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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G275140
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 71618538-71619602 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1035 bp · TkA08G275140|TK1151|cDNA

ATGGACATCTCCACCTCTCCGCCACCGCTCCTCACCACCGCCGGTACCACCGACTCCACTATTTCTCAACTTTACAACAATGGCGGTGCTGCGTCTAATGATTATACATCACAGTCATCGACATCTTCCTCTATAATCATTGTGATAATTGTTATTGCTTCCGCTATCATCGTCTCCGCCTCTATTTATCTCCTCCTACGCTTTATCTCACGCCGCTGCAGCCGTACCGTGACCTCGTTTTCGACAGCAGAGAACGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · TkA08G275140|TK1151|CDS

ATGGACATCTCCACCTCTCCGCCACCGCTCCTCACCACCGCCGGTACCACCGACTCCACTATTTCTCAACTTTACAACAATGGCGGTGCTGCGTCTAATGATTATACATCACAGTCATCGACATCTTCCTCTATAATCATTGTGATAATTGTTATTGCTTCCGCTATCATCGTCTCCGCCTCTATTTATCTCCTCCTACGCTTTATCTCACGCCGCTGCAGCCGTACCGTGACCTCGTTTTCGACAGCAGAGAACGCTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

344 aa · TkA08G275140|TK1151|PROTEIN

MDISTSPPPLLTTAGTTDSTISQLYNNGGAASNDYTSQSSTSSSIIIVIIVIASAIIVSASIYLLLRFISRRCSRTVTSFSTAENAVSDSRNENETHHHVICIDNDGVESLPLFTFSSLTGNIAGGDCAVCLSKFEAVDQLRLLPLCCHAFHVECIDAWLKSNQTCPLCRSTVNPTEADVLSKVLSVSDRTGARGGENRNNSFRIEIGSISRRQTPSDSGRRSYSIGSYEYILDDGYEVPVESTHRREISDCTSADKDSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G275140
TK1151 IDTkA08G275140
OH-1004 IDLXL04_033574
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.140 / OH-1004 80.791
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G275140
位置Chr08:71618538-71619602 (+)
描述Similar to ATL4: E3 ubiquitin-protein ligase ATL4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g60220 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At4g28890 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At2g20030 推测的RING-H2指蛋白ATL12。 暂无已核实直接文献
At5g40250 RING-H2 指蛋白 ATL46。 暂无已核实直接文献
At1g23980 RING-H2指蛋白ATL47。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT3G60220
ath:AT4G28890
ath:AT5G40250
ath:AT5G57750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.364
排名 1 · TkA08G275140 · TK1151
细胞核0.253
排名 2 · TkA08G275140 · TK1151
细胞质0.233
排名 3 · TkA08G275140 · TK1151
内质网0.158
排名 4 · TkA08G275140 · TK1151
溶酶体／液泡0.130
排名 5 · TkA08G275140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15102TMEM15412-74 aa
PF10812DUF256138-90 aa
PF15050SCIMP50-112 aa
PF01475FUR58-108 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal98-109 aa
PF29452FAR1_N120-140 aa
PF13639zf-RING_2127-170 aa
PF17123zf-RING_11127-156 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G275140PF15102TMEM15412740.02515.1
TkA08G275140PF10812DUF256138900.1313.0
TkA08G275140PF15050SCIMP501120.1113.7
TkA08G275140PF01475FUR581080.2512.2
TkA08G275140PF23413zf_RING_Vps8_fungal981090.769.8
TkA08G275140PF29452FAR1_N1201400.02515.3
TkA08G275140PF13639zf-RING_21271706.2e-1452.7
TkA08G275140PF17123zf-RING_111271561e-0835.4
TkA08G275140PF13920zf-C3HC4_31271740.003118.0
TkA08G275140PF13923zf-C3HC4_21281699.1e-0626.1
TkA08G275140PF00097zf-C3HC41281691.1e-0525.8
TkA08G275140PF13445zf-RING_UBOX1281670.00119.7
TkA08G275140PF14634zf-RING_51281700.004217.7
TkA08G275140PF17120zf-RING_161281670.6210.4
TkA08G275140PF14570zf-RING_41281711.49.5
TkA08G275140PF12906RINGv1281698.07.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LY41拟南芥sp|Q9LY41|ATL4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL449.300%Swiss-Prot中等置信
Q5XF85拟南芥sp|Q5XF85|ATL42_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4260.000%Swiss-Prot低置信
Q9SL78拟南芥sp|Q9SL78|ATL12_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL1244.300%Swiss-Prot低置信
Q9FL07拟南芥sp|Q9FL07|ATL46_ARATH RING-H2 finger protein ATL4630.200%Swiss-Prot中等置信
Q8GW38拟南芥sp|Q8GW38|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL4733.700%Swiss-Prot低置信

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