TkA08G249130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G249130

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 65058536-65062262 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2927 bp · TkA08G249130|TK1151|cDNA

GGAACTTGGTACAAATACACAACTAAGAAAAGAGACGACTGAGAAACCCTCGCCCCACCAGCCCTTGAACCACACTGAGTGAAGACCGTAGTCTAAGACGCACAGCTCTGGCGTCTGCTAGCCGGCGTTGCCCGCCGCCGATCCGTTAAATTCAGCATCTTTGTCTAGCGGCTTCCTAATTTTAATGGGGAAAAAGGTCAACAAAAAGTCAGCCCGCAGTGCCCACAAGGACAAGAGGACTCCAACTCTTTCTCCCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2538 bp · TkA08G249130|TK1151|CDS

ATGGGGAAAAAGGTCAACAAAAAGTCAGCCCGCAGTGCCCACAAGGACAAGAGGACTCCAACTCTTTCTCCCAAAACAGTCTCACAAGACATCATTCCATCAATTGATACAGTCATCAATGGAGTTTCACTTACAAAAGAGACAAAGACATGTCCTCACCTTGAAAAGGGCATTAACTTTGAAAACTTTTCCTTAAAAATGGCATCATTGGAGTCTCACAAATGTCACGATTGTAGAGAAGGCATAACCGATAGAAGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

845 aa · TkA08G249130|TK1151|PROTEIN

MGKKVNKKSARSAHKDKRTPTLSPKTVSQDIIPSIDTVINGVSLTKETKTCPHLEKGINFENFSLKMASLESHKCHDCREGITDRRTKKGKKNKGNGSKSDSNSIWVCLECGHFSCGGVGFPTTPQTHAARHSKQNHHPIVLKFANPNLRWCFICNTIIPVQNGEQKDDLSEFVKALKTQVQSSEPHKDTNDNDTTEVNSVITLENGSGGGYIVRGLVNLGNTCFFNSVMQNLLSMDKLRDYFLKLEGTIGPLTISLKKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G249130`
TK1151 ID	TkA08G249130
OH-1004 ID	LXL04_033295
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G249130

位置 Chr08:65058536-65062262 (+)

描述 Similar to UBP2: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04860`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	The ubiquitin-specific protease family from Arabidopsis. AtUBP1 and 2 are required for the resistance to the amino acid analog canavanine.2000 · DOI: 10.1104/pp.124.4.1828
`At2g32780`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	The ubiquitin-specific protease family from Arabidopsis. AtUBP1 and 2 are required for the resistance to the amino acid analog canavanine.2000 · DOI: 10.1104/pp.124.4.1828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033295 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0035520 monoubiquitinated protein deubiquitination 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04860

ath:AT2G32780

bta:519992

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.815

排名 1 · TkA08G249130 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA08G249130 · TK1151

细胞膜0.043

排名 3 · TkA08G249130 · TK1151

线粒体0.031

排名 4 · TkA08G249130 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA08G249130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02148zf-UBP75-157 aa

PF01780Ribosomal_L37ae99-133 aa

PF17807zf-UBP_var100-143 aa

PF00443UCH165-197 aa

PF00443UCH215-842 aa

PF13423UCH_1299-371 aa

PF02148zf-UBP343-348 aa

PF13423UCH_1644-685 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G249130	`PF02148`	zf-UBP	75	157	9.1e-12	45.8
TkA08G249130	`PF01780`	Ribosomal_L37ae	99	133	1.1	10.1
TkA08G249130	`PF17807`	zf-UBP_var	100	143	0.12	12.9
TkA08G249130	`PF00443`	UCH	165	197	2.6e-55	188.5
TkA08G249130	`PF00443`	UCH	215	842	2.6e-55	188.5
TkA08G249130	`PF13423`	UCH_1	299	371	2.2e-10	41.4
TkA08G249130	`PF02148`	zf-UBP	343	348	9.1e-12	45.8
TkA08G249130	`PF13423`	UCH_1	644	685	2.2e-10	41.4
TkA08G249130	`PF02148`	zf-UBP	666	700	9.1e-12	45.8
TkA08G249130	`PF01780`	Ribosomal_L37ae	669	679	1.1	10.1
TkA08G249130	`PF13423`	UCH_1	730	811	2.2e-10	41.4
TkA08G249130	`PF02148`	zf-UBP	813	826	9.1e-12	45.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4N3`	拟南芥	sp\|Q8W4N3\|UBP2_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2	38.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FPT5`	拟南芥	sp\|Q9FPT5\|UBP1_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1	29.700%	Swiss-Prot	低置信

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