111	135	6.7e-17	62.1
TkAUNG065300	`PF00324`	AA_permease	116	480	6.7e-35	121.4
TkAUNG065300	`PF10841`	DUF2644	187	222	7.7	7.6
TkAUNG065300	`PF16778`	Phage_tail_APC	207	218	0.31	11.7
TkAUNG065300	`PF10841`	DUF2644	438	468	7.7	7.6
TkAUNG065300	`PF13906`	AA_permease_C	467	467	6.7e-17	62.1
TkAUNG065300	`PF10841`	DUF2644	470	509	7.7	7.6
TkAUNG065300	`PF13520`	AA_permease_2	496	568	8.8e-48	164.0
TkAUNG065300	`PF13906`	AA_permease_C	550	599	6.7e-17	62.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84MA5`	拟南芥	sp\|Q84MA5\|CAAT1_ARATH Cationic amino acid transporter 1	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`O64759`	拟南芥	sp\|O64759\|CAAT5_ARATH Cationic amino acid transporter 5	57.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SHH0`	拟南芥	sp\|Q9SHH0\|CAAT8_ARATH Cationic amino acid transporter 8, vacuolar	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZ20`	拟南芥	sp\|Q9LZ20\|CAAT6_ARATH Cationic amino acid transporter 6, chloroplastic	40.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SQZ0`	拟南芥	sp\|Q9SQZ0\|CAAT7_ARATH Cationic amino acid transporter 7, chloroplastic	39.400%	Swiss-Prot	中等置信

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