TkAUNG026060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG026060

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 6970022-6971906 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1332 bp · TkAUNG026060|TK1151|cDNA

ATGGATAAGGGACTCAAGAGCAAGTCAAGAAGAGTGTCAAGAGAGTGCCTCATAGCTACAGCTTGGCTTGGAGTTGAGTTAGTGAAGGGCTCAGATGAAGTGAGAAATGCTGCTTGTGAGATTTTGTTACGTAGTATAGAACAGTTTGTTCATCCCGGATTCGAGCTAGAAGAACGGCTCTTGGCTTGCTTATGCATCTATAACTACACTTCTGGAAGAGGGATGAAGAACATAATTAATCTTTCAGAAGGCGTTAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · TkAUNG026060|TK1151|CDS

ATGGATAAGGGACTCAAGAGCAAGTCAAGAAGAGTGTCAAGAGAGTGCCTCATAGCTACAGCTTGGCTTGGAGTTGAGTTAGTGAAGGGCTCAGATGAAGTGAGAAATGCTGCTTGTGAGATTTTGTTACGTAGTATAGAACAGTTTGTTCATCCCGGATTCGAGCTAGAAGAACGGCTCTTGGCTTGCTTATGCATCTATAACTACACTTCTGGAAGAGGGATGAAGAACATAATTAATCTTTCAGAAGGCGTTAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · TkAUNG026060|TK1151|PROTEIN

MDKGLKSKSRRVSRECLIATAWLGVELVKGSDEVRNAACEILLRSIEQFVHPGFELEERLLACLCIYNYTSGRGMKNIINLSEGVRESLRRLSNVTWMAEELLKVADYFQPNKWRISCVHSQVLEAGNKQNGGVTALIYYKGLLYSGYTDGSIKAWEIKGHIATIVHETKEHKKAVTCFALYEPGNCLLSGSSDKMIRIWQMLQRKVECIEVIPTKEAVIGLDSWGELIFATTQSHRLKVIDGTRKAKDVFKNKRVKCIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG026060`
TK1151 ID	TkAUNG026060
OH-1004 ID	LXL04_029887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	67.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.551 / OH-1004 33.550 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG026060`
位置	ChrUn:6970022-6971906 (+)
描述	Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029887` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009877 nodulation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	mtr:11418360 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.463

排名 1 · TkAUNG026060 · TK1151

细胞核0.402

排名 2 · TkAUNG026060 · TK1151

细胞膜0.125

排名 3 · TkAUNG026060 · TK1151

线粒体0.066

排名 4 · TkAUNG026060 · TK1151

内质网0.064

排名 5 · TkAUNG026060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23628ARM_LIN_C3-105 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz91-206 aa

PF23410Beta-prop_VPS8119-208 aa

PF23869Beta-prop_WDR75_1st123-161 aa

PF29037DSE1_N128-170 aa

PF24814WD40_Prp19131-216 aa

PF00400WD40132-156 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st132-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG026060	`PF23628`	ARM_LIN_C	3	105	6.5e-14	52.4
TkAUNG026060	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	91	206	1.8e-10	41.3
TkAUNG026060	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	119	208	0.011	15.5
TkAUNG026060	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	123	161	0.0032	17.6
TkAUNG026060	`PF29037`	DSE1_N	128	170	0.0071	16.2
TkAUNG026060	`PF24814`	WD40_Prp19	131	216	1.8e-08	34.5
TkAUNG026060	`PF00400`	WD40	132	156	4.3e-10	40.4
TkAUNG026060	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	132	201	1.3e-08	35.4
TkAUNG026060	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	132	158	0.00056	20.6
TkAUNG026060	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	133	282	5.1e-10	39.8
TkAUNG026060	`PF23409`	Beta-prop_EML	134	217	1e-05	25.9
TkAUNG026060	`PF25391`	WD40_Gbeta	135	263	0.006	16.3
TkAUNG026060	`PF24805`	EIF3I	136	203	0.0098	15.8
TkAUNG026060	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	137	181	3.4e-07	30.4
TkAUNG026060	`PF23754`	Beta-prop_IP5PC_F	138	199	0.008	15.8
TkAUNG026060	`PF29630`	ASA1	140	209	5.3e-05	23.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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