TkA08G262300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G262300

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 68406635-68409444 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2274 bp · TkA08G262300|TK1151|cDNA

AATTAATTATATGCGAATTGGGCTCCATCTTCACATTCATCCATCGATGTTACCTCTCATGGCGGCCACTTCTCTTTTTCCCTGTCCTGCCTAATTCCTAAAGCATTTTCTCTGGATTCATTCAATCTATTCTTTAAATTCATCCAACTTTCTCCCTTTCCACTTACAGTCTCCCGACCCACTTTCCATCAGGCATCTAGAGCTTTCTACAGATTCGAATATGGAAATCTGACGTTCTTCAAGTTTCTTGCTTCCTAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1683 bp · TkA08G262300|TK1151|CDS

ATGGAGAAACAGATTAGTTTTCGGATGGGAAAGATGGAAAACCAGCAGAGTTTTCGTGTTTCTGCTATGGAGAAGCAGAAGAGCTTTCGAATCGCCATGGGAAGACAGATGAGCTTCGGTGTTGATAGAAGGAAACCTAAAGATTCACCAGGAAAACGTGGGGATTCCATGCTTCATCTAGCTTCTAGAGGCGGTAATCTAGCAAAAGTCATAGAAATCTTTCAAAGCGTCGGCCTCGATGGATTATCGAAACAAAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

560 aa · TkA08G262300|TK1151|PROTEIN

MEKQISFRMGKMENQQSFRVSAMEKQKSFRIAMGRQMSFGVDRRKPKDSPGKRGDSMLHLASRGGNLAKVIEIFQSVGLDGLSKQNQEGETPLYVAAENGHSHVVAQFLKHLDLQTASIAANNGYDPFHIAAKQGHLEVLKELLNSFPNLVMTTDSANSTALHTAAAQGHTDVVNLLLDADSNLAKIARNNGKTVLHTAARMGHLEVAKSVLTKDPSIGFRIDKKGQTALHMAVKGQNMDMVVELIKPDPTVLSLEDNKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G262300`
TK1151 ID	TkA08G262300
OH-1004 ID	LXL04_033414
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G262300

位置 Chr08:68406635-68409444 (-)

描述 Similar to At5g02620: Ankyrin repeat-containing protein At5g02620

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

mmu:271144

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.846

排名 1 · TkA08G262300 · TK1151

细胞质0.091

排名 2 · TkA08G262300 · TK1151

内质网0.063

排名 3 · TkA08G262300 · TK1151

细胞核0.061

排名 4 · TkA08G262300 · TK1151

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · TkA08G262300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13669Glyoxalase_445-91 aa

PF13637Ank_452-67 aa

PF13857Ank_552-68 aa

PF12796Ank_253-110 aa

PF00023Ank54-68 aa

PF13606Ank_354-73 aa

PF12796Ank_258-146 aa

PF13637Ank_458-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G262300	`PF13669`	Glyoxalase_4	45	91	0.052	14.6
TkA08G262300	`PF13637`	Ank_4	52	67	2.9e-32	110.7
TkA08G262300	`PF13857`	Ank_5	52	68	2.9e-32	111.1
TkA08G262300	`PF12796`	Ank_2	53	110	1.5e-41	141.6
TkA08G262300	`PF00023`	Ank	54	68	3.1e-39	131.5
TkA08G262300	`PF13606`	Ank_3	54	73	4.2e-34	113.0
TkA08G262300	`PF12796`	Ank_2	58	146	1.5e-41	141.6
TkA08G262300	`PF13637`	Ank_4	58	105	2.9e-32	110.7
TkA08G262300	`PF24521`	Ank_KRIT1	58	115	1.6e-12	48.1
TkA08G262300	`PF13857`	Ank_5	85	106	2.9e-32	111.1
TkA08G262300	`PF13606`	Ank_3	88	111	4.2e-34	113.0
TkA08G262300	`PF00023`	Ank	89	110	3.1e-39	131.5
TkA08G262300	`PF24521`	Ank_KRIT1	90	199	1.6e-12	48.1
TkA08G262300	`PF01467`	CTP_transf_like	99	119	0.6	11.0
TkA08G262300	`PF13857`	Ank_5	122	144	2.9e-32	111.1
TkA08G262300	`PF00023`	Ank	123	145	3.1e-39	131.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AWW5`	拟南芥	sp\|Q6AWW5\|Y5262_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	51.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZU96`	拟南芥	sp\|Q9ZU96\|Y2168_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	45.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C7A2`	拟南芥	sp\|Q9C7A2\|ITN1_ARATH Ankyrin repeat-containing protein ITN1	44.100%	Swiss-Prot	低置信
`A2CIR5`	水稻	sp\|A2CIR5\|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR4	42.000%	Swiss-Prot	低置信

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