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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G340410
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 87266151-87266747 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

597 bp · TkA08G340410|TK1151|cDNA

ATGGATCGATATTTATCCTTGATGAATAAATGCGGAGAATCTCAAGCTCTCGAACAAGCTACAGAACTCCACGATCATCTCACAAGGTCAATACCCAATCTCGATGTTCACATTCACAACAAAATCCTCGAATTGTACTCAAAATGCGGTTCCATGGAAGCCGCATTTCACGTATTTGACGAGATGCCGAGACGAAATATCACATCGTGGGACACCATGATAACATCGCTGGCAAAAAACAGTCACAGAGAAGACGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

597 bp · TkA08G340410|TK1151|CDS

ATGGATCGATATTTATCCTTGATGAATAAATGCGGAGAATCTCAAGCTCTCGAACAAGCTACAGAACTCCACGATCATCTCACAAGGTCAATACCCAATCTCGATGTTCACATTCACAACAAAATCCTCGAATTGTACTCAAAATGCGGTTCCATGGAAGCCGCATTTCACGTATTTGACGAGATGCCGAGACGAAATATCACATCGTGGGACACCATGATAACATCGCTGGCAAAAAACAGTCACAGAGAAGACGCAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

198 aa · TkA08G340410|TK1151|PROTEIN

MDRYLSLMNKCGESQALEQATELHDHLTRSIPNLDVHIHNKILELYSKCGSMEAAFHVFDEMPRRNITSWDTMITSLAKNSHREDAIDMFTDFKRSRLKSDNQMFHGVFAACSVVGDMKEWLLHFNSMVKNYSLPPSMDDYVKVVDMLASSGYLNEALEFIENMPIDPNVEIWEILMNQSRVHGDYKLEIGVMRLLTF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G340410
TK1151 IDTkA08G340410
OH-1004 IDLXL04_025706
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)96.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.465 / OH-1004 56.083
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G340410
位置Chr08:87266151-87266747 (-)
描述Similar to PCMP-H75: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g25580
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g32450 含五聚肽重复的蛋白 At4g32450，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g25580 含五聚肽序列重复的蛋白At2g25580。 暂无已核实直接文献
At2g34370 含五肽重复序列的线粒体蛋白At2g34370。 暂无已核实直接文献
At1g29710 含五螺旋肽重复结构蛋白 At1g29710，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025706 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G29710
ath:AT2G15690
ath:AT2G25580
ath:AT2G34370
ath:AT4G32450
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.464
排名 1 · TkA08G340410 · TK1151
质体0.376
排名 2 · TkA08G340410 · TK1151
细胞核0.045
排名 3 · TkA08G340410 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA08G340410 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA08G340410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR4-27 aa
PF13041PPR_26-26 aa
PF23276TPR_246-125 aa
PF17177PPR_long7-84 aa
PF29070MSC6_N9-163 aa
PF13812PPR_334-67 aa
PF00637Clathrin34-52 aa
PF13041PPR_235-67 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G340410PF01535PPR4275.7e-1348.9
TkA08G340410PF13041PPR_26261.8e-1454.3
TkA08G340410PF23276TPR_2461251.1e-0526.1
TkA08G340410PF17177PPR_long7841.7e-0628.3
TkA08G340410PF29070MSC6_N91632.8e-0627.4
TkA08G340410PF13812PPR_334670.004117.9
TkA08G340410PF00637Clathrin34520.1312.7
TkA08G340410PF13041PPR_235671.8e-1454.3
TkA08G340410PF12854PPR_135623.5e-0627.4
TkA08G340410PF23279TPR_2536650.1912.5
TkA08G340410PF01535PPR41675.7e-1348.9
TkA08G340410PF14500MMS19_N651210.08513.1
TkA08G340410PF13041PPR_2661031.8e-1454.3
TkA08G340410PF12854PPR_166903.5e-0627.4
TkA08G340410PF13812PPR_366990.004117.9
TkA08G340410PF01535PPR69965.7e-1348.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SUU7拟南芥sp|Q9SUU7|PP346_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial49.200%Swiss-Prot中等置信
Q680H3拟南芥sp|Q680H3|PP170_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2558046.100%Swiss-Prot中等置信
Q8S8Q7拟南芥sp|Q8S8Q7|PP183_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g34370, mitochondrial48.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C6G2拟南芥sp|Q9C6G2|PPR63_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g29710, mitochondrial43.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LS72拟南芥sp|Q9LS72|PP261_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923032.800%Swiss-Prot中等置信

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