TkA08G270320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G270320

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 70425425-70430122 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2930 bp · TkA08G270320|TK1151|cDNA

TTTCATCTCATTTCCAGTGTCGACCCCAGTGCTAGCCTGCTAGGACTAGGGTTTGTACAACCCCATCAGTCATCCGTTGTTTTCACTTGAACATGAGCCACCTCCTAAATTGCCAAAACCGCAGATACCAATTTGATTGTTCTGATTCTCAACAACTAATTCCGTCTGATTCCCAATACGACCTCCTCTATTTGCACTCCCTGTCCCGCGATTTGCTCCGCCTCTGTAACCTCGTCCTACACAGCTTCCGCTTCTTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1830 bp · TkA08G270320|TK1151|CDS

ATGTCTTCTTCAGGGGAAAACCTAGAAAAGTATCAAATTCCACTAGAGGAGATCATTAGGGCCACAAAAAACTTCAGTTTAGAAACTCGAATAGGTTCTGGTGGATTTGGTATGGTCTACAAAGGACAACTCTCTGAACAATGGCAAAACCTCACAGTAGCCATCAAACGCCTTGACAAAAATGGTTATCAGGGAAAAAACGAGTTCATTAATGAACTCAAGATGGTTTCTAGCTTCCAACATCCAAACATCATCACGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

609 aa · TkA08G270320|TK1151|PROTEIN

MSSSGENLEKYQIPLEEIIRATKNFSLETRIGSGGFGMVYKGQLSEQWQNLTVAIKRLDKNGYQGKNEFINELKMVSSFQHPNIITFIGYCDDGNEMIIVYEYAINRSLDMHLHDPNKRGRITWAQRLMICLGAARGLKYLHSGLGEDMRVIHRDVKSANILLNETLQAKLCDFGLSRFGPRNQPRTQLITRASGTRFYMDPIYNERGRLAKESDIYSFGVVLFEMSSGMLAYHGRCYGGGKEQYYLLDLVRSYYDDHEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G270320`
TK1151 ID	TkA08G270320
OH-1004 ID	LXL04_033521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.954 / OH-1004 97.531 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G270320

位置 Chr08:70425425-70430122 (+)

描述 Similar to ALPHAC-AD: AP-2 complex subunit alpha-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22780`	衔接蛋白复合物2（AP-2）的亚基。	Identification and functional characterization of Arabidopsis AP180, a binding partner of plant alphaC-adaptin.2004 · DOI: 10.1242/jcs.01062
`At5g22770`	衔接蛋白复合物2（AP-2）的亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At2g28590`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0051924 regulation of calcium ion transport 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0097275 intracellular ammonium homeostasis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22770

ath:AT5G22780

ath:AT5G39000

ath:AT5G59700

ath:AT5G61350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.521

排名 1 · TkA08G270320 · TK1151

细胞膜0.278

排名 2 · TkA08G270320 · TK1151

细胞核0.239

排名 3 · TkA08G270320 · TK1151

高尔基体0.111

排名 4 · TkA08G270320 · TK1151

溶酶体／液泡0.087

排名 5 · TkA08G270320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase26-305 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr27-307 aa

PF03109ABC130-59 aa

PF03109ABC1150-181 aa

PF12330Haspin_kinase153-180 aa

PF12330Haspin_kinase274-292 aa

PF02883Alpha_adaptinC2372-462 aa

PF02296Alpha_adaptin_C480-596 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G270320	`PF00069`	Pkinase	26	305	1.8e-43	149.5
TkA08G270320	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	307	9.9e-45	153.6
TkA08G270320	`PF03109`	ABC1	30	59	0.11	12.4
TkA08G270320	`PF03109`	ABC1	150	181	0.11	12.4
TkA08G270320	`PF12330`	Haspin_kinase	153	180	0.032	14.0
TkA08G270320	`PF12330`	Haspin_kinase	274	292	0.032	14.0
TkA08G270320	`PF02883`	Alpha_adaptinC2	372	462	1.5e-08	35.6
TkA08G270320	`PF02296`	Alpha_adaptin_C	480	596	4.5e-15	56.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPK4`	拟南芥	sp\|Q8LPK4\|AP2A2_ARATH AP-2 complex subunit alpha-2	65.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LPL6`	拟南芥	sp\|Q8LPL6\|AP2A1_ARATH AP-2 complex subunit alpha-1	64.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FN92`	拟南芥	sp\|Q9FN92\|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g59700	40.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LX66`	拟南芥	sp\|Q9LX66\|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 1	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SIB6`	拟南芥	sp\|Q9SIB6\|PBL6_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL6	39.500%	Swiss-Prot	低置信

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