TkAUNG063400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG063400

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18326900-18328330 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1386 bp · TkAUNG063400|TK1151|cDNA

ATGTGGCCTCCTTTTATCTGGTTAGCTTCTTGCTGTTATTTGCTAAAACATACCTGGAATATCCGTTCTACATTTGTTAGATTGTCTGCCTATACAATATGCTCCGACTTCCAAGGCTTATCTTCGTACACCAAAGTGTTATCTCATCGGCTTAAAAAACTCGGTAAGTTTAACGATACTGAAACCTTACACCACCGGAAGAAGGAACTTAGCAGAAACAGTGCCTTGTTATTTGCCCGCCAATTAAAAGAGTCTGGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · TkAUNG063400|TK1151|CDS

ATGTGGCCTCCTTTTATCTGGTTAGCTTCTTGCTGTTATTTGCTAAAACATACCTGGAATATCCGTTCTACATTTGTTAGATTGTCTGCCTATACAATATGCTCCGACTTCCAAGGCTTATCTTCGTACACCAAAGTGTTATCTCATCGGCTTAAAAAACTCGGTAAGTTTAACGATACTGAAACCTTACACCACCGGAAGAAGGAACTTAGCAGAAACAGTGCCTTGTTATTTGCCCGCCAATTAAAAGAGTCTGGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

461 aa · TkAUNG063400|TK1151|PROTEIN

MWPPFIWLASCCYLLKHTWNIRSTFVRLSAYTICSDFQGLSSYTKVLSHRLKKLGKFNDTETLHHRKKELSRNSALLFARQLKESGFKHDVETYMTIIRSLCHSGMYVRLYNLFNYVIEEDVGIEISHLLDELINEKLIKVVEVLVKVYASIGIYHKAMHTLLEMKNRSGLMVSTGTCNFVLNEVIEWDKVDRAESFYELLKRNEFIPNVYTYGILMKGYRKKGHLVNALHVFKQMEEDGIKPNAFIYAFKVVKKLMDSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG063400`
TK1151 ID	TkAUNG063400
OH-1004 ID	LXL04_032690
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 50.759 / OH-1004 49.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG063400`
位置	ChrUn:18326900-18328330 (+)
描述	Similar to At2g26790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032690` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G26790 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.838

排名 1 · TkAUNG063400 · TK1151

质体0.078

排名 2 · TkAUNG063400 · TK1151

细胞核0.047

排名 3 · TkAUNG063400 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkAUNG063400 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkAUNG063400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24760TPR_IF140_C50-113 aa

PF17177PPR_long66-108 aa

PF23276TPR_2475-113 aa

PF13812PPR_380-120 aa

PF29070MSC6_N80-110 aa

PF12854PPR_186-106 aa

PF13041PPR_290-114 aa

PF12921ATP1392-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG063400	`PF24760`	TPR_IF140_C	50	113	0.13	13.4
TkAUNG063400	`PF17177`	PPR_long	66	108	1.1e-10	42.0
TkAUNG063400	`PF23276`	TPR_24	75	113	3.2e-21	76.3
TkAUNG063400	`PF13812`	PPR_3	80	120	1.1e-27	96.6
TkAUNG063400	`PF29070`	MSC6_N	80	110	2.8e-10	40.6
TkAUNG063400	`PF12854`	PPR_1	86	106	3.3e-36	123.4
TkAUNG063400	`PF13041`	PPR_2	90	114	7.4e-57	190.0
TkAUNG063400	`PF12921`	ATP13	92	113	0.16	12.6
TkAUNG063400	`PF01535`	PPR	93	120	5.6e-37	124.1
TkAUNG063400	`PF08579`	RPM2	116	116	0.00022	22.3
TkAUNG063400	`PF23276`	TPR_24	127	161	3.2e-21	76.3
TkAUNG063400	`PF03704`	BTAD	136	162	0.054	14.6
TkAUNG063400	`PF12921`	ATP13	139	166	0.16	12.6
TkAUNG063400	`PF24760`	TPR_IF140_C	141	166	0.13	13.4
TkAUNG063400	`PF13041`	PPR_2	145	168	7.4e-57	190.0
TkAUNG063400	`PF01535`	PPR	145	168	5.6e-37	124.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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