TkA08G252530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G252530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 65930411-65932866 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1071 bp · TkA08G252530|TK1151|cDNA

GCAAATTGGGTACAAAACCTTTAGGGTTTCCAAACTCAATTTACCGAGTTCTCCTAAATATCACAAGAGAAGCCATACAACCCGATCCATTTAGATCCTCATCTTCGCTTTCACTGCAGCCACCGTCGACTGTAAAACCCTAGCACTCGCTGCACCATGATTTGTTCAATTTCGGCGAGGTGCCGGAAGAACCTGTTGTTTCTAAGTCATCCGGACTACTTTTCGAGAAGCGGTTGATCGAAAGACACATACTGGACTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

441 bp · TkA08G252530|TK1151|CDS

ATGATGAGGTGGGGCCAGATGGCAAGAAAATCCGTGCTGTGGAATTTCAGCCAGTATAATCACGATGTTAAAAGACTGCAATTGCTGCACTTTCACAGCAAAGGAAGAAAAGACAGATTTCTCCCACTTTGTTCTTTGGATGCTATTGAGAGGTATACTCAGCTTACCAGTTACCTCTTCACAAAACAAACAAAGCTGGAATTGTCTATTGATATCCATCAATCAAAGGATCTTATTGCTACTGGTGGAGTTGATATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA08G252530|TK1151|PROTEIN

MMRWGQMARKSVLWNFSQYNHDVKRLQLLHFHSKGRKDRFLPLCSLDAIERYTQLTSYLFTKQTKLELSIDIHQSKDLIATGGVDMNAVVFNRSSGEIVSTLSGHSKKVTSVKFVSDGELVVTGSTDKIRVWQGSENGNYDCKHVLK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G252530`
TK1151 ID	TkA08G252530
OH-1004 ID	LXL04_035854
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	46.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 37.415 / OH-1004 14.359 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G252530

位置 Chr08:65930411-65932866 (-)

描述 Similar to AAMP: Angio-associated migratory cell protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04510`	可能的泛素-蛋白连接酶，主要参与前mRNA剪接和DNA修复（按相似性推测）。	Two Prp19-like U-box proteins in the MOS4-associated complex play redundant roles in plant innate immunity.2009 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1000526
`At2g33340`	可能的泛素-蛋白连接酶，主要参与前mRNA剪接和DNA修复（按相似性推测）。	Two Prp19-like U-box proteins in the MOS4-associated complex play redundant roles in plant innate immunity.2009 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1000526

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0466300`	可能的泛素-蛋白连接酶，主要参与前mRNA剪接和DNA修复。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010595 positive regulation of endothelial cell migration 生物过程

GO:0014909 smooth muscle cell migration 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009986 cell surface 细胞组分

GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分

GO:0008201 heparin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

bta:767919

cfa:478908

hsa:14

pon:100172186

spo:2542715

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.571

排名 1 · TkA08G252530 · TK1151

细胞质0.326

排名 2 · TkA08G252530 · TK1151

线粒体0.075

排名 3 · TkA08G252530 · TK1151

细胞膜0.065

排名 4 · TkA08G252530 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA08G252530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175Beta-prop_WDR561-135 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st61-138 aa

PF25174Beta-prop_THOC362-133 aa

PF23409Beta-prop_EML62-133 aa

PF24814WD40_Prp1968-146 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd68-132 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd68-138 aa

PF24796WDR5568-130 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G252530	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	61	135	3.9e-13	50.1
TkA08G252530	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	61	138	2.7e-09	37.3
TkA08G252530	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	62	133	4.4e-09	36.5
TkA08G252530	`PF23409`	Beta-prop_EML	62	133	0.00016	22.0
TkA08G252530	`PF24814`	WD40_Prp19	68	146	4.5e-19	69.3
TkA08G252530	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	68	132	6.2e-10	39.3
TkA08G252530	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	68	138	1.5e-06	28.4
TkA08G252530	`PF24796`	WDR55	68	130	1.8e-06	28.0
TkA08G252530	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	68	133	8.8e-06	26.0
TkA08G252530	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	68	146	0.00017	21.2
TkA08G252530	`PF23760`	Beta-prop_DCAF12	68	133	0.0056	16.4
TkA08G252530	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	69	135	1.5e-11	44.9
TkA08G252530	`PF00400`	WD40	69	92	1.6e-11	44.9
TkA08G252530	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	69	136	5.9e-06	26.5
TkA08G252530	`PF25391`	WD40_Gbeta	69	128	0.00018	21.3
TkA08G252530	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	69	137	0.00068	19.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BR4`	拟南芥	sp\|Q94BR4\|PR19A_ARATH Pre-mRNA-processing factor 19 homolog 1	55.500%	Swiss-Prot	高置信
`O22785`	拟南芥	sp\|O22785\|PR19B_ARATH Pre-mRNA-processing factor 19 homolog 2	55.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9AV81`	水稻	sp\|Q9AV81\|PRP19_ORYSJ Pre-mRNA-processing factor 19	60.500%	Swiss-Prot	高置信

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