TkA08G243700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G243700

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 63672600-63674842 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1939 bp · TkA08G243700|TK1151|cDNA

TACCAACTTTAGATCAGATCCGGACCGTTAATCTCTGTCACTTAAACCCTATTTATAACCCTCCATTTCCCCACTCTTCTTCTTGCCTTACCCACCCTTCTCTGAGAGCCCCCAAGATCCGATCTACAATCCCTTATCCGCCATGGCTCTCACCGTTGAGAAAACTTCCACCGGCCGTGAGTACAAAGTCAAGGACATGTCCTTGGCCGACTTCGGACGCCTGGAACTCGATTTAGCTGAGGTTGAAATGCCCGGTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1458 bp · TkA08G243700|TK1151|CDS

ATGGCTCTCACCGTTGAGAAAACTTCCACCGGCCGTGAGTACAAAGTCAAGGACATGTCCTTGGCCGACTTCGGACGCCTGGAACTCGATTTAGCTGAGGTTGAAATGCCCGGTCTCATGTCCTGCAGGACGGAATTCGGTCCTTCTCAGCCTTTCAAGGGTGCGAGAATCACCGGGTCCCTCCACATGACAATCCAGACCGCTGTCCTCATTGAAACCCTCACCGCCTTGGGTGCCGAGGTTAGATGGTGCTCCTGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

485 aa · TkA08G243700|TK1151|PROTEIN

MALTVEKTSTGREYKVKDMSLADFGRLELDLAEVEMPGLMSCRTEFGPSQPFKGARITGSLHMTIQTAVLIETLTALGAEVRWCSCNIFSTQDHAAAAIARDSAAVFAWKGETLEEYWWCTERALDWGPGGGPDLIVDDGGDATLLIHEGVKAEEEFAKTGKLPDPTSTDNAEFQIVLSIIKEGLSTDPKKYHKMKDRLVGVSEETTTGVKRLYQMQANGTLLFPAINVNDSVTKSKFDNLYGCRHSLPDGLMRATDVMI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G243700`
TK1151 ID	TkA08G243700
OH-1004 ID	LXL04_033247
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.794 / OH-1004 78.827 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G243700

位置 Chr08:63672600-63674842 (-)

描述 Similar to SAHH: Adenosylhomocysteinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13940`	胚胎发生过程中必需的蛋白质。	The Arabidopsis HOMOLOGY-DEPENDENT GENE SILENCING1 gene codes for an S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase required for DNA methylation-dependent gene silencing.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.028332

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033247 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006730 one-carbon metabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0033353 S-adenosylmethionine cycle 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13940

nsy:104246750

nta:107786358

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.694

排名 1 · TkA08G243700 · TK1151

细胞核0.212

排名 2 · TkA08G243700 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA08G243700 · TK1151

过氧化物酶体0.080

排名 4 · TkA08G243700 · TK1151

细胞膜0.075

排名 5 · TkA08G243700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05221AdoHcyase13-484 aa

PF13478XdhC_C69-110 aa

PF00670AdoHcyase_NAD240-403 aa

PF02882THF_DHG_CYH_C252-350 aa

PF00208ELFV_dehydrog254-326 aa

PF028262-Hacid_dh_C259-349 aa

PF07991KARI_N260-324 aa

PF13241NAD_binding_7260-330 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G243700	`PF05221`	AdoHcyase	13	484	1.7e-145	484.5
TkA08G243700	`PF13478`	XdhC_C	69	110	0.15	13.3
TkA08G243700	`PF00670`	AdoHcyase_NAD	240	403	7.2e-83	277.3
TkA08G243700	`PF02882`	THF_DHG_CYH_C	252	350	0.0011	19.2
TkA08G243700	`PF00208`	ELFV_dehydrog	254	326	0.018	15.5
TkA08G243700	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	259	349	1.4e-08	35.0
TkA08G243700	`PF07991`	KARI_N	260	324	1.7e-05	25.2
TkA08G243700	`PF13241`	NAD_binding_7	260	330	0.0062	17.8
TkA08G243700	`PF01488`	Shikimate_DH	260	338	0.063	14.1
TkA08G243700	`PF03807`	F420_oxidored	263	335	0.0031	18.8
TkA08G243700	`PF02254`	TrkA_N	266	312	0.00055	20.9
TkA08G243700	`PF02737`	3HCDH_N	266	339	0.07	13.8
TkA08G243700	`PF13478`	XdhC_C	266	338	0.15	13.3
TkA08G243700	`PF29717`	AF_1314_N	266	322	0.18	12.9
TkA08G243700	`PF02737`	3HCDH_N	311	358	0.07	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23255`	拟南芥	sp\|O23255\|SAHH1_ARATH Adenosylhomocysteinase 1	93.000%	Swiss-Prot	高置信

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