RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G241010
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62860596-62862829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2160 bp · TkA08G241010|TK1151|cDNA

CACAATCAACATCTTCTATGTTGTAGCTTTCAAAAGAGAGAGAGGGCGATTAAATGGGTTTTCTTGAGTTTTTTATTTTCGCATTAATCTCAGTTTCTTCATTTAGATGTTGCAAGAGTATTGATGATAGTAATGATGATGATGATGTTCTAGGGCTTCTAGCATTCAAAGCCGACATTATCGACTCATCATCTCATCTATCTTCATGGAATCAAGACGACAGCTCCCCATGTTCCTGGAAGTTCGTAACGTGTAATCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1566 bp · TkA08G241010|TK1151|CDS

ATGGGTTTTCTTGAGTTTTTTATTTTCGCATTAATCTCAGTTTCTTCATTTAGATGTTGCAAGAGTATTGATGATAGTAATGATGATGATGATGTTCTAGGGCTTCTAGCATTCAAAGCCGACATTATCGACTCATCATCTCATCTATCTTCATGGAATCAAGACGACAGCTCCCCATGTTCCTGGAAGTTCGTAACGTGTAATCCGGCCACCGGAAGAGTCACCGAGGTGTCTCTCGTCGGCTTAGGTCTCTCCGGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

521 aa · TkA08G241010|TK1151|PROTEIN

MGFLEFFIFALISVSSFRCCKSIDDSNDDDDVLGLLAFKADIIDSSSHLSSWNQDDSSPCSWKFVTCNPATGRVTEVSLVGLGLSGKIGRGLEKLQNLQVLSLARNNLTGNLNPHLNNLQALNISGNFFSGSIPPSLINSGRIKFLDLSENYLSGPIPSDTFSTCSSLRVLSLSKNDLQGPIPSSISQCTSLNHLNLSKNRFSGTPDFSTGLWLLTRIRTLDLSHNALSGRVPNGVSGLHYLKELLLQHNHFSGGLPSDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G241010
TK1151 IDTkA08G241010
OH-1004 IDLXL04_033208
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 47.217 / OH-1004 24.649
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G241010
位置Chr08:62860596-62862829 (-)
描述Similar to At3g28040: Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g28040 可能失活的富亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At3g28040。 暂无已核实直接文献
At5g01890 富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶，可能参与维管组织发育。 暂无已核实直接文献
At3g56370 可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0576900 在器官发育的早期阶段通过调节细胞分裂速率发挥功能。
XIAO is involved in the control of organ size by contributing to the regulation of signaling and homeostasis of brassinosteroids and cell cycling in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04877.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程
GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程
GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程
GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:0048229 gametophyte development 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048437 floral organ development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G28040
ath:AT3G49670
ath:AT3G56370
ath:AT4G28650
ath:AT5G01890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.739
排名 1 · TkA08G241010 · TK1151
内质网0.086
排名 2 · TkA08G241010 · TK1151
细胞外0.086
排名 3 · TkA08G241010 · TK1151
细胞质0.073
排名 4 · TkA08G241010 · TK1151
细胞核0.055
排名 5 · TkA08G241010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_229-68 aa
PF29594LRR_SKP273-105 aa
PF12799LRR_479-114 aa
PF23952LRR_EndoS91-127 aa
PF23598LRR_1492-225 aa
PF29265LRR_CARMIL92-175 aa
PF13855LRR_893-127 aa
PF24048LRR_NXF1-594-113 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G241010PF08263LRRNT_229682e-1351.1
TkA08G241010PF29594LRR_SKP2731054.4e-0626.9
TkA08G241010PF12799LRR_4791142.4e-31107.8
TkA08G241010PF23952LRR_EndoS911270.2112.5
TkA08G241010PF23598LRR_14922254.7e-2072.3
TkA08G241010PF29265LRR_CARMIL921750.439.9
TkA08G241010PF13855LRR_8931273.5e-42142.7
TkA08G241010PF24048LRR_NXF1-5941130.0005820.2
TkA08G241010PF25013LRR_Zer-1941140.008616.9
TkA08G241010PF13516LRR_6951101.8e-1247.0
TkA08G241010PF12799LRR_4961332.4e-31107.8
TkA08G241010PF00560LRR_1971199e-54168.5
TkA08G241010PF13855LRR_8971533.5e-42142.7
TkA08G241010PF24141LRR_ComC991384.3e-0524.1
TkA08G241010PF13516LRR_61151271.8e-1247.0
TkA08G241010PF23211LRR_LRWD11152213.5e-0730.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LRT1拟南芥sp|Q9LRT1|Y3804_ARATH Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g2804045.900%Swiss-Prot低置信
Q9LZV7拟南芥sp|Q9LZV7|PXC2_ARATH Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC242.600%Swiss-Prot低置信
Q9LY03拟南芥sp|Q9LY03|IRK_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK53.700%Swiss-Prot低置信
G9LZD7水稻sp|G9LZD7|XIAO_ORYSJ Probable inactive leucine-rich repeat receptor kinase XIAO43.200%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看