TkA08G350350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G350350

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 89781519-89784257 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1629 bp · TkA08G350350|TK1151|cDNA

ATGTATGAGAAAATTGTCCGGATTATGAGAGGCCCGCGAGGGGGCCTAGAGGAATTCTATTGGGACGAAATGGCACGGAATTTAAATCATGGATCACCCACCAACAATGACCCTCCTGTGGTCACGTTAGAAGCGATTCAAAAGCTCTTCCATGACCAACAAACTCAAATTCTAACCGAAGTGAATCGCTTAATTGAAGAAAGGTTGGGGGGCTCCTCTAGAACTCCTATCCAAACCCAACCAAACTCTCCCGAGGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1629 bp · TkA08G350350|TK1151|CDS

ATGTATGAGAAAATTGTCCGGATTATGAGAGGCCCGCGAGGGGGCCTAGAGGAATTCTATTGGGACGAAATGGCACGGAATTTAAATCATGGATCACCCACCAACAATGACCCTCCTGTGGTCACGTTAGAAGCGATTCAAAAGCTCTTCCATGACCAACAAACTCAAATTCTAACCGAAGTGAATCGCTTAATTGAAGAAAGGTTGGGGGGCTCCTCTAGAACTCCTATCCAAACCCAACCAAACTCTCCCGAGGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

542 aa · TkA08G350350|TK1151|PROTEIN

MYEKIVRIMRGPRGGLEEFYWDEMARNLNHGSPTNNDPPVVTLEAIQKLFHDQQTQILTEVNRLIEERLGGSSRTPIQTQPNSPEGDSHAGSSSRRNPTLLSPPVIDPPTTQPGVKKCNYKDDKLMNSNSDRNDHTIKVVVSWITEMEQILFICQCEENMKVGFACQMLKEDALIWWNNLREAIGSEAITSLTWSDFVTRLKAKFCSPRHQQKLVNDFFSLQKGNMTIDEYTKKFTDMLPFLGDTLPNEQGRVNRYLSGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G350350`
TK1151 ID	TkA08G350350
OH-1004 ID	LXL04_018225
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.649 / OH-1004 50.955 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G350350`
位置	Chr08:89781519-89784257 (-)
描述	Similar to pol: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 297
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018225` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006313 DNA transposition 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.697

排名 1 · TkA08G350350 · TK1151

细胞核0.412

排名 2 · TkA08G350350 · TK1151

内质网0.050

排名 3 · TkA08G350350 · TK1151

细胞膜0.045

排名 4 · TkA08G350350 · TK1151

线粒体0.043

排名 5 · TkA08G350350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05773RWD36-70 aa

PF03732PEG10_N-capsid140-205 aa

PF19259Ty3_capsid141-302 aa

PF00098zf-CCHC334-340 aa

PF27939DUF8363334-341 aa

PF27939DUF8363351-399 aa

PF00098zf-CCHC353-367 aa

PF14392zf-CCHC_4353-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G350350	`PF05773`	RWD	36	70	0.27	12.1
TkA08G350350	`PF03732`	PEG10_N-capsid	140	205	9.2e-09	36.3
TkA08G350350	`PF19259`	Ty3_capsid	141	302	4.1e-13	49.9
TkA08G350350	`PF00098`	zf-CCHC	334	340	3.8e-07	30.6
TkA08G350350	`PF27939`	DUF8363	334	341	5.4	7.6
TkA08G350350	`PF27939`	DUF8363	351	399	5.4	7.6
TkA08G350350	`PF00098`	zf-CCHC	353	367	3.8e-07	30.6
TkA08G350350	`PF14392`	zf-CCHC_4	353	367	0.084	13.2
TkA08G350350	`PF00098`	zf-CCHC	375	389	3.8e-07	30.6
TkA08G350350	`PF14392`	zf-CCHC_4	376	391	0.084	13.2
TkA08G350350	`PF08284`	RVP_2	411	539	6.7e-31	107.6
TkA08G350350	`PF13975`	gag-asp_proteas	435	521	0.00051	21.3
TkA08G350350	`PF13650`	Asp_protease_2	436	520	0.0084	17.5
TkA08G350350	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	442	528	7.3e-07	30.3
TkA08G350350	`PF02160`	Peptidase_A3	445	521	0.0019	18.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情