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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G431920
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 109809535-109811061 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1191 bp · TkA08G431920|TK1151|cDNA

ATGGGACTCATGGCGATGCTCCCTCATTCTCCCGCGAAAACCATCAAGCAAAAAGTCTTGTCCCTCATTCACGACTCAAAAGAACTCCATATCATCTTCCAAATCCATGCATTCCTTCTAAAAACTTCCCTACAATCGAACAATTTCATCGTCACCAAGCTGCTTCGTAATTTCTCTTTGAATTCCTCAAACAATTTGCGTTATGCCAGATCCTTTTTCGACGAAATGCCAAGTCCAGACACATTTCTCTGGAACACCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1191 bp · TkA08G431920|TK1151|CDS

ATGGGACTCATGGCGATGCTCCCTCATTCTCCCGCGAAAACCATCAAGCAAAAAGTCTTGTCCCTCATTCACGACTCAAAAGAACTCCATATCATCTTCCAAATCCATGCATTCCTTCTAAAAACTTCCCTACAATCGAACAATTTCATCGTCACCAAGCTGCTTCGTAATTTCTCTTTGAATTCCTCAAACAATTTGCGTTATGCCAGATCCTTTTTCGACGAAATGCCAAGTCCAGACACATTTCTCTGGAACACCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

396 aa · TkA08G431920|TK1151|PROTEIN

MGLMAMLPHSPAKTIKQKVLSLIHDSKELHIIFQIHAFLLKTSLQSNNFIVTKLLRNFSLNSSNNLRYARSFFDEMPSPDTFLWNTMIRAYLHSQNHDECLSLFLQLRRQDRLFIDSFSLSLVVQACGRSGFLQNGQTIHAQSQEALNLFHKMQLSKFLPDKITIVSTAVHKYIIQNQIKIDIKLATSLVNMYAKCGDIDTASNIFHNIKKKDVFLWSAMIIGLANHGYGELAIDHFNNMISEGIKPNGITFIGVLSACS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G431920
TK1151 IDTkA08G431920
OH-1004 IDLXL04_034743
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.990 / OH-1004 97.864
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G431920
位置Chr08:109809535-109811061 (+)
描述Similar to PCMP-H61: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At1g17630 推定含五重复肽的蛋白质 At1g17630。 暂无已核实直接文献
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献
At1g74400 推定含五复肽重复的蛋白 At1g74400。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74630
ath:AT4G18840
ath:AT5G40405
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.652
排名 1 · TkA08G431920 · TK1151
质体0.155
排名 2 · TkA08G431920 · TK1151
细胞核0.050
排名 3 · TkA08G431920 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA08G431920 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA08G431920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N62-96 aa
PF01535PPR63-77 aa
PF13041PPR_263-77 aa
PF12854PPR_164-76 aa
PF22330Rib_mS39_PPR66-89 aa
PF12854PPR_178-91 aa
PF13041PPR_279-127 aa
PF13812PPR_380-105 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G431920PF29070MSC6_N62964e-0833.5
TkA08G431920PF01535PPR63772.1e-30103.5
TkA08G431920PF13041PPR_263779.3e-29100.0
TkA08G431920PF12854PPR_164764.9e-1142.9
TkA08G431920PF22330Rib_mS39_PPR66890.1812.3
TkA08G431920PF12854PPR_178914.9e-1142.9
TkA08G431920PF13041PPR_2791279.3e-29100.0
TkA08G431920PF13812PPR_3801057.7e-0833.0
TkA08G431920PF01535PPR831092.1e-30103.5
TkA08G431920PF13428TPR_14831110.006317.8
TkA08G431920PF13424TPR_12841110.06414.2
TkA08G431920PF23276TPR_24861100.0001822.2
TkA08G431920PF14559TPR_19861120.006517.5
TkA08G431920PF01535PPR1211342.1e-30103.5
TkA08G431920PF30813Rhs1CTD1241820.01916.1
TkA08G431920PF13041PPR_21421649.3e-29100.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial34.700%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic34.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LNP2拟南芥sp|Q9LNP2|PPR47_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1763035.800%Swiss-Prot中等置信
Q9FND7拟南芥sp|Q9FND7|PP410_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040540.000%Swiss-Prot中等置信
Q9CA73拟南芥sp|Q9CA73|PP119_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7440035.500%Swiss-Prot中等置信

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