RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG059680
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 17399625-17402393 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2213 bp · TkAUNG059680|TK1151|cDNA

AATTGGGTCGGACCCTCTTTCACCTAGACATTCTATTCAAGGTCCCCCACCCCTTTCACGCGCTCACACGCACACAGACACTCCCTCCGACCCACGCCTCAAGGCTCAAGCACACACAAACACCCTTAACTGTGAGCTCTTTCTGGAGATCCGGACTCATTTATTTCGATTCAGTAAGGTATGCTGGTGTTATATGCAGTTACCAATTGAAAATTTGATGCTTGTAGATCTGATATTCCGTAAAAGAACTTCAGAGCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkAUNG059680|TK1151|CDS

ATGCCTCCATCAAGTAAAGCTGAAAAGAAAGCAGCAATAGATGCTGGAGCATGGATGTTCAACATCGTCACTTCCGTTGGGATCATCATTGTAAACAAAGCATTAATGGCCACATATGGTTTCACTTTTGCAACAACATTGACCGGATTGCATTTCGTCACCACCACCTTGATGACGGTTGTTCTTAGGTGGCTGGGTTACATCCAGCCATCTCATCTACCCATTTCAGAGCTTCTAAAATTCGTCCTATTCGCCAACTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

337 aa · TkAUNG059680|TK1151|PROTEIN

MPPSSKAEKKAAIDAGAWMFNIVTSVGIIIVNKALMATYGFTFATTLTGLHFVTTTLMTVVLRWLGYIQPSHLPISELLKFVLFANFSIVGMNVSLMWNSVGFYQIAKLSMIPVSCLLEVAFDKIRYSRDTKLSILVVLLGVAVCTVTDVSVNAKGFVAAFIAVWTTSLQQYYVHYLQRNYSLSSFNLLGHTAPIQAGSLLVVGPFLDYWLTEKRVDMFKFDVTSVVFLVLSCTIAVGTNLSQFICIGRFTAVSFQVLGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG059680
TK1151 IDTkAUNG059680
OH-1004 IDLXL04_015313
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)52.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.053 / OH-1004 85.345
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG059680
位置ChrUn:17399625-17402393 (-)
描述Similar to URGT2: UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34020 核苷酸-糖转运蛋白，可以严格对换方式运输 UDP-鼠李糖或 UDP-半乳糖以及 UMP。 暂无已核实直接文献
At4g09810 核苷酸-糖转运蛋白，可以严格对换方式运输 UDP-鼠李糖或 UDP-半乳糖以及 UMP。 暂无已核实直接文献
At4g39390 核苷酸-糖转运蛋白，以严格的反交换模式转运 UDP-鼠李糖或 UDP-半乳糖和 UMP。
Characterization of AtNST-KT1, a novel UDP-galactose transporter from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.06.082
At1g21070 核苷酸-糖转运蛋白，可以严格对换方式运输 UDP-鼠李糖或 UDP-半乳糖以及 UMP。 暂无已核实直接文献
At1g76670 核苷酸-糖转运蛋白，以严格的反交换模式转运 UDP-鼠李糖或 UDP-半乳糖和 UMP。
Molecular cloning of two Arabidopsis UDP-galactose transporters by complementation of a deficient Chinese hamster ovary cell line.2005 · DOI: 10.1093/glycob/cwh159

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015313 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0015780 nucleotide-sugar transmembrane transport 生物过程
GO:0015783 GDP-fucose transmembrane transport 生物过程
GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程
GO:1904659 D-glucose transmembrane transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G21070
ath:AT1G76670
ath:AT4G09810
ath:AT4G39390
ath:AT5G42420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.741
排名 1 · TkAUNG059680 · TK1151
内质网0.181
排名 2 · TkAUNG059680 · TK1151
细胞质0.117
排名 3 · TkAUNG059680 · TK1151
细胞膜0.049
排名 4 · TkAUNG059680 · TK1151
溶酶体／液泡0.045
排名 5 · TkAUNG059680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21659Flavi_E_stem7-67 aa
PF03151TPT23-297 aa
PF05366Sarcolipin54-65 aa
PF05366Sarcolipin83-105 aa
PF21659Flavi_E_stem119-144 aa
PF11717Tudor-knot170-180 aa
PF11717Tudor-knot207-217 aa
PF21659Flavi_E_stem262-294 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG059680PF21659Flavi_E_stem7670.008517.2
TkAUNG059680PF03151TPT232975.3e-1659.6
TkAUNG059680PF05366Sarcolipin54650.8310.1
TkAUNG059680PF05366Sarcolipin831050.8310.1
TkAUNG059680PF21659Flavi_E_stem1191440.008517.2
TkAUNG059680PF11717Tudor-knot1701800.7410.5
TkAUNG059680PF11717Tudor-knot2072170.7410.5
TkAUNG059680PF21659Flavi_E_stem2622940.008517.2
TkAUNG059680PF11717Tudor-knot3033200.7410.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FDZ5拟南芥sp|Q9FDZ5|URGT6_ARATH UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 681.900%Swiss-Prot高置信
Q9SZ96拟南芥sp|Q9SZ96|URGT5_ARATH UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 581.500%Swiss-Prot高置信
Q8RWW7拟南芥sp|Q8RWW7|URGT4_ARATH UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 479.600%Swiss-Prot高置信
Q9LPU2拟南芥sp|Q9LPU2|URGT2_ARATH UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 251.300%Swiss-Prot高置信
Q9SRE4拟南芥sp|Q9SRE4|URGT1_ARATH UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 151.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看