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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G406180
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 103354836-103359354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1595 bp · TkA08G406180|TK1151|cDNA

AAAAAGAAAGACCACTACGCTATTCCTCTCCCTCTCTGCATCGTAGCTTATAATCTCTCTCTCCGCCCGCCGTCCGGTGAGTTTTATCGGCGGCGAGTAGAGTCAATGCCGGCACAAAAGCGTTCGCACGAAGCTCTTTATGAGGACTATGACGATGATGTGGAGCTGCAACTTAATAATCAGAACATTCACGAGGAATCTGAAGAAGAAGACGATGACGAAGACGTAGAACCAGATGAACAAGCAGAAACTGATGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · TkA08G406180|TK1151|CDS

AAAAAGAAAGACCACTACGCTATTCCTCTCCCTCTCTGCATCGTAGCTTATAATCTCTCTCTCCGCCCGCCGTCCGGTGAGTTTTATCGGCGGCGAGTAGAGTCAATGCCGGCACAAAAGCGTTCGCACGAAGCTCTTTATGAGGACTATGACGATGATGTGGAGCTGCAACTTAATAATCAGAACATTCACGAGGAATCTGAAGAAGAAGACGATGACGAAGACGTAGAACCAGATGAACAAGCAGAAACTGATGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

382 aa · TkA08G406180|TK1151|PROTEIN

KKKDHYAIPLPLCIVAYNLSLRPPSGEFYRRRVESMPAQKRSHEALYEDYDDDVELQLNNQNIHEESEEEDDDEDVEPDEQAETDDDGSASSSCSDRDEFILVKLAEIRKEVQCPICLGIIRKTRTVMECLHRFCRECIDKSMRLGNNECPACRAHCKSRRSLRDDPNYDALIAVLYPNIDKYEAEEFAFHEEEKARNKQIQASIAQTSRRQLEALGKKRTNTKTTAGVFMRRSQNTRNLRGRRNRKSSEPQDSENEEDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G406180
TK1151 IDTkA08G406180
OH-1004 IDLXL04_034514
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 87.173 / OH-1004 84.123
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G406180
位置Chr08:103354836-103359354 (+)
描述Similar to RING1A: Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g44280 假定的E3泛素蛋白连接酶，介导组蛋白H2A的'Lys-119'单泛素化（H2AK119ub），从而在组蛋白密码和基因调控中起核心作用。
Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.019
At1g03770 推定的 E3 泛素蛋白连接酶，介导组蛋白 H2A 的“Lys-119”单泛素化，从而在组蛋白编码和基因调控中发挥核心作用。
Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.019

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程
GO:0001709 cell fate determination 生物过程
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007281 germ cell development 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009948 anterior/posterior axis specification 生物过程
GO:0010076 maintenance of floral meristem identity 生物过程
GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程
GO:0010467 gene expression 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03770
ath:AT5G44280
mmu:19821
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.864
排名 1 · TkA08G406180 · TK1151
细胞质0.231
排名 2 · TkA08G406180 · TK1151
线粒体0.030
排名 3 · TkA08G406180 · TK1151
细胞膜0.026
排名 4 · TkA08G406180 · TK1151
内质网0.014
排名 5 · TkA08G406180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04889Cwf_Cwc_1549-111 aa
PF15713PTPRCAP49-88 aa
PF04147Nop1450-102 aa
PF23048SH3-A_UBE2O62-97 aa
PF02862DDHD63-84 aa
PF23071DUF704489-138 aa
PF14835zf-RING_6105-154 aa
PF23320Zn_SUZ12106-118 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G406180PF04889Cwf_Cwc_15491112.48.6
TkA08G406180PF15713PTPRCAP49885.18.3
TkA08G406180PF04147Nop14501020.004516.0
TkA08G406180PF23048SH3-A_UBE2O62971.310.5
TkA08G406180PF02862DDHD63847.87.3
TkA08G406180PF23071DUF7044891380.212.6
TkA08G406180PF14835zf-RING_61051540.07913.6
TkA08G406180PF23320Zn_SUZ121061181.79.1
TkA08G406180PF11789zf-Nse1091530.1612.6
TkA08G406180PF21276ZNF512_C2HC1091240.7910.2
TkA08G406180PF14634zf-RING_51101177.1e-0523.4
TkA08G406180PF14570zf-RING_41101170.01915.5
TkA08G406180PF13920zf-C3HC4_31111590.0001222.5
TkA08G406180PF13923zf-C3HC4_21131537.1e-1245.6
TkA08G406180PF13639zf-RING_21131546.3e-0833.5
TkA08G406180PF14634zf-RING_51131547.1e-0523.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FKW0拟南芥sp|Q9FKW0|RNG1A_ARATH Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a53.500%Swiss-Prot中等置信
Q0WX00拟南芥sp|Q0WX00|RNG1B_ARATH Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1b50.200%Swiss-Prot中等置信

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