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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G426680
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 108406382-108411530 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2901 bp · TkA08G426680|TK1151|cDNA

ATGTACCCGATCCGTTACTTAGCCCGAAACAGAAAATTACTTCTTCCCTTTCTTCTGTCCCAAATTTGTGTTGTACGGCATCCCTCTTTTTATCTCCTTCGCGCTCCCTGAATTTCTCTCTCACATCGTCGGAGACGAAACGGGCTCTAGGGTTCAAGCAGTCTCTTCCCACCGTGCAATCGGTGATTCCATCTCATTAAAAAGCAACAAGTTCAAGACTCTAGAGATTGAAGTGCTTTATGACAACAAACTGACCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2367 bp · TkA08G426680|TK1151|CDS

ATGAGTTATGAAACTGATGACGATGATAAACCCTTGGTTTTTAGAAGGAATGCGAGACCTGATACAGTGAAGCCTTCTCCTCAGCCTTCTTCTAAACCAAGCAATGAAGATGTGGATTCTGAAGATGATAAACCACTAAGTTGTAAGATTTCAAACGTATCAAAGGGGGACACCAATCATGCTAAAATAGAGCCACCAGGTACAAATGTGTCCCCACTTCCAAAACCATTAGCAAAAGATGAAGAAGAAGATTCTGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

788 aa · TkA08G426680|TK1151|PROTEIN

MSYETDDDDKPLVFRRNARPDTVKPSPQPSSKPSNEDVDSEDDKPLSCKISNVSKGDTNHAKIEPPGTNVSPLPKPLAKDEEEDSDDEKPLSLKYMSKSKVGSSNNHKPHQNGSASNNHNQVKNIGLNKRPPDEERSASVKKPKLSDSVTPVNHKPVASKAETKSDDDDDDDDVPISQRIKKQTASGSNKSSPSVKQKAVVKKSSSSLNQTNKKSKKMMKQKQKQKESKYSKPSRMPPGSGEGQKWTSLVHSGVIFPPEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G426680
TK1151 IDTkA08G426680
OH-1004 IDLXL04_034710
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G426680
位置Chr08:108406382-108411530 (+)
描述Similar to TOP1A: DNA topoisomerase 1 alpha
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g55310 通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。
Disruption of a DNA topoisomerase I gene affects morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001925
At5g55300 通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。
Disruption of a DNA topoisomerase I gene affects morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001925
MGOUN1 encodes an Arabidopsis type IB DNA topoisomerase required in stem cell regulation and to maintain developmentally regulated gene silencing.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.068296

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006265 DNA topological change 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0007059 chromosome segregation 生物过程
GO:0009791 post-embryonic development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009933 meristem structural organization 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程
GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程
GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程
GO:0030261 chromosome condensation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G55300
ath:AT5G55310
ddi:DDB_G0283205
dme:Dmel_CG6146
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.792
排名 1 · TkA08G426680 · TK1151
细胞质0.210
排名 2 · TkA08G426680 · TK1151
线粒体0.054
排名 3 · TkA08G426680 · TK1151
细胞膜0.053
排名 4 · TkA08G426680 · TK1151
内质网0.046
排名 5 · TkA08G426680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26030RUNDC1189-225 aa
PF14362DUF4407189-228 aa
PF15456Uds1192-224 aa
PF01028Topoisom_I196-227 aa
PF02919Topoisom_I_N202-231 aa
PF14370Topo_C_assoc214-227 aa
PF02919Topoisom_I_N244-456 aa
PF13464RodZ_C262-285 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G426680PF26030RUNDC11892256.98.0
TkA08G426680PF14362DUF44071892288.16.3
TkA08G426680PF15456Uds11922240.05214.5
TkA08G426680PF01028Topoisom_I1962275.4e-94314.5
TkA08G426680PF02919Topoisom_I_N2022313.4e-94315.0
TkA08G426680PF14370Topo_C_assoc2142272.7e-33114.3
TkA08G426680PF02919Topoisom_I_N2444563.4e-94315.0
TkA08G426680PF13464RodZ_C2622850.07713.7
TkA08G426680PF15456Uds13303630.05214.5
TkA08G426680PF14370Topo_C_assoc3593672.7e-33114.3
TkA08G426680PF13464RodZ_C4244340.07713.7
TkA08G426680PF01028Topoisom_I4596845.4e-94314.5
TkA08G426680PF26030RUNDC14915176.98.0
TkA08G426680PF12841YvrJ5025096.67.1
TkA08G426680PF15456Uds16206890.05214.5
TkA08G426680PF14362DUF44076457328.16.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJ79拟南芥sp|Q9FJ79|TOP1B_ARATH DNA topoisomerase 1 beta75.700%Swiss-Prot高置信
P30181拟南芥sp|P30181|TOP1A_ARATH DNA topoisomerase 1 alpha73.600%Swiss-Prot高置信

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