TkAUNG053420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG053420

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 15267314-15267712 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

399 bp · TkAUNG053420|TK1151|cDNA

ATGGAGGAAATGAAGGGTATCGAGGTTCTCCTCGATGGCTCTGTAAACGTAAAGCAACTTGCATTCAAAGCGAATAGGTTAAATGCCGAGTGCATGAAAGAATTATCGAAGATATTGAGGAAAAATGAAACGATTAAAGAGGTTGTTTTGTCCGAATCGAGAATTGGTTCACTTGGAGCTACACTCATTGCTTCAGCTTTGAAGGTGAACTCATGTTTAGAAGAATTGCAGATATGGGAAGATGCAGTCGGATCAAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

399 bp · TkAUNG053420|TK1151|CDS

ATGGAGGAAATGAAGGGTATCGAGGTTCTCCTCGATGGCTCTGTAAACGTAAAGCAACTTGCATTCAAAGCGAATAGGTTAAATGCCGAGTGCATGAAAGAATTATCGAAGATATTGAGGAAAAATGAAACGATTAAAGAGGTTGTTTTGTCCGAATCGAGAATTGGTTCACTTGGAGCTACACTCATTGCTTCAGCTTTGAAGGTGAACTCATGTTTAGAAGAATTGCAGATATGGGAAGATGCAGTCGGATCAAAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

132 aa · TkAUNG053420|TK1151|PROTEIN

MEEMKGIEVLLDGSVNVKQLAFKANRLNAECMKELSKILRKNETIKEVVLSESRIGSLGATLIASALKVNSCLEELQIWEDAVGSKGAEELSKMIEANSTLKLLIIFDSSSITATPLNLFRRWKITNKPLTH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG053420`
TK1151 ID	TkAUNG053420
OH-1004 ID	LXL04_038148
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG053420`
位置	ChrUn:15267314-15267712 (+)
描述	Similar to TRN1: Protein TORNADO 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038148` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001659 temperature homeostasis 生物过程 GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0002253 activation of immune response 生物过程 GO:0002606 positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation 生物过程 GO:0002720 positive regulation of cytokine production involved in immune response 生物过程 GO:0002830 positive regulation of type 2 immune response 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0006963 positive regulation of antibacterial peptide biosynthetic process 生物过程 GO:0006965 positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G55540 mmu:268857 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.615

排名 1 · TkAUNG053420 · TK1151

细胞质0.431

排名 2 · TkAUNG053420 · TK1151

线粒体0.053

排名 3 · TkAUNG053420 · TK1151

细胞膜0.028

排名 4 · TkAUNG053420 · TK1151

内质网0.020

排名 5 · TkAUNG053420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27087LRR_TMOD-LMOD10-102 aa

PF29255LRR_NLRC317-106 aa

PF29265LRR_CARMIL18-52 aa

PF13516LRR_641-64 aa

PF29265LRR_CARMIL59-117 aa

PF13516LRR_670-91 aa

PF13516LRR_698-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG053420	`PF27087`	LRR_TMOD-LMOD	10	102	8.4e-09	35.9
TkAUNG053420	`PF29255`	LRR_NLRC3	17	106	5.8e-13	49.0
TkAUNG053420	`PF29265`	LRR_CARMIL	18	52	1.8e-08	34.2
TkAUNG053420	`PF13516`	LRR_6	41	64	0.092	13.5
TkAUNG053420	`PF29265`	LRR_CARMIL	59	117	1.8e-08	34.2
TkAUNG053420	`PF13516`	LRR_6	70	91	0.092	13.5
TkAUNG053420	`PF13516`	LRR_6	98	107	0.092	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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