TkAUNG018180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG018180

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 4839124-4840955 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

678 bp · TkAUNG018180|TK1151|cDNA

TTGGACTTTTATACATTTGATGGGAATGCTTCTGGTGAGGACTATGAGGATATTGATTGGGATACAGATGATGAACTTGAAATCCAGAACATAACCCCTTCATCATGTGCAACTTTAACAACTCTGAATGCACAAACTATTAATGGGGAGGCGAGCTCATCAGCCGGCCCTTCAAATTCCGATTTGGTTCAGAAGTTTCTAGGAATGGGATTTTCCAAACAGTTGATTGCAAAAGCCATCAAAGAAAATGGGGAGTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

678 bp · TkAUNG018180|TK1151|CDS

TTGGACTTTTATACATTTGATGGGAATGCTTCTGGTGAGGACTATGAGGATATTGATTGGGATACAGATGATGAACTTGAAATCCAGAACATAACCCCTTCATCATGTGCAACTTTAACAACTCTGAATGCACAAACTATTAATGGGGAGGCGAGCTCATCAGCCGGCCCTTCAAATTCCGATTTGGTTCAGAAGTTTCTAGGAATGGGATTTTCCAAACAGTTGATTGCAAAAGCCATCAAAGAAAATGGGGAGTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

225 aa · TkAUNG018180|TK1151|PROTEIN

LDFYTFDGNASGEDYEDIDWDTDDELEIQNITPSSCATLTTLNAQTINGEASSSAGPSNSDLVQKFLGMGFSKQLIAKAIKENGESNTNSILESLLTYSVLEVEDSPDELNSCHLNSPQQPQQECVDNDQLSSDYNESLCDDLSESDSSWSGGSEVADVTSSLPKHEKALLSLAKMGYSIEEASAAMERCGPQASIVELTDLYVPPKWQRWKTYFLRKRYFFFIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG018180`
TK1151 ID	TkAUNG018180
OH-1004 ID	LXL04_023963
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.333 / OH-1004 33.114 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG018180

位置 ChrUn:4839124-4840955 (+)

描述 Similar to DRM2: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9M548`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0110800`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os12g0108900`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os11g0109200`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023963 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0009008 DNA-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14620

ath:AT5G15380

dosa:Os03g0110800

dosa:Os05g0133900

dosa:Os12g0108900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.614

排名 1 · TkAUNG018180 · TK1151

细胞质0.439

排名 2 · TkAUNG018180 · TK1151

线粒体0.064

排名 3 · TkAUNG018180 · TK1151

细胞膜0.054

排名 4 · TkAUNG018180 · TK1151

内质网0.044

排名 5 · TkAUNG018180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22567UBA_957-97 aa

PF22562UBA_759-86 aa

PF09288UBA_360-81 aa

PF18039UBA_662-92 aa

PF08587UBA_269-93 aa

PF22448RepB_primase_C69-82 aa

PF27606UBA_Ucp1269-86 aa

PF27606UBA_Ucp12165-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG018180	`PF22567`	UBA_9	57	97	2.5e-05	24.8
TkAUNG018180	`PF22562`	UBA_7	59	86	0.01	16.4
TkAUNG018180	`PF09288`	UBA_3	60	81	0.16	12.5
TkAUNG018180	`PF18039`	UBA_6	62	92	0.02	15.6
TkAUNG018180	`PF08587`	UBA_2	69	93	0.0079	16.9
TkAUNG018180	`PF22448`	RepB_primase_C	69	82	0.11	13.1
TkAUNG018180	`PF27606`	UBA_Ucp12	69	86	0.14	12.7
TkAUNG018180	`PF27606`	UBA_Ucp12	165	191	0.14	12.7
TkAUNG018180	`PF22562`	UBA_7	167	191	0.01	16.4
TkAUNG018180	`PF22448`	RepB_primase_C	172	194	0.11	13.1
TkAUNG018180	`PF22567`	UBA_9	175	191	2.5e-05	24.8
TkAUNG018180	`PF08587`	UBA_2	175	196	0.0079	16.9
TkAUNG018180	`PF18039`	UBA_6	175	194	0.02	15.6
TkAUNG018180	`PF22448`	RepB_primase_C	209	217	0.11	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M548`	拟南芥	sp\|Q9M548\|DRM2_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	32.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10SU5`	水稻	sp\|Q10SU5\|DRM2_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	33.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2QYR5`	水稻	sp\|Q2QYR5\|DRM1B_ORYSJ Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM1B	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2RBJ4`	水稻	sp\|Q2RBJ4\|DRM1A_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM1A	34.600%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情