TkA08G279500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G279500

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 72678295-72682489 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2584 bp · TkA08G279500|TK1151|cDNA

CACATGTGCTCCGTTTACAAAGGTAACGCTAATAATCGTAAAGTTGCACAGCTCCACGGCGTTCTACGCCCGTACCGAATAGCCTAACAGTGGTGGTAATCCTCTCCACGCTACTACTCTACAGTTGCACAGCTCCTCAGAAGCCCTATATCAAGCAACTGCCAAAGCGAAGTTTAGAACTGCTATCGATTTGGCGTTTCTTTTGCGGTTTTGTCGATCTAATAATCGTTCAGAAATAATGGCCGAGTTGATGCCAATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2112 bp · TkA08G279500|TK1151|CDS

ATGGCCGAGTTGATGCCAATAGAAGACAAAGCGGCTCGTTTAAACATAGATTTGGCATCAGTTGATTGGAACTCTGTTAATCTCCCTACCGGTGAAGACTTTGGTATCACAAGTGATGATGATGATCTTAACGAGGAAGATCCTTTGGAATTCGATCCTGGATTTGCAAATATCATTGTTGTTGATAACCTGCCAGTTGTCCCTCGTGAGAAATTTGAAAAGCTCGAAGGTGTAGTTCGTAAAATCTACAGCCAAATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

703 aa · TkA08G279500|TK1151|PROTEIN

MAELMPIEDKAARLNIDLASVDWNSVNLPTGEDFGITSDDDDLNEEDPLEFDPGFANIIVVDNLPVVPREKFEKLEGVVRKIYSQIGVIKENGLWMPVEEDTGKTLGYCFIEYNTPQEAELAKEKTNGYKLDRAHIFAVSMFDEIDKFMKVPDEWAPPEIKPYTPGENLQQWLTDEKGRDQFVIRAGSDTEVLWNDARQVKADPVYKRPFWTESFVQWSPLGTYLATVHRQGAAVWGGASTFNRLMRYAHPQVKLIDFSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G279500`
TK1151 ID	TkA08G279500
OH-1004 ID	LXL04_011474
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	23.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 58.464 / OH-1004 77.237 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G279500

位置 Chr08:72678295-72682489 (-)

描述 Similar to eif2a: Eukaryotic translation initiation factor 2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27640`	真核翻译起始因子 3 (eIF-3) 复合体的 RNA 结合组分，参与一类特殊 mRNA 的蛋白质合成，并且与其他起始因子一起促进 mRNA 和甲硫氨酰-tRNAi 与40S核糖体的结合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002183 cytoplasmic translational initiation 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009967 positive regulation of signal transduction 生物过程

GO:0032933 SREBP signaling pathway 生物过程

GO:0042255 ribosome assembly 生物过程

GO:1990928 response to amino acid starvation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005850 eukaryotic translation initiation factor 2 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0284267

dre:573991

gga:425042

mmu:229317

spo:2540999

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.636

排名 1 · TkA08G279500 · TK1151

高尔基体0.221

排名 2 · TkA08G279500 · TK1151

细胞核0.159

排名 3 · TkA08G279500 · TK1151

细胞膜0.123

排名 4 · TkA08G279500 · TK1151

内质网0.102

排名 5 · TkA08G279500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970PIF157-86 aa

PF00076RRM_179-133 aa

PF24457DUF7572124-148 aa

PF25174Beta-prop_THOC3183-370 aa

PF08662eIF2A202-271 aa

PF04762Beta-prop_ELP1_1st213-231 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st214-252 aa

PF25460Beta-prop_Aladin215-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G279500	`PF05970`	PIF1	57	86	0.31	11.3
TkA08G279500	`PF00076`	RRM_1	79	133	3.4e-07	30.7
TkA08G279500	`PF24457`	DUF7572	124	148	0.19	12.8
TkA08G279500	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	183	370	3.5e-12	46.6
TkA08G279500	`PF08662`	eIF2A	202	271	2.6e-67	227.2
TkA08G279500	`PF04762`	Beta-prop_ELP1_1st	213	231	6e-05	22.8
TkA08G279500	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	214	252	1.4e-06	28.4
TkA08G279500	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	215	269	6.5e-05	22.9
TkA08G279500	`PF24814`	WD40_Prp19	215	269	0.00037	20.4
TkA08G279500	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	216	270	1.1e-09	38.8
TkA08G279500	`PF12894`	ANAPC4_WD40	216	233	9.1e-08	32.9
TkA08G279500	`PF00400`	WD40	216	227	0.00051	21.2
TkA08G279500	`PF00400`	WD40	249	268	0.00051	21.2
TkA08G279500	`PF24814`	WD40_Prp19	283	304	0.00037	20.4
TkA08G279500	`PF12894`	ANAPC4_WD40	284	303	9.1e-08	32.9
TkA08G279500	`PF25558`	DUF7930	309	345	0.22	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5Z1`	拟南芥	sp\|Q9C5Z1\|EIF3B_ARATH Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B	72.000%	Swiss-Prot	高置信

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