TkAUNG014220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG014220

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 3641858-3643514 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1297 bp · TkAUNG014220|TK1151|cDNA

ACACGCATGACGCACCAGCACACACACAAACACCTCTCATTTCTTAATCCAAGAGATAATGGCGTTTAATTATCCGATTTTATTATTTTAACACAAATGGTGGGGCGACTTTGAGAGAGGATAAGGCCTTTTTCTTCTTTCTTCATCTTCCTCGAATTATTCCCCTCTCTGTCAAAATCCTCCCTCTTTTTTTGACTCTTTGTATGATCCCTATCTGTTTAAATTCATCCATTTCTATGCTTAAACTCTTCGTCTAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

705 bp · TkAUNG014220|TK1151|CDS

ATGTCTGTTGCGTTTGAGACTAGTAGCAACAGTGAGGCTAATCGGATCCGGCAGCCTGGGTTTGCTAAAGGGATGTGGATCTACAACTCATCGGAGACCGGTAGATTCACTGGAGATGATCATCGGAGCAGCAAGCTCCCAGTCGATAAGGAGGAAGATGATCGGGACTCTAGCAGTTCTTCGTCAATCGGCAATAACAGTGACGCATCTGGCGGCGGAGCCGATTCCGATGATGACGGCGGCGGCGAGGTTCAGAGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

234 aa · TkAUNG014220|TK1151|PROTEIN

MSVAFETSSNSEANRIRQPGFAKGMWIYNSSETGRFTGDDHRSSKLPVDKEEDDRDSSSSSSIGNNSDASGGGADSDDDGGGEVQSLFKGSLNNLCDLEQALPIKRGISSFYAGKSKSYTSLADAVSAPSIQDIVKPEDAYNRKRKNTIAHSVFLDKNRNFAPKTGISKRINNNNTTVSGTSSLSSSPNLPLYPHVLQDYLQMNSQIHLLGSILPHGDPILSQIYNTLLLKLQR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG014220`
TK1151 ID	TkAUNG014220
OH-1004 ID	LXL04_002324
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.906 / OH-1004 77.912 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG014220

位置 ChrUn:3641858-3643514 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g21940`	略微促进对锌（Zn）和氧化性化学物质（例如二酰胺）的耐受性。	暂无已核实直接文献
`At3g43850`	氧化应激蛋白3样2。	暂无已核实直接文献
`At5g56550`	促进对多种金属的耐受性，包括镉（Cd）、砷（As）和铜（Cu），以及对氧化化学物质（例如二酰胺和叔丁基过氧化氢（t-BOOH））的耐受性。	OXIDATIVE STRESS 3 is a chromatin-associated factor involved in tolerance to heavy metals and oxidative stress.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03717.x OXIDATIVE STRESS 3 regulates drought-induced flowering through APETALA 1.2019 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.08.154
`At2g24550`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24550

ath:AT3G43850

ath:AT4G31510

ath:AT5G21940

ath:AT5G56550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.591

排名 1 · TkAUNG014220 · TK1151

细胞质0.381

排名 2 · TkAUNG014220 · TK1151

细胞膜0.096

排名 3 · TkAUNG014220 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkAUNG014220 · TK1151

质体0.050

排名 5 · TkAUNG014220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10446DUF245749-124 aa

PF30470OXS352-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG014220	`PF10446`	DUF2457	49	124	0.17	11.8
TkAUNG014220	`PF30470`	OXS3	52	185	6.8e-38	131.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C593`	拟南芥	sp\|Q9C593\|O3L1_ARATH Protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 1	45.200%	Swiss-Prot	低置信
`A0A1I9LQ12`	拟南芥	sp\|A0A1I9LQ12\|O3L2_ARATH Protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 2	47.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LVB9`	拟南芥	sp\|Q9LVB9\|OXS3_ARATH Protein OXIDATIVE STRESS 3	43.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q945P6`	拟南芥	sp\|Q945P6\|O3L6_ARATH Protein OXIDATIVE STRESS 3 LIKE 6	40.900%	Swiss-Prot	低置信

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