基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkAUNG029170
当前版本: TK1151
染色体: ChrUn
坐标: 7869707-7875027
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2902 bp · TkAUNG029170|TK1151|cDNA
ATTGAACCACCGTTAAACCTCTGACTGTCTTCCATTTTTCCTTACTACCGTCGACCAGGCCGCCATTATCGTTAAGTCTTAGAAGCTCTTTGCAAGTACCAGATATTATAGATGGAGAACAAGGATAAGATCAAAATCGCATTTACAATCTCATGTCTTGCGGTGGTTTCAATCTTACTAGCGAACAAATTTCGGAAACAACGAAAACGAAAACAGAACATAGGCTCGTGTTACTTGAAATCGGAAGCAAAACCTCAACA...
CDS
下载 CDS FASTA2613 bp · TkAUNG029170|TK1151|CDS
ATGGAGAACAAGGATAAGATCAAAATCGCATTTACAATCTCATGTCTTGCGGTGGTTTCAATCTTACTAGCGAACAAATTTCGGAAACAACGAAAACGAAAACAGAACATAGGCTCGTGTTACTTGAAATCGGAAGCAAAACCTCAACACAATTTTAAGCGTGTATTGGCCAACAATTCGTACTCTGCGTTCAAGCACCTCAAGCTCGACGATGACAGCTCTTCAGATTTGCATCCATTTGAGTCGGAGATCAAAGCACT...
870 aa · TkAUNG029170|TK1151|PROTEIN
MENKDKIKIAFTISCLAVVSILLANKFRKQRKRKQNIGSCYLKSEAKPQHNFKRVLANNSYSAFKHLKLDDDSSSDLHPFESEIKALLENPELEFEFCDGTMSMDMSDTYVWIDDESKLKELAQVLSKERVFAVDTEQHSLRSFLGFTALIQISTREEDYLVDTIAVHDYMGILFPVFANPNICKVFHGADNDVIWLQRDFHIYVVNLFDTAKACDVLSKPQRSLAYLLETYCGVTTNKFYQREDWRQRPLPIDMVEYAR...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkAUNG029170 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkAUNG029170 |
| OH-1004 ID | LXL04_038192 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Probable |
| 蛋白一致性 (%) | 95.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 98.736 / OH-1004 99.887覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkAUNG029170 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | ChrUn:7869707-7875027 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to RRP6L3: Protein RRP6-like 3 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程 GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G54440 ath:AT2G32415 ath:AT5G35910 rno:313707 spo:2543630 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.508
细胞核0.455
线粒体0.120
细胞膜0.055
高尔基体0.053
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01612DNA_pol_A_exo149-101 aaPF01612DNA_pol_A_exo1110-277 aaPF26121HTH_CDT1337-355 aaPF00570HRDC346-390 aaPF10913DUF2706366-414 aaPF22113Mtrc-MtrF_II-IV_dom592-652 aaPF26121HTH_CDT1680-743 aaPF17221COMMD1_N706-738 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkAUNG029170 | PF01612 | DNA_pol_A_exo1 | 49 | 101 | 1.3e-52 | 178.9 |
| TkAUNG029170 | PF01612 | DNA_pol_A_exo1 | 110 | 277 | 1.3e-52 | 178.9 |
| TkAUNG029170 | PF26121 | HTH_CDT1 | 337 | 355 | 0.087 | 13.4 |
| TkAUNG029170 | PF00570 | HRDC | 346 | 390 | 1e-08 | 35.7 |
| TkAUNG029170 | PF10913 | DUF2706 | 366 | 414 | 0.11 | 13.1 |
| TkAUNG029170 | PF22113 | Mtrc-MtrF_II-IV_dom | 592 | 652 | 0.048 | 13.9 |
| TkAUNG029170 | PF26121 | HTH_CDT1 | 680 | 743 | 0.087 | 13.4 |
| TkAUNG029170 | PF17221 | COMMD1_N | 706 | 738 | 0.18 | 12.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。