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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG044540
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 12392373-12394019 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1647 bp · TkAUNG044540|TK1151|cDNA

ATGCCAATGCACCGTCTTATACCAAAGTGGTACCAGGTTCGGGTTCCTCGAGCATCTTGGGGAGTCTTTCACAGCCATTTGCTCCTACGATCACCAAAAATCATTTCGCCTACGTCCTTTTGGCAAATATCTACTCTTTCGACCACCAATCTCATTCAAGATTACATTCGCGATGGTAACGTTAACGATGCTCGCAAACTGTTTGATGAAAATCTCACGTCTTGTAATACCGTTGCTTGGAATTCCATGATCACTGGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1647 bp · TkAUNG044540|TK1151|CDS

ATGCCAATGCACCGTCTTATACCAAAGTGGTACCAGGTTCGGGTTCCTCGAGCATCTTGGGGAGTCTTTCACAGCCATTTGCTCCTACGATCACCAAAAATCATTTCGCCTACGTCCTTTTGGCAAATATCTACTCTTTCGACCACCAATCTCATTCAAGATTACATTCGCGATGGTAACGTTAACGATGCTCGCAAACTGTTTGATGAAAATCTCACGTCTTGTAATACCGTTGCTTGGAATTCCATGATCACTGGCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

548 aa · TkAUNG044540|TK1151|PROTEIN

MPMHRLIPKWYQVRVPRASWGVFHSHLLLRSPKIISPTSFWQISTLSTTNLIQDYIRDGNVNDARKLFDENLTSCNTVAWNSMITGHIRHNQMQSAHDLFDRMPVRDVVSWNTMLSGLNKTKNPHKLHQFFLQMNRAGERPNQFTFSTIISGFLNTFDVLVPQLHTLILHLGLHSNIFVGSALMRGYTHLHDHYSLCHVFDDILLKDISTWNALLVGYMDLGFTTEAQMTFNRMPEVNIISWTTLVDGYIKNKKINQARH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG044540
TK1151 IDTkAUNG044540
OH-1004 IDLXL04_001273
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.891 / OH-1004 99.426
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG044540
位置ChrUn:12392373-12394019 (+)
描述Similar to PCMP-H24: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13600
ath:AT4G02750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.753
排名 1 · TkAUNG044540 · TK1151
质体0.111
排名 2 · TkAUNG044540 · TK1151
细胞核0.045
排名 3 · TkAUNG044540 · TK1151
细胞质0.030
排名 4 · TkAUNG044540 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkAUNG044540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17049AEP142-70 aa
PF24603TPR_3046-105 aa
PF13041PPR_247-70 aa
PF05843Suf47-123 aa
PF29070MSC6_N48-155 aa
PF01535PPR49-70 aa
PF13812PPR_349-70 aa
PF23220HAT_Syf1_M49-84 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG044540PF17049AEP142700.05913.2
TkAUNG044540PF24603TPR_30461058.3e-0523.7
TkAUNG044540PF13041PPR_247704.3e-76251.6
TkAUNG044540PF05843Suf471232.1e-0627.3
TkAUNG044540PF29070MSC6_N481551.1e-1248.5
TkAUNG044540PF01535PPR49707.1e-66214.7
TkAUNG044540PF13812PPR_349701.4e-29102.7
TkAUNG044540PF23220HAT_Syf1_M49847.5e-0523.4
TkAUNG044540PF23240HAT_PRP39_N491020.006917.2
TkAUNG044540PF23276TPR_24511028.3e-1142.6
TkAUNG044540PF24760TPR_IF140_C51700.002518.9
TkAUNG044540PF12854PPR_157702.6e-44149.3
TkAUNG044540PF22330Rib_mS39_PPR62921e-0526.1
TkAUNG044540PF01335DED701290.01116.7
TkAUNG044540PF13041PPR_2761044.3e-76251.6
TkAUNG044540PF12854PPR_1761032.6e-44149.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial30.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial28.800%Swiss-Prot低置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial31.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333027.600%Swiss-Prot低置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891034.300%Swiss-Prot中等置信

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