TkAUNG004540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG004540

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 1354045-1355737 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1227 bp · TkAUNG004540|TK1151|cDNA

ATGAATCCTACTACTTCTGGTTCTGGGGTTGGCACGCTTGACAAAAAGAAACTGGGGCGTATCGCCCAAATCATTGGCCCGGTACTAGATGTAGCTTTTCCGCCAGGCAAAATGCCTAATATTTATAACGCGCTGGTAGTTAAGGGTCGAGATACTGCTGGTCAACCAATTAATGTAACTTGTGAGGTACAGCAATTATTAGGAAACAATCGAATTAGGGCCGTAGCTATGAGTGCTACAGACGGTCTAACGAGAGGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkAUNG004540|TK1151|CDS

ATGAATCCTACTACTTCTGGTTCTGGGGTTGGCACGCTTGACAAAAAGAAACTGGGGCGTATCGCCCAAATCATTGGCCCGGTACTAGATGTAGCTTTTCCGCCAGGCAAAATGCCTAATATTTATAACGCGCTGGTAGTTAAGGGTCGAGATACTGCTGGTCAACCAATTAATGTAACTTGTGAGGTACAGCAATTATTAGGAAACAATCGAATTAGGGCCGTAGCTATGAGTGCTACAGACGGTCTAACGAGAGGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkAUNG004540|TK1151|PROTEIN

MNPTTSGSGVGTLDKKKLGRIAQIIGPVLDVAFPPGKMPNIYNALVVKGRDTAGQPINVTCEVQQLLGNNRIRAVAMSATDGLTRGMDVIDTGAPLSVPVGGATLGRIFNVLGEPVDNLGPVDTSTTFPIHRSAPAFIQLDTKLSIFETGIKVVDLLAPYRRGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNIAKAHGGVSVFGGVGERTREGNDLYMEMKESGVINEQNIPESKVALVYGQMNEPPGARMRVGLTALTMAEYFRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG004540`
TK1151 ID	TkAUNG004540
OH-1004 ID	LXL04_021304
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.520 / OH-1004 63.506 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG004540`
位置	ChrUn:1354045-1355737 (-)
描述	Similar to ATPB: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021304` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程 GO:0042776 proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex 细胞组分 GO:0005507 copper ion binding 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 GO:0046933 proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G08680 dosa:Os05g0553000 zma:542267 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.272

排名 1 · TkAUNG004540 · TK1151

质体0.267

排名 2 · TkAUNG004540 · TK1151

线粒体0.226

排名 3 · TkAUNG004540 · TK1151

细胞核0.100

排名 4 · TkAUNG004540 · TK1151

过氧化物酶体0.083

排名 5 · TkAUNG004540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04410Gar112-33 aa

PF02874ATP-synt_ab_N21-93 aa

PF04410Gar188-114 aa

PF06745ATPase148-276 aa

PF00006ATP-synt_ab150-358 aa

PF13191AAA_16154-194 aa

PF03193RsgA_GTPase155-219 aa

PF13481AAA_25160-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG004540	`PF04410`	Gar1	12	33	0.15	12.6
TkAUNG004540	`PF02874`	ATP-synt_ab_N	21	93	1.5e-18	67.8
TkAUNG004540	`PF04410`	Gar1	88	114	0.15	12.6
TkAUNG004540	`PF06745`	ATPase	148	276	0.0051	16.9
TkAUNG004540	`PF00006`	ATP-synt_ab	150	358	5e-64	216.6
TkAUNG004540	`PF13191`	AAA_16	154	194	0.029	15.6
TkAUNG004540	`PF03193`	RsgA_GTPase	155	219	0.048	14.2
TkAUNG004540	`PF13481`	AAA_25	160	220	0.011	16.1
TkAUNG004540	`PF00005`	ABC_tran	161	199	0.026	15.9
TkAUNG004540	`PF10412`	TrwB_AAD_bind	163	196	0.18	11.4
TkAUNG004540	`PF00931`	NB-ARC	165	189	0.21	11.8
TkAUNG004540	`PF13245`	AAA_19	166	191	0.26	12.2
TkAUNG004540	`PF01637`	ATPase_2	168	288	0.017	15.6
TkAUNG004540	`PF00004`	AAA	168	280	0.018	16.2
TkAUNG004540	`PF02823`	ATP-synt_DE_N	353	408	6.2e-13	49.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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