TkA08G372750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G372750

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 95349558-95350112 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

474 bp · TkA08G372750|TK1151|cDNA

ATGGATTATCTCCATCAAGGCCATCTCTCTCTCATCACAGAGGCTCGAAAACACGCACAACTTATTGTGGTCGCAATCTACTTGACTCCAAATGAAGTTGATGTTGTTTTCGATGCCTATGATCTGTATGATCGTGGGGAAGAGAAAGAACGATTAGGTGGTAAGGAAAAGAAGAGAGGGAAAGATGAGGGAATTGTGTCGTGTTTGGAAGACGAGAAAGGAGGGGGATTCAGACATGATGAGACATGGCTTAGGGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA08G372750|TK1151|CDS

ATGGATTATCTCCATCAAGGCCATCTCTCTCTCATCACAGAGGCTCGAAAACACGCACAACTTATTGTGGTCGCAATCTACTTGACTCCAAATGAAGTTGATGTTGTTTTCGATGCCTATGATCTGTATGATCGTGGGGAAGAGAAAGAACGATTAGGTGGTAAGGAAAAGAAGAGAGGGAAAGATGAGGGAATTGTGTCGTGTTTGGAAGACGAGAAAGGAGGGGGATTCAGACATGATGAGACATGGCTTAGGGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA08G372750|TK1151|PROTEIN

MDYLHQGHLSLITEARKHAQLIVVAIYLTPNEVDVVFDAYDLYDRGEEKERLGGKEKKRGKDEGIVSCLEDEKGGGFRHDETWLRVEGLEKRMFGKSTPVFFRRVATVVTKLFNITEPDFVVYRKKDYQQWRSIQFVIVFHHFEAQLSEIMSFLFNS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G372750`
TK1151 ID	TkA08G372750
OH-1004 ID	LXL04_034174
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.803 / OH-1004 63.861 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G372750

位置 Chr08:95349558-95350112 (-)

描述 Similar to PANC: Pantoate--beta-alanine ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48840`	催化泛酸与β-丙氨酸的缩合反应以形成泛酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0851800`	催化泛酸与β-丙氨酸的缩合反应以形成泛酸。	The final step of pantothenate biosynthesis in higher plants: cloning and characterization of pantothenate synthetase from Lotus japonicus and Oryza sativum (rice).1999 · DOI: 10.1042/0264-6021:3410669

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034174 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0015940 pantothenate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004592 pantoate-beta-alanine ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aeh:Mlg_0565

ath:AT5G48840

dal:Dalk_3254

dosa:Os03g0851800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · TkA08G372750 · TK1151

细胞核0.272

排名 2 · TkA08G372750 · TK1151

过氧化物酶体0.124

排名 3 · TkA08G372750 · TK1151

线粒体0.101

排名 4 · TkA08G372750 · TK1151

细胞外0.074

排名 5 · TkA08G372750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02569Pantoate_ligase1-145 aa

PF01467CTP_transf_like2-27 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G372750	`PF02569`	Pantoate_ligase	1	145	3.1e-23	83.0
TkA08G372750	`PF01467`	CTP_transf_like	2	27	0.0082	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKB3`	拟南芥	sp\|Q9FKB3\|PANC_ARATH Pantoate--beta-alanine ligase	43.900%	Swiss-Prot	中等置信
`O24210`	水稻	sp\|O24210\|PANC_ORYSJ Pantoate--beta-alanine ligase	45.100%	Swiss-Prot	中等置信

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