TkA08G240590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G240590

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62728940-62732685 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3649 bp · TkA08G240590|TK1151|cDNA

TTTTAAATGGGTTAGAAAATGGGGAAAAGTTGCCGTGTACATGACAACTTGACAAGGCATCGTATAAACCCTAAATTCGCATAGTTCAAAGTTTCAAATTTTCGGACAGAATGAGCAGAAACTGGGTAAAGATTAACCTCCATCAATCGAAGCAACGTTCTTCGTCATTCGCTCGTTTAATTTCTCTAATAGCGTACCCTACTTCATCGAAAGTTTCCCGCCAAAGTTCAGTTCATAACACCTTCAACAAATCCATCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3027 bp · TkA08G240590|TK1151|CDS

ATGAGCAGAAACTGGGTAAAGATTAACCTCCATCAATCGAAGCAACGTTCTTCGTCATTCGCTCGTTTAATTTCTCTAATAGCGTACCCTACTTCATCGAAAGTTTCCCGCCAAAGTTCAGTTCATAACACCTTCAACAAATCCATCAGCACTTCCTCTCCTGATCAATTAGAGGGATTGATCGATTCAAATTTTAATCCTCCAGGGATCAGTTCGGACCCTCTAAGGGATTCTGGAATCTCGGTCAATTTGGGAGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1008 aa · TkA08G240590|TK1151|PROTEIN

MSRNWVKINLHQSKQRSSSFARLISLIAYPTSSKVSRQSSVHNTFNKSISTSSPDQLEGLIDSNFNPPGISSDPLRDSGISVNLGEEVAVLQRSLSVEKFESRKYSDAHIICKAITENNADFSDKTQKFLSKFRAKLSESLVVDVLKSLQNAELSVKFFIWVGRQIGYNHTLPVYETLLDIMGCNNSDRIPDHFLREIKDDDDKEVLGKLLNVLIRKYCQNGSWNSALEELARLKDFGHKPSRVTYNALIQVFLEANKLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G240590`
TK1151 ID	TkA08G240590
OH-1004 ID	LXL04_033199
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.901 / OH-1004 99.114 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G240590

位置 Chr08:62728940-62732685 (-)

描述 Similar to At1g06710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06710, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06710`	含五肽重复序列的线粒体蛋白At1g06710。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033199 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0044528 regulation of mitochondrial mRNA stability 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.794

排名 1 · TkA08G240590 · TK1151

质体0.117

排名 2 · TkA08G240590 · TK1151

细胞核0.061

排名 3 · TkA08G240590 · TK1151

细胞质0.038

排名 4 · TkA08G240590 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA08G240590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19292KPBB_C98-150 aa

PF06239ECSIT_N167-183 aa

PF10602RPN7195-235 aa

PF29070MSC6_N196-303 aa

PF12921ATP13198-229 aa

PF23300HEAT_Nup120202-240 aa

PF06239ECSIT_N203-254 aa

PF24760TPR_IF140_C207-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G240590	`PF19292`	KPBB_C	98	150	0.071	13.0
TkA08G240590	`PF06239`	ECSIT_N	167	183	0.072	13.1
TkA08G240590	`PF10602`	RPN7	195	235	4.7e-05	23.9
TkA08G240590	`PF29070`	MSC6_N	196	303	3.7e-30	106.0
TkA08G240590	`PF12921`	ATP13	198	229	0.00021	21.8
TkA08G240590	`PF23300`	HEAT_Nup120	202	240	0.0014	19.2
TkA08G240590	`PF06239`	ECSIT_N	203	254	0.072	13.1
TkA08G240590	`PF24760`	TPR_IF140_C	207	234	2.1e-09	38.6
TkA08G240590	`PF13041`	PPR_2	212	252	1.6e-144	470.6
TkA08G240590	`PF12854`	PPR_1	212	229	1.2e-130	425.6
TkA08G240590	`PF01535`	PPR	212	229	1.7e-110	354.6
TkA08G240590	`PF13812`	PPR_3	212	253	2.8e-69	229.8
TkA08G240590	`PF23276`	TPR_24	213	299	1.7e-36	125.8
TkA08G240590	`PF10037`	MRP-S27	213	273	9.4e-06	25.5
TkA08G240590	`PF14559`	TPR_19	213	241	0.00011	23.2
TkA08G240590	`PF13428`	TPR_14	215	234	4e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9X9`	拟南芥	sp\|Q9M9X9\|PPR18_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06710, mitochondrial	52.400%	Swiss-Prot	低置信

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